More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3136 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3136  glycoside hydrolase family 3 domain protein  100 
 
 
759 aa  1508    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1014  glycoside hydrolase family protein  48.34 
 
 
772 aa  656    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285084  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0536  glycoside hydrolase family 3 domain protein  51.01 
 
 
754 aa  650    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0012986  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0331  glycoside hydrolase family 3 domain protein  58.87 
 
 
724 aa  788    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398461  normal  0.549038 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1567  glycoside hydrolase family 3 protein  45.17 
 
 
743 aa  644    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.599534  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04104  periplasmic beta-glucosidase  58.03 
 
 
723 aa  785    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1732  glycoside hydrolase family 3 protein  57.79 
 
 
740 aa  773    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1800  beta-glucosidase  57.52 
 
 
739 aa  771    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3972  glycoside hydrolase family 3 protein  57.28 
 
 
763 aa  804    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.471941  normal  0.534128 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3638  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.56 
 
 
766 aa  627  1e-178  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456784  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1816  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.82 
 
 
751 aa  625  1e-178  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3995  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  46.28 
 
 
774 aa  611  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000632005  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1297  glycoside hydrolase family protein  45.08 
 
 
763 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00926582  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0817  glycoside hydrolase family 3 protein  46.81 
 
 
738 aa  606  9.999999999999999e-173  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.306432 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2402  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.33 
 
 
769 aa  595  1e-169  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.452314  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1012  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.71 
 
 
804 aa  593  1e-168  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.722043  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4366  glycoside hydrolase family 3 protein  41.22 
 
 
743 aa  589  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1132  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.91 
 
 
752 aa  591  1e-167  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.730093  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1403  periplasmic beta-glucosidase  43.87 
 
 
763 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1044  glycoside hydrolase family 3 protein  44.09 
 
 
763 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2497  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.13 
 
 
769 aa  587  1e-166  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4408  glycoside hydrolase family 3 protein  43.74 
 
 
763 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.721312  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3521  glycoside hydrolase family 3 protein  41.54 
 
 
766 aa  588  1e-166  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.656969  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42230  periplasmic beta-glucosidase  44.07 
 
 
764 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4320  glycoside hydrolase family 3 protein  43.74 
 
 
763 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3580  periplasmic beta-glucosidase  45.16 
 
 
764 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0326173  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3993  glycoside hydrolase family protein  43.96 
 
 
753 aa  579  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.848681  normal  0.0961182 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4290  beta-glucosidase  42.23 
 
 
765 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4963  glycoside hydrolase family 3 protein  41.43 
 
 
765 aa  575  1.0000000000000001e-163  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.337001  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3739  periplasmic beta-glucosidase  39.3 
 
 
740 aa  574  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22686  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2311  periplasmic beta-glucosidase  42.13 
 
 
765 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5411  glycoside hydrolase family 3 domain protein  46.81 
 
 
751 aa  572  1.0000000000000001e-162  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2404  periplasmic beta-glucosidase  41.86 
 
 
755 aa  569  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2400  periplasmic beta-glucosidase  41.99 
 
 
755 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3463  glycoside hydrolase family 3 protein  44.58 
 
 
721 aa  569  1e-161  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2355  periplasmic beta-glucosidase  41.99 
 
 
755 aa  571  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2731  beta-galactosidase  41.51 
 
 
772 aa  569  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1525  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.97 
 
 
765 aa  565  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2267  beta-glucosidase, periplasmic  40.97 
 
 
765 aa  565  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2512  periplasmic beta-glucosidase  41.72 
 
 
755 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2915  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.74 
 
 
768 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02062  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  40.84 
 
 
765 aa  564  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0912  beta-glucosidase, periplasmic  40.97 
 
 
765 aa  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.611673 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0841  beta-glucosidase, periplasmic  40.84 
 
 
765 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2421  beta-glucosidase, periplasmic  40.7 
 
 
765 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1515  glycoside hydrolase family 3 protein  40.84 
 
 
765 aa  564  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1547  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.59 
 
 
768 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02020  hypothetical protein  40.84 
 
 
765 aa  564  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3257  beta-glucosidase, periplasmic  40.84 
 
 
765 aa  560  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621974 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3861  glycoside hydrolase family 3 protein  43.13 
 
 
759 aa  561  1e-158  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.825752  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0530  glycoside hydrolase family protein  44.35 
 
 
751 aa  557  1e-157  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1371  glycoside hydrolase family 3 protein  41.2 
 
 
765 aa  555  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0249  glycoside hydrolase family 3 protein  42.84 
 
 
750 aa  549  1e-155  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3237  glycoside hydrolase family 3 protein  44.02 
 
 
768 aa  549  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0078  glycoside hydrolase family 3 domain protein  45.48 
 
 
702 aa  546  1e-154  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5523  glycoside hydrolase family 3 domain protein  45.51 
 
 
714 aa  547  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131263  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1047  glycoside hydrolase family 3 domain protein  45.19 
 
 
733 aa  545  1e-154  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2729  Beta-glucosidase  43.85 
 
 
759 aa  540  9.999999999999999e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.751661 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0408  glycoside hydrolase family 3 domain protein  45.21 
 
 
713 aa  531  1e-149  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3784  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  38.58 
 
 
745 aa  515  1e-144  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.299854 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0593  glycoside hydrolase family 3 protein  40.03 
 
 
727 aa  512  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0532  putative periplasmic beta-glucosidase  40.16 
 
 
727 aa  512  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0699  glycoside hydrolase family 3 protein  39.3 
 
 
743 aa  506  9.999999999999999e-143  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.788293  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1611  glycoside hydrolase family protein  41.96 
 
 
764 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3299  glycoside hydrolase family protein  43.78 
 
 
716 aa  491  1e-137  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0397  Beta-glucosidase-related glycosidase  36.17 
 
 
760 aa  486  1e-136  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000776871 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2291  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.25 
 
 
733 aa  487  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0901  glycoside hydrolase family 3 protein  38.92 
 
 
790 aa  456  1e-127  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.72185  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3577  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.74 
 
 
723 aa  455  1.0000000000000001e-126  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.622283  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3526  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.42 
 
 
727 aa  454  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.045935 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0871  glycoside hydrolase family 3 protein  36.81 
 
 
778 aa  449  1e-125  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0848  glycoside hydrolase family 3 protein  36.81 
 
 
778 aa  449  1e-125  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0852  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.78 
 
 
762 aa  446  1e-123  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0847818  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2442  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.13 
 
 
742 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0502  glycoside hydrolase family 3 protein  36.1 
 
 
772 aa  433  1e-120  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1723  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.26 
 
 
756 aa  431  1e-119  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000651092  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2514  glycoside hydrolase family 3 protein  41.49 
 
 
743 aa  431  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0628734 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2354  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34 
 
 
771 aa  429  1e-119  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3730  glycoside hydrolase family protein  35.6 
 
 
805 aa  424  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.414697  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0229  glycoside hydrolase family 3 protein  35.1 
 
 
777 aa  422  1e-116  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.270264  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2737  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.41 
 
 
743 aa  422  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.728913 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0323  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.47 
 
 
807 aa  420  1e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000125133  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1832  glycoside hydrolase family 3 protein  36.68 
 
 
808 aa  413  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0261035 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1080  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.57 
 
 
792 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.353054  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2630  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.22 
 
 
782 aa  396  1e-109  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.829499  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1370  Beta-glucosidase  37.31 
 
 
737 aa  393  1e-108  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1081  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.44 
 
 
784 aa  390  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000550104  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03740  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  34.98 
 
 
765 aa  385  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.653977 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1375  glycoside hydrolase family 3 protein  35.53 
 
 
859 aa  385  1e-105  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0866514  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2862  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.43 
 
 
757 aa  377  1e-103  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.18832  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23450  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  37.45 
 
 
773 aa  377  1e-103  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.594543  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1163  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.09 
 
 
762 aa  377  1e-103  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2268  b-glucosidase  33.06 
 
 
758 aa  375  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0198  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.24 
 
 
749 aa  369  1e-101  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2280  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.11 
 
 
799 aa  366  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00208598 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19810  beta-glucosidase  31.94 
 
 
739 aa  367  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1089  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.01 
 
 
795 aa  369  1e-100  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2365  xylosidase/arabinosidase  33.29 
 
 
759 aa  362  1e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.327511  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4104  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.46 
 
 
738 aa  362  2e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.28211  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3292  glycoside hydrolase family 3 protein  35.93 
 
 
1037 aa  361  3e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>