72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3878 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_3878  putative transmembrane protein  100 
 
 		 356 aa  706    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.347989 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3991  hypothetical protein  100 
 
 		 356 aa  706    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02986  hypothetical protein  77.56 
 
 		 361 aa  503  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.192787  normal  0.538178 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1913  hypothetical protein  58.67 
 
 		 357 aa  363  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0684  hypothetical protein  58.31 
 
 		 357 aa  361  9e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0764  hypothetical protein  58.31 
 
 		 357 aa  361  9e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.567063  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1773  hypothetical protein  58.31 
 
 		 357 aa  361  9e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0775  hypothetical protein  58.31 
 
 		 357 aa  361  9e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.65486  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2060  hypothetical protein  58.31 
 
 		 357 aa  361  9e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.145124  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2032  hypothetical protein  58.02 
 
 		 357 aa  359  4e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1057  hypothetical protein  58.02 
 
 		 357 aa  359  4e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5453  membrane protein  57.1 
 
 		 356 aa  348  8e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.257808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3597  membrane protein  56.4 
 
 		 356 aa  345  5e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5013  membrane protein  54.44 
 
 		 356 aa  341  1e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.844738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2491  hypothetical protein  52.44 
 
 		 345 aa  335  9e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.326569  normal  0.260835 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2398  membrane protein  56.27 
 
 		 356 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4650  membrane protein  54.64 
 
 		 356 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3713  membrane protein  54.64 
 
 		 356 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0373028 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3808  membrane protein  54.2 
 
 		 356 aa  328  7e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.944991  normal  0.27996 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4665  hypothetical protein  47.11 
 
 		 358 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0520  hypothetical protein  47.5 
 
 		 358 aa  306  3e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3730  hypothetical protein  50.75 
 
 		 362 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3320  hypothetical protein  50.43 
 
 		 374 aa  299  4e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0550063  normal  0.724266 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1226  hypothetical protein  49.57 
 
 		 374 aa  298  9e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.826461 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2106  hypothetical protein  49.3 
 
 		 398 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.27501 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0610  transmembrane protein  55.65 
 
 		 339 aa  265  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549926  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1872  hypothetical protein  33.57 
 
 		 411 aa  135  8e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.949133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2163  hypothetical protein  32.5 
 
 		 403 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2863  hypothetical protein  32.61 
 
 		 352 aa  132  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.104583 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3209  hypothetical protein  34.32 
 
 		 355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0499107 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1632  hypothetical protein  32.3 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1054  hypothetical protein  34.43 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.205497 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1649  conserved hypothetical protein  32.3 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2299  hypothetical protein  32.3 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01911  conserved inner membrane protein  32.3 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01897  hypothetical protein  32.3 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2146  hypothetical protein  34.43 
 
 		 352 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2200  membrane protein-like protein  28.53 
 
 		 444 aa  125  1e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2230  inner membrane protein YeeA  34.18 
 
 		 352 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2183  inner membrane protein YeeA  34.18 
 
 		 352 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2237  inner membrane protein YeeA  34.18 
 
 		 352 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.223026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2283  hypothetical protein  34.18 
 
 		 352 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0319559 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2396  inner membrane protein YeeA  34.18 
 
 		 352 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2576  putative inner membrane protein  32.49 
 
 		 352 aa  113  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0755267 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1227  hypothetical protein  36 
 
 		 226 aa  107  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118348  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0685  hypothetical protein  29.82 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2149  hypothetical protein  32.17 
 
 		 388 aa  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.432183  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0144  hypothetical protein  29.13 
 
 		 371 aa  99.8  6e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0154  hypothetical protein  32.39 
 
 		 374 aa  98.6  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0146  hypothetical protein  32.39 
 
 		 372 aa  99  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.790344 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0141  hypothetical protein  32.39 
 
 		 372 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0141  hypothetical protein  32.76 
 
 		 372 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0146  hypothetical protein  29.38 
 
 		 389 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0147  hypothetical protein  28.16 
 
 		 380 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.311964 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0143  hypothetical protein  29.38 
 
 		 388 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4212  hypothetical protein  29.38 
 
 		 389 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0164  hypothetical protein  31.98 
 
 		 359 aa  59.7  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0097  hypothetical protein  30.56 
 
 		 347 aa  57  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0146368  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2884  hypothetical protein  32.97 
 
 		 360 aa  56.2  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0054  hypothetical protein  28.15 
 
 		 338 aa  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1484  hypothetical protein  27.84 
 
 		 377 aa  50.4  0.00005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.356024  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1421  hypothetical membrane spanning protein  27.27 
 
 		 377 aa  49.7  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.230954  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3032  hypothetical protein  28.5 
 
 		 770 aa  48.9  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0228594  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3131  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  31.06 
 
 		 738 aa  48.5  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861685  normal  0.88928 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1914  protein of unknown function DUF939  26.63 
 
 		 395 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2765  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  31.06 
 
 		 738 aa  48.1  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.617524 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2889  hypothetical protein  27.39 
 
 		 740 aa  46.6  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.777719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3675  protein of unknown function DUF939  27.62 
 
 		 708 aa  46.2  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4389  hypothetical protein  25.73 
 
 		 361 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001146  hypothetical protein  25.58 
 
 		 724 aa  43.9  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913629  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2166  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  25 
 
 		 719 aa  43.9  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0513514  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6606  hypothetical protein  26.88 
 
 		 638 aa  42.7  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213555  normal  0.251214 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>