133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3730 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3730  hypothetical protein  100 
 
 		 362 aa  735    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0610  transmembrane protein  61.76 
 
 		 339 aa  402  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549926  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1773  hypothetical protein  52.48 
 
 		 357 aa  333  4e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2060  hypothetical protein  52.48 
 
 		 357 aa  333  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.145124  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0764  hypothetical protein  52.48 
 
 		 357 aa  333  4e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.567063  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0775  hypothetical protein  52.48 
 
 		 357 aa  333  4e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.65486  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0684  hypothetical protein  52.48 
 
 		 357 aa  333  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1057  hypothetical protein  52.19 
 
 		 357 aa  331  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2032  hypothetical protein  52.19 
 
 		 357 aa  331  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2491  hypothetical protein  50.29 
 
 		 345 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.326569  normal  0.260835 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1913  hypothetical protein  52.03 
 
 		 357 aa  325  7e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5013  membrane protein  51.45 
 
 		 356 aa  325  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.844738 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5453  membrane protein  50.88 
 
 		 356 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.257808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3597  membrane protein  50.58 
 
 		 356 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4650  membrane protein  51.17 
 
 		 356 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3713  membrane protein  51.17 
 
 		 356 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0373028 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3808  membrane protein  51.17 
 
 		 356 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.944991  normal  0.27996 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0520  hypothetical protein  45.82 
 
 		 358 aa  306  3e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4665  hypothetical protein  44.51 
 
 		 358 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2398  membrane protein  51.19 
 
 		 356 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3991  hypothetical protein  50.75 
 
 		 356 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3878  putative transmembrane protein  50.75 
 
 		 356 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.347989 
 
 
-
 
NC_003296  RS02986  hypothetical protein  49.7 
 
 		 361 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.192787  normal  0.538178 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1226  hypothetical protein  48.49 
 
 		 374 aa  272  6e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.826461 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3320  hypothetical protein  46.71 
 
 		 374 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0550063  normal  0.724266 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2106  hypothetical protein  51.25 
 
 		 398 aa  250  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.27501 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3209  hypothetical protein  35.86 
 
 		 355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0499107 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2163  hypothetical protein  27.61 
 
 		 403 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2200  membrane protein-like protein  30.42 
 
 		 444 aa  134  3e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2863  hypothetical protein  31.94 
 
 		 352 aa  133  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.104583 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2146  hypothetical protein  31.6 
 
 		 352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1872  hypothetical protein  28.27 
 
 		 411 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.949133  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1649  conserved hypothetical protein  31.6 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2299  hypothetical protein  31.6 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1632  hypothetical protein  31.6 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1054  hypothetical protein  31.6 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.205497 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01911  conserved inner membrane protein  31.6 
 
 		 352 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01897  hypothetical protein  31.6 
 
 		 352 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2237  inner membrane protein YeeA  32.77 
 
 		 352 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.223026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2283  hypothetical protein  32.77 
 
 		 352 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0319559 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2183  inner membrane protein YeeA  32.77 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2396  inner membrane protein YeeA  32.77 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2230  inner membrane protein YeeA  32.77 
 
 		 352 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2149  hypothetical protein  32.93 
 
 		 388 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.432183  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2576  putative inner membrane protein  31.93 
 
 		 352 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0755267 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1227  hypothetical protein  36.75 
 
 		 226 aa  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118348  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0146  hypothetical protein  31.64 
 
 		 372 aa  97.1  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.790344 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0141  hypothetical protein  31.64 
 
 		 372 aa  97.1  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0141  hypothetical protein  31.64 
 
 		 372 aa  97.1  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0154  hypothetical protein  31.07 
 
 		 374 aa  95.5  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0146  hypothetical protein  31.11 
 
 		 389 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4212  hypothetical protein  31.11 
 
 		 389 aa  93.6  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0144  hypothetical protein  30 
 
 		 371 aa  93.6  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0143  hypothetical protein  31.11 
 
 		 388 aa  93.6  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0147  hypothetical protein  31.11 
 
 		 380 aa  93.6  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.311964 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0685  hypothetical protein  29.34 
 
 		 354 aa  89.4  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1421  hypothetical membrane spanning protein  26.37 
 
 		 377 aa  62  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.230954  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1484  hypothetical protein  26.37 
 
 		 377 aa  62.4  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.356024  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1914  protein of unknown function DUF939  26.74 
 
 		 395 aa  56.2  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3032  hypothetical protein  27.44 
 
 		 770 aa  55.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0228594  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0473  membrane protein-like protein  33.15 
 
 		 764 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.695599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1472  integral membrane protein, YccS/YhfK family protein  27.56 
 
 		 733 aa  54.7  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.872698 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1074  hypothetical protein  26.84 
 
 		 720 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000166924  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00964  predicted inner membrane protein  26.84 
 
 		 717 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000463684  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00971  hypothetical protein  26.84 
 
 		 717 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000599042  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2683  hypothetical protein  26.84 
 
 		 720 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00493648  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1069  hypothetical protein  26.84 
 
 		 720 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000419542  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1123  hypothetical protein  26.84 
 
 		 720 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00725319  normal  0.391034 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2636  hypothetical protein  26.84 
 
 		 720 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0533993  hitchhiker  0.000000852874 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02961  hypothetical membrane protein  30.05 
 
 		 737 aa  53.9  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2356  hypothetical protein  26.84 
 
 		 720 aa  53.5  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0100238  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4389  hypothetical protein  29.49 
 
 		 361 aa  53.5  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05690  Integral membrane protein, YccS/YhfK family  30.61 
 
 		 724 aa  53.1  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2509  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  30.07 
 
 		 746 aa  53.1  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000184796  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2160  hypothetical protein  26.55 
 
 		 720 aa  53.1  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328985  normal  0.533884 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3187  hypothetical protein  27.39 
 
 		 790 aa  52.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2166  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  26.92 
 
 		 719 aa  52.4  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0513514  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1136  hypothetical membrane protein  26.8 
 
 		 717 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.61616  normal  0.960871 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1031  hypothetical membrane protein  26.8 
 
 		 717 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000967259  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1148  hypothetical protein  26.8 
 
 		 717 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1114  hypothetical protein  26.8 
 
 		 717 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.109888  hitchhiker  0.00000043653 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1182  hypothetical protein  26.8 
 
 		 717 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2884  hypothetical protein  28.65 
 
 		 360 aa  50.8  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2765  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  28.93 
 
 		 738 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.617524 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3131  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  28.93 
 
 		 738 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861685  normal  0.88928 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0309  hypothetical protein  24.05 
 
 		 345 aa  49.7  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0326  hypothetical protein  24.05 
 
 		 345 aa  49.7  0.00009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4390  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeB  25.48 
 
 		 655 aa  48.9  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2694  hypothetical protein  31.29 
 
 		 721 aa  48.9  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5794  integral membrane protein, YccS/YhfK family  30.63 
 
 		 720 aa  48.5  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2736  hypothetical protein  30.09 
 
 		 363 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.30564  normal  0.0867479 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2889  hypothetical protein  27.88 
 
 		 740 aa  47.8  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.777719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3429  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeB  31.71 
 
 		 655 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1351  hypothetical protein  21.51 
 
 		 721 aa  47  0.0005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3202  hypothetical protein  29.45 
 
 		 712 aa  46.6  0.0007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000417121  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1472  hypothetical protein  30.57 
 
 		 720 aa  46.2  0.0008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000385386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1212  hypothetical protein  30.49 
 
 		 731 aa  46.2  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000149337  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2546  hypothetical protein  30.06 
 
 		 711 aa  46.2  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00487152  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1365  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  25.77 
 
 		 744 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00298227 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2538  inner membrane protein YccS  29.45 
 
 		 712 aa  45.8  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>