88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0401 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0401  TonB family protein  100 
 
 		 298 aa  600  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0506  hypothetical protein  75.17 
 
 		 297 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05300  TonB domain-containing protein  75.5 
 
 		 319 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0486  TonB, C-terminal  72.95 
 
 		 300 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.544308  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5036  tonB domain protein  71.92 
 
 		 297 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0470  TonB family protein  72.28 
 
 		 300 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.578108  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4994  TonB family protein  70.75 
 
 		 301 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.416898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4868  TonB family protein  71.23 
 
 		 301 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0170221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5044  TonB family protein  70.79 
 
 		 301 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.805089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03160  TonB protein  73.15 
 
 		 297 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.444555  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5310  TonB-like  74.22 
 
 		 299 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0148466  normal  0.225586 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3765  TonB family protein  45.32 
 
 		 288 aa  235  7e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4324  TonB family protein  41.44 
 
 		 286 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.859131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3636  hypothetical protein  43.01 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2909  TonB family protein  40.98 
 
 		 292 aa  191  9e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0891  TonB family protein  37.33 
 
 		 291 aa  155  6e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.170067  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1015  TonB protein  37.33 
 
 		 291 aa  155  7e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3091  TonB family protein  34.98 
 
 		 294 aa  152  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.370908 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3679  TonB family protein  37.83 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0937  TonB family protein  37.41 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.164985  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2507  TonB-like protein  36.54 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2576  TonB-like protein  40.31 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0854385 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01600  TonB protein  37.28 
 
 		 291 aa  142  9e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0588  TonB-like  30.37 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2337  TonB-dependent receptor, putative  37.31 
 
 		 279 aa  138  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0624  hypothetical protein  31.67 
 
 		 323 aa  135  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0369  TonB-like protein  36.82 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2405  TonB family protein  33.9 
 
 		 310 aa  122  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.591559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3908  TonB, C-terminal  33.45 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0537  TonB-like  32.02 
 
 		 333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0350  TonB family protein  31.83 
 
 		 295 aa  112  6e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.650813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2856  TonB, C-terminal  34.63 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3055  TonB-like protein  32.98 
 
 		 328 aa  98.2  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.719984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3981  TonB family protein  30.2 
 
 		 296 aa  92.8  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000313556 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2778  hypothetical protein  32.56 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.241997 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2612  TonB family protein  30.66 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3022  TonB family protein  30.66 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.364821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1088  TonB-like  28.72 
 
 		 282 aa  88.2  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.764781  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0510  TonB family protein  32 
 
 		 250 aa  86.7  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3406  TonB family protein  27.34 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.140923 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3200  periplasmic protein/ biopolymer transport  33.83 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.917881  normal  0.0459006 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0842  TonB family protein  27.65 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.325054 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1483  TonB family protein  26.8 
 
 		 287 aa  76.6  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00129671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0216  TonB family protein  28.74 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3412  TonB-like  28.57 
 
 		 285 aa  73.9  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1646  TonB family protein  34.88 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0972936  hitchhiker  0.00122452 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1978  TonB family protein  34.88 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.284174  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0936  TonB family protein  28.01 
 
 		 283 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2711  GETHR pentapeptide  34.82 
 
 		 654 aa  67.8  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.653885  hitchhiker  0.000850272 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2196  TonB family protein  27.05 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.770144 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3655  TonB family protein  24.6 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2965  TonB family protein  28.26 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1435  TonB family protein  43.86 
 
 		 292 aa  57.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2216  TonB-like protein  28.97 
 
 		 235 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.226683 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0773  TonB family protein  30.41 
 
 		 251 aa  52.4  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1004  TonB-like  35.29 
 
 		 239 aa  49.7  0.00006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2067  TonB family protein  25.45 
 
 		 324 aa  49.7  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.207889  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2906  TonB-like  39.13 
 
 		 235 aa  49.3  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155829  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2313  hypothetical protein  32.29 
 
 		 264 aa  48.9  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.8827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2689  TonB family protein  32.29 
 
 		 264 aa  48.9  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0237  TonB family protein  25.57 
 
 		 256 aa  48.5  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2335  TonB family protein  35.71 
 
 		 308 aa  48.1  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5125  TonB family protein  33.98 
 
 		 263 aa  47.4  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2801  TonB family protein  37.7 
 
 		 282 aa  47.4  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2891  TonB family protein  32.91 
 
 		 283 aa  46.6  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1158  TonB-like  30.38 
 
 		 297 aa  46.2  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000294867  decreased coverage  0.0031097 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1173  TonB family protein  24.34 
 
 		 282 aa  46.2  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.140977  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1368  TonB family protein  41.07 
 
 		 277 aa  46.2  0.0007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0898  TonB family protein  34.72 
 
 		 202 aa  45.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0754  TonB family protein  37.1 
 
 		 317 aa  45.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.278027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1564  TonB family protein  28.68 
 
 		 219 aa  45.4  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0902  TonB family protein  34.72 
 
 		 164 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.377774  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1499  TonB family protein  25.33 
 
 		 281 aa  44.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0204221  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0233  TonB family protein  33.33 
 
 		 269 aa  45.1  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.488187 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1537  TonB family protein  39.29 
 
 		 261 aa  44.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3063  TonB family protein  26.82 
 
 		 264 aa  44.7  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0476406  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0067  tonB protein  28.4 
 
 		 248 aa  43.9  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0203  TonB, C-terminal  28.09 
 
 		 248 aa  43.5  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1621  TonB-dependent receptor, putative, authentic frameshift  28.68 
 
 		 227 aa  43.5  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.614853  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3561  TonB family protein  28.75 
 
 		 308 aa  43.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4086  TonB family protein  28.42 
 
 		 295 aa  43.1  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0148952  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2301  TonB family protein  27.74 
 
 		 242 aa  42.7  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0689  TonB protein  33.33 
 
 		 250 aa  42.7  0.008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0675786  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2981  TonB-dependent receptor, putative  37.88 
 
 		 289 aa  42.7  0.008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1944  TonB family protein  27.74 
 
 		 242 aa  42.7  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3522  TonB family protein  34.92 
 
 		 150 aa  42.7  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.728346  normal  0.937405 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3668  TonB family protein  35.59 
 
 		 244 aa  42.7  0.008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2391  TonB family protein  39.34 
 
 		 237 aa  42.4  0.009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.533007 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>