50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3055 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3055  TonB-like protein  100 
 
 		 328 aa  669    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.719984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2856  TonB, C-terminal  83.28 
 
 		 306 aa  495  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3022  TonB family protein  65.76 
 
 		 304 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.364821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2612  TonB family protein  65.76 
 
 		 304 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2778  hypothetical protein  67.12 
 
 		 304 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.241997 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1088  TonB-like  40.2 
 
 		 282 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.764781  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3412  TonB-like  39.73 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1483  TonB family protein  37.54 
 
 		 287 aa  180  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00129671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3655  TonB family protein  39.16 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2965  TonB family protein  39.72 
 
 		 286 aa  176  5e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0216  TonB family protein  37.59 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0842  TonB family protein  38.81 
 
 		 286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.325054 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3981  TonB family protein  38.79 
 
 		 296 aa  161  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000313556 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2196  TonB family protein  39.16 
 
 		 287 aa  159  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.770144 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3406  TonB family protein  37.79 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.140923 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3908  TonB, C-terminal  35.54 
 
 		 296 aa  155  8e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0936  TonB family protein  38.11 
 
 		 283 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3679  TonB family protein  34.51 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3200  periplasmic protein/ biopolymer transport  38.33 
 
 		 296 aa  144  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.917881  normal  0.0459006 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2576  TonB-like protein  37.01 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0854385 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2507  TonB-like protein  32.04 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0237  TonB family protein  32.35 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0506  hypothetical protein  30.99 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05300  TonB domain-containing protein  30.41 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5036  tonB domain protein  33.86 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0486  TonB, C-terminal  34.26 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.544308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0401  TonB family protein  32.98 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3636  hypothetical protein  29.11 
 
 		 294 aa  96.7  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0470  TonB family protein  32.39 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.578108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4868  TonB family protein  31.58 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0170221 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4994  TonB family protein  31.23 
 
 		 301 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.416898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3091  TonB family protein  29.47 
 
 		 294 aa  94.4  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.370908 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03160  TonB protein  31.47 
 
 		 297 aa  94.4  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.444555  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5310  TonB-like  30.77 
 
 		 299 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0148466  normal  0.225586 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2909  TonB family protein  29.37 
 
 		 292 aa  92.8  8e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5044  TonB family protein  31.14 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.805089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3765  TonB family protein  27.21 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4324  TonB family protein  31.4 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.859131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1015  TonB protein  30.45 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0891  TonB family protein  30.45 
 
 		 291 aa  89  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.170067  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0369  TonB-like protein  29.39 
 
 		 300 aa  85.9  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01600  TonB protein  32.4 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0588  TonB-like  26.96 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0537  TonB-like  25.24 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0624  hypothetical protein  25.94 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2337  TonB-dependent receptor, putative  29.86 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2405  TonB family protein  30.08 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.591559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0510  TonB family protein  27.7 
 
 		 250 aa  53.9  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0937  TonB family protein  23.93 
 
 		 288 aa  52.8  0.000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.164985  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0350  TonB family protein  24.13 
 
 		 295 aa  47.8  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.650813  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>