More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3907 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3907  inner-membrane translocator  100 
 
 		 293 aa  554  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3794  inner-membrane translocator  100 
 
 		 293 aa  554  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.751055  normal  0.192822 
 
 
-
 
NC_003296  RS01986  amino-acid transmembrane lipoprotein ABC transporter  96.59 
 
 		 293 aa  475  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.230121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2270  inner-membrane translocator  48.81 
 
 		 293 aa  249  4e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0332  inner-membrane translocator  46.76 
 
 		 293 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  46.37 
 
 		 291 aa  231  9e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  42.47 
 
 		 290 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.04 
 
 		 291 aa  207  2e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  40.48 
 
 		 293 aa  199  6e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  42.31 
 
 		 316 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0066  inner-membrane translocator  44.03 
 
 		 292 aa  195  7e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119811 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0734  inner-membrane translocator  42.9 
 
 		 324 aa  195  7e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.993171  normal  0.748996 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0466  inner-membrane translocator  38.83 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0964978  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  39.12 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 291 aa  189  2.9999999999999997e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.72 
 
 		 292 aa  189  4e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5095  inner-membrane translocator  39.31 
 
 		 322 aa  188  7e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00123813  normal  0.0753948 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2495  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids NatD  42.07 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.799542  hitchhiker  0.00275887 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5602  inner-membrane translocator  44.29 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  40.68 
 
 		 308 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  40.68 
 
 		 319 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  40.68 
 
 		 319 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  41.02 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.02 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.68 
 
 		 319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  40.68 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.02 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  40.68 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  40.68 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  39.94 
 
 		 316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  39.94 
 
 		 316 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.94 
 
 		 316 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  39.94 
 
 		 316 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  40.68 
 
 		 308 aa  182  7e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0399  branched chain amino acid ABC transporter permease  38.49 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.615306  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  40.4 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  39.94 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.41 
 
 		 291 aa  179  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 292 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  41.25 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  41.14 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  39.62 
 
 		 316 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  40.56 
 
 		 287 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.98 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  39.49 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.15 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  40.76 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 316 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 316 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 316 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.72 
 
 		 289 aa  175  6e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0933  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 293 aa  175  8e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000263386  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  38.8 
 
 		 308 aa  175  9e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 316 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  38.8 
 
 		 308 aa  175  9e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1943  inner-membrane translocator  40.75 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2267  inner-membrane translocator  40.77 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0641115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 316 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2272  inner-membrane translocator  40.75 
 
 		 291 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.711778 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 316 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1387  inner-membrane translocator  40.75 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.76 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0521  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 304 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  39.35 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  39.17 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.25 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.25 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.25 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 291 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1165  inner-membrane translocator  35.43 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.893809 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 308 aa  169  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.59 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0266  inner-membrane translocator  37 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000146885  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2115  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.592251  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.59 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2440  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  37.7 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3336  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  40.65 
 
 		 603 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.59 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 319 aa  165  8e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 308 aa  165  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 301 aa  165  9e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.59 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  37.79 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  41.55 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.9 
 
 		 308 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 293 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 603 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 603 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.49 
 
 		 316 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 603 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5975  inner-membrane translocator  36.55 
 
 		 285 aa  163  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.93 
 
 		 603 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3934  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.25 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3832  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.25 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3754  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.25 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>