285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6208 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6208  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 418 aa  810    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6148  proton antiporter cation efflux protein NccC  78.23 
 
 		 448 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5135  outer membrane efflux protein  57.18 
 
 		 435 aa  360  3e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0970024 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5148  outer membrane efflux protein  68.89 
 
 		 435 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2284  outer membrane efflux protein  47.38 
 
 		 420 aa  263  3e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.185931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2803  outer membrane efflux protein  39.9 
 
 		 412 aa  183  6e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.887689  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3956  outer membrane efflux protein  39.89 
 
 		 417 aa  171  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2577  outer membrane efflux protein  33.78 
 
 		 435 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.996623 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2568  outer membrane efflux protein  32.23 
 
 		 438 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.316597 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2148  outer membrane efflux protein  33.43 
 
 		 400 aa  114  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1175  outer membrane efflux protein  28.76 
 
 		 416 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  26.25 
 
 		 415 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1373  heavy metal resistance protein CzcC  31.09 
 
 		 443 aa  97.8  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  32.73 
 
 		 428 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2321  outer membrane efflux protein  29.5 
 
 		 428 aa  96.7  7e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.760032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  32.73 
 
 		 428 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  27.83 
 
 		 451 aa  95.9  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7266  putative outer membrane cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcC precursor  28.08 
 
 		 424 aa  95.5  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217099  normal  0.831215 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2294  outer membrane efflux protein  35.24 
 
 		 409 aa  95.5  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3970  Outer membrane efflux protein  30.59 
 
 		 426 aa  93.6  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214282  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2298  outer membrane efflux protein  29.47 
 
 		 423 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3648  outer membrane efflux protein  27.72 
 
 		 424 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.856557 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1764  outer membrane efflux protein  29.5 
 
 		 418 aa  91.3  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715826  normal  0.306921 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5982  cation proton antiporter efflux protein CzcC  29.59 
 
 		 418 aa  90.9  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000196082  normal  0.0745476 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2433  outer membrane efflux protein  30.89 
 
 		 440 aa  90.9  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  27.75 
 
 		 423 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  27.75 
 
 		 423 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  27.75 
 
 		 423 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  27.75 
 
 		 394 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1329  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  29.95 
 
 		 425 aa  89  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0705  RND heavy metal ion efflux pump, outer membrane protein  29.53 
 
 		 458 aa  89.7  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.199067  normal  0.26582 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1714  outer membrane efflux protein  26.51 
 
 		 443 aa  88.6  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3677  outer membrane efflux protein  30.16 
 
 		 439 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  29.63 
 
 		 437 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4686  outer membrane efflux protein  30.16 
 
 		 439 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2142  outer membrane efflux protein  27.9 
 
 		 423 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143725 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  30.03 
 
 		 435 aa  87.8  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2553  outer membrane efflux protein  27.96 
 
 		 421 aa  87  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4596  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin  29.94 
 
 		 431 aa  87  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688687  hitchhiker  0.005842 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4530  outer membrane efflux protein  28.12 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1442  cobalt-zinc-cadmium resistance efflux protein  28.78 
 
 		 461 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0705718  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0399  heavy metal resistance protein CzcC  28.78 
 
 		 461 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132876  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1031  heavy metal resistance protein CzcC  28.78 
 
 		 443 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.147927  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1183  heavy metal resistance protein CzcC  28.78 
 
 		 461 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.84848  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0013  heavy metal resistance protein CzcC  28.78 
 
 		 461 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.238799  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1527  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC  28.78 
 
 		 452 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3981  outer membrane efflux protein  29.21 
 
 		 423 aa  83.6  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.377505 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0033  heavy metal resistance protein CzcC  28.49 
 
 		 443 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.299983  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1848  outer membrane efflux protein  26.8 
 
 		 423 aa  82  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4801  Outer membrane efflux protein  27.67 
 
 		 408 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249818 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3343  outer membrane efflux protein  31.46 
 
 		 423 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.141208 
 
 
-
 
NC_003296  RS00407  putative outer membrane cation efflux system protein  27.99 
 
 		 451 aa  80.9  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00236087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3557  outer membrane efflux protein  28.94 
 
 		 442 aa  80.5  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1455  Outer membrane efflux protein  28.73 
 
 		 423 aa  79  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.170729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1089  outer membrane efflux protein  30.41 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  28.13 
 
 		 512 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0491  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  30.21 
 
 		 441 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2344  outer membrane efflux protein  26.95 
 
 		 423 aa  77  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0617  outer membrane efflux protein  27.21 
 
 		 438 aa  75.9  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2339  outer membrane efflux protein  29.58 
 
 		 437 aa  74.3  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.884796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.36 
 
 		 482 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2106  Outer membrane efflux protein  24.46 
 
 		 471 aa  73.9  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.343125  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3362  outer membrane efflux protein  25.89 
 
 		 431 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1958  aconitate hydratase 1  28.81 
 
 		 422 aa  73.6  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0713794  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7183  putative outer membrane protein precursor CzcC  26.22 
 
 		 422 aa  73.2  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0377  metal ion efflux outer membrane protein, putative  27.16 
 
 		 408 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2042  outer membrane efflux protein  31.41 
 
 		 417 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2567  outer membrane efflux protein  30.37 
 
 		 433 aa  69.7  0.00000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2504  outer membrane efflux protein  32.73 
 
 		 436 aa  69.7  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10477  normal  0.0160345 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.44 
 
 		 517 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3802  Outer membrane efflux protein  27.73 
 
 		 465 aa  67  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1044  HelC protein  24.16 
 
 		 416 aa  66.6  0.0000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.47 
 
 		 470 aa  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3287  outer membrane efflux protein  30.13 
 
 		 464 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2408  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC, putative  30.13 
 
 		 425 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00195815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.81 
 
 		 477 aa  65.5  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.66 
 
 		 507 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31040  putative cation efflux system protein  27.01 
 
 		 415 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000919684  unclonable  5.14474e-22 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3371  outer membrane efflux protein  26.8 
 
 		 407 aa  62.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.252246  normal  0.409086 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2447  outer membrane efflux protein  29.61 
 
 		 423 aa  61.2  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.33 
 
 		 510 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2609  outer membrane efflux protein  29.86 
 
 		 425 aa  60.8  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.153251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  24.02 
 
 		 472 aa  60.5  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2029  outer membrane efflux protein  25.41 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.769975  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0538  outer membrane efflux protein  26.69 
 
 		 432 aa  59.7  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.355565  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  27.36 
 
 		 470 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.39 
 
 		 483 aa  59.7  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2209  outer membrane efflux protein  25.07 
 
 		 433 aa  59.7  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.798472  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.63 
 
 		 461 aa  58.9  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1759  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  22.07 
 
 		 600 aa  58.2  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000901075  normal  0.0327712 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.87 
 
 		 475 aa  58.2  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1939  outer membrane efflux protein  24.22 
 
 		 432 aa  57.8  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.3 
 
 		 499 aa  57.8  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0292  Outer membrane efflux protein  25.95 
 
 		 432 aa  57.4  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.765252  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  27.72 
 
 		 467 aa  57  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1111  Outer membrane efflux protein  28.02 
 
 		 492 aa  57  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.33067  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2628  Outer membrane efflux protein  25.39 
 
 		 432 aa  56.2  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.753633 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2963  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  29.13 
 
 		 487 aa  56.2  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4120  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin HmyC  26.02 
 
 		 460 aa  55.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4684  outer membrane efflux protein  28.73 
 
 		 448 aa  56.2  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.119437  normal  0.307779 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>