More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1113 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3172  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.74 
 
 		 886 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00636451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1439  glycoside hydrolase family 3 protein  43.08 
 
 		 850 aa  678    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.247018  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1113  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 866 aa  1780    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0994195  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0245  exo-1,4-beta-glucosidase  42.99 
 
 		 862 aa  675    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2497  exo-1,4-beta-glucosidase  42.58 
 
 		 1072 aa  668    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2605  Beta-glucosidase  43.69 
 
 		 866 aa  682    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.344943  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1149  glycoside hydrolase family 3 protein  43.42 
 
 		 862 aa  652    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.341986  normal  0.418597 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1318  Beta-glucosidase  41.96 
 
 		 880 aa  670    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4963  glycoside hydrolase family 3 domain protein  53.82 
 
 		 877 aa  842    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.412113  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1133  glycoside hydrolase family 3 domain protein  45.07 
 
 		 886 aa  666    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000321468  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2072  glycoside hydrolase family 3 domain protein  46.34 
 
 		 900 aa  697    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.177035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6485  glycoside hydrolase family protein  56.46 
 
 		 900 aa  901    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1303  glycoside hydrolase family 3 protein  44.95 
 
 		 826 aa  649    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.75334  normal  0.19336 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03794  glucan 1,4-beta-glucosidase  42.22 
 
 		 850 aa  635    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.681149  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1218  glycoside hydrolase family 3 protein  43.86 
 
 		 886 aa  657    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0296579  normal  0.456094 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1185  glycoside hydrolase family 3 protein  43.74 
 
 		 886 aa  660    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00253974  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0152  glycoside hydrolase family 3 protein  42.52 
 
 		 826 aa  605  9.999999999999999e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0748056 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00680  glucan 1,4-beta-glucosidase  39.93 
 
 		 844 aa  596  1e-169  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0586729  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1404  beta-glucosidase  42.46 
 
 		 859 aa  595  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0412304  normal  0.0264446 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2726  exo-1,4-beta-glucosidase  40.52 
 
 		 856 aa  578  1.0000000000000001e-163  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.789433  normal  0.608447 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1511  Beta-glucosidase  42.01 
 
 		 826 aa  551  1e-155  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.266567 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1611  Beta-glucosidase  37.54 
 
 		 811 aa  534  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04180  beta-N-acetylhexosaminidase  42.35 
 
 		 618 aa  503  1e-141  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4365  glycoside hydrolase family 3 protein  43.54 
 
 		 608 aa  487  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3740  putative endoglucanase A  41.6 
 
 		 599 aa  476  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.821502  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1250  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.83 
 
 		 644 aa  467  9.999999999999999e-131  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2616  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.92 
 
 		 615 aa  466  1e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3263  Beta-glucosidase  42.54 
 
 		 678 aa  422  1e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5561  glycoside hydrolase family 3 domain-containing protein  40.62 
 
 		 612 aa  414  1e-114  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2600  glycoside hydrolase family 3 protein  39.74 
 
 		 1271 aa  405  1e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0793818  decreased coverage  0.00832929 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2444  glycoside hydrolase family 3 protein  38.5 
 
 		 1271 aa  402  9.999999999999999e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.592108  normal  0.597577 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3410  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.63 
 
 		 639 aa  365  2e-99  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1689  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.51 
 
 		 619 aa  365  2e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3725  glycosy hydrolase family protein  35.13 
 
 		 605 aa  343  1e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19810  beta-glucosidase  34.48 
 
 		 739 aa  337  5.999999999999999e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0692  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.73 
 
 		 736 aa  322  1.9999999999999998e-86  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0501235 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5444  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.28 
 
 		 828 aa  287  5e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.615677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1564  glycoside hydrolase family 3 protein  30.57 
 
 		 755 aa  285  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.180056  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2365  xylosidase/arabinosidase  29.81 
 
 		 759 aa  277  7e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.327511  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2268  b-glucosidase  30.85 
 
 		 758 aa  273  9e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0078  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.97 
 
 		 702 aa  254  5.000000000000001e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2273  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  28.75 
 
 		 820 aa  253  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1163  glycoside hydrolase family 3 domain protein  30.15 
 
 		 762 aa  245  3e-63  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1370  Beta-glucosidase  31.94 
 
 		 737 aa  241  4e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3463  glycoside hydrolase family 3 protein  30.49 
 
 		 721 aa  240  6.999999999999999e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0530  glycoside hydrolase family protein  28.3 
 
 		 751 aa  240  8e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1132  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.05 
 
 		 752 aa  238  3e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.730093  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3521  glycoside hydrolase family 3 protein  29.31 
 
 		 766 aa  238  3e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.656969  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4366  glycoside hydrolase family 3 protein  29.09 
 
 		 743 aa  238  4e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3784  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  27.85 
 
 		 745 aa  236  9e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.299854 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3577  b-glucosidase  28.85 
 
 		 750 aa  235  2.0000000000000002e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0536  glycoside hydrolase family 3 domain protein  30.52 
 
 		 754 aa  234  6e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0012986  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3577  glycoside hydrolase family 3 domain protein  31.46 
 
 		 723 aa  233  8.000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.622283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3638  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.17 
 
 		 766 aa  228  4e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2399  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.12 
 
 		 860 aa  228  5.0000000000000005e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3739  periplasmic beta-glucosidase  28.3 
 
 		 740 aa  223  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22686  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2442  glycoside hydrolase family 3 domain protein  30.61 
 
 		 742 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0249  glycoside hydrolase family 3 protein  27.45 
 
 		 750 aa  223  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1012  glycoside hydrolase family 3 domain protein  30 
 
 		 804 aa  221  3e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.722043  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0593  glycoside hydrolase family 3 protein  29.28 
 
 		 727 aa  219  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0532  putative periplasmic beta-glucosidase  29.28 
 
 		 727 aa  219  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1014  glycoside hydrolase family protein  28.97 
 
 		 772 aa  217  5.9999999999999996e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0817  glycoside hydrolase family 3 protein  29.32 
 
 		 738 aa  217  7e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306432 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2291  glycoside hydrolase family 3 domain protein  30.48 
 
 		 733 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2737  glycoside hydrolase family 3 domain protein  31.58 
 
 		 743 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.728913 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2514  glycoside hydrolase family 3 protein  31.47 
 
 		 743 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0628734 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1047  glycoside hydrolase family 3 domain protein  28.99 
 
 		 733 aa  212  2e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3136  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.28 
 
 		 759 aa  210  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04104  periplasmic beta-glucosidase  29.03 
 
 		 723 aa  207  7e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2311  periplasmic beta-glucosidase  28.01 
 
 		 765 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2404  periplasmic beta-glucosidase  28.16 
 
 		 755 aa  206  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2400  periplasmic beta-glucosidase  28.16 
 
 		 755 aa  206  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2355  periplasmic beta-glucosidase  28.16 
 
 		 755 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2512  periplasmic beta-glucosidase  28.16 
 
 		 755 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3299  glycoside hydrolase family protein  32.49 
 
 		 716 aa  205  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0323  glycoside hydrolase family 3 domain protein  26.13 
 
 		 807 aa  205  3e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000125133  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5523  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.65 
 
 		 714 aa  205  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131263  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3993  glycoside hydrolase family protein  27.84 
 
 		 753 aa  204  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.848681  normal  0.0961182 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42230  periplasmic beta-glucosidase  29.07 
 
 		 764 aa  204  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0901  glycoside hydrolase family 3 protein  28.44 
 
 		 790 aa  204  5e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.72185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2731  beta-galactosidase  28.1 
 
 		 772 aa  203  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1525  glycoside hydrolase family 3 domain protein  28.16 
 
 		 765 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0841  beta-glucosidase, periplasmic  28.16 
 
 		 765 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3257  beta-glucosidase, periplasmic  28.16 
 
 		 765 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621974 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2267  beta-glucosidase, periplasmic  28.16 
 
 		 765 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3580  periplasmic beta-glucosidase  28.94 
 
 		 764 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0326173  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2402  glycoside hydrolase family 3 domain protein  27.94 
 
 		 769 aa  202  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.452314  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1567  glycoside hydrolase family 3 protein  29.64 
 
 		 743 aa  202  3e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.599534  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0331  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.48 
 
 		 724 aa  201  5e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398461  normal  0.549038 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3995  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  28.64 
 
 		 774 aa  201  5e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000632005  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1816  glycoside hydrolase family 3 domain protein  27.64 
 
 		 751 aa  201  5e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02062  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  28.02 
 
 		 765 aa  201  6e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4290  beta-glucosidase  27.38 
 
 		 765 aa  201  6e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1515  glycoside hydrolase family 3 protein  28.02 
 
 		 765 aa  201  6e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02020  hypothetical protein  28.02 
 
 		 765 aa  201  6e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0912  beta-glucosidase, periplasmic  27.98 
 
 		 765 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.611673 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5411  glycoside hydrolase family 3 domain protein  29.62 
 
 		 751 aa  200  1.0000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2421  beta-glucosidase, periplasmic  28.33 
 
 		 765 aa  200  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3526  glycoside hydrolase family 3 domain protein  30.16 
 
 		 727 aa  199  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.045935 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0852  glycoside hydrolase family 3 domain protein  28.75 
 
 		 762 aa  199  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0847818  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>