More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3299 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0536  glycoside hydrolase family 3 domain protein  50.21 
 
 
754 aa  637    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0012986  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3299  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 
716 aa  1419    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5523  glycoside hydrolase family 3 domain protein  58.2 
 
 
714 aa  789    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131263  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0408  glycoside hydrolase family 3 domain protein  56.66 
 
 
713 aa  707    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2729  Beta-glucosidase  47.71 
 
 
759 aa  589  1e-167  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.751661 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1816  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.34 
 
 
751 aa  580  1e-164  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1014  glycoside hydrolase family protein  44.43 
 
 
772 aa  575  1.0000000000000001e-162  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285084  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0817  glycoside hydrolase family 3 protein  45.34 
 
 
738 aa  575  1.0000000000000001e-162  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.306432 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5411  glycoside hydrolase family 3 domain protein  46.04 
 
 
751 aa  558  1e-158  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1567  glycoside hydrolase family 3 protein  40.59 
 
 
743 aa  555  1e-156  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.599534  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1012  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.15 
 
 
804 aa  545  1e-153  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.722043  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1132  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.1 
 
 
752 aa  544  1e-153  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.730093  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3972  glycoside hydrolase family 3 protein  44.99 
 
 
763 aa  543  1e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.471941  normal  0.534128 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3521  glycoside hydrolase family 3 protein  39.53 
 
 
766 aa  537  1e-151  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.656969  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3638  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.91 
 
 
766 aa  526  1e-148  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456784  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3995  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  42.19 
 
 
774 aa  526  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000632005  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4963  glycoside hydrolase family 3 protein  39.78 
 
 
765 aa  525  1e-148  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.337001  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3993  glycoside hydrolase family protein  39.36 
 
 
753 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.848681  normal  0.0961182 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1047  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.66 
 
 
733 aa  518  1.0000000000000001e-145  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4290  beta-glucosidase  39.92 
 
 
765 aa  514  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3580  periplasmic beta-glucosidase  42.7 
 
 
764 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0326173  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2512  periplasmic beta-glucosidase  39.5 
 
 
755 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1044  glycoside hydrolase family 3 protein  40.19 
 
 
763 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2402  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.17 
 
 
769 aa  511  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.452314  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2404  periplasmic beta-glucosidase  39.5 
 
 
755 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3463  glycoside hydrolase family 3 protein  42.19 
 
 
721 aa  507  9.999999999999999e-143  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1297  glycoside hydrolase family protein  39.08 
 
 
763 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00926582  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04104  periplasmic beta-glucosidase  42.57 
 
 
723 aa  506  9.999999999999999e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1371  glycoside hydrolase family 3 protein  40.14 
 
 
765 aa  508  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2400  periplasmic beta-glucosidase  39.36 
 
 
755 aa  508  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4366  glycoside hydrolase family 3 protein  38.41 
 
 
743 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2311  periplasmic beta-glucosidase  39.22 
 
 
765 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42230  periplasmic beta-glucosidase  42.14 
 
 
764 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33573  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2497  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.94 
 
 
769 aa  508  9.999999999999999e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2355  periplasmic beta-glucosidase  39.36 
 
 
755 aa  507  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3861  glycoside hydrolase family 3 protein  39.28 
 
 
759 aa  506  9.999999999999999e-143  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.825752  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1547  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.4 
 
 
768 aa  504  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0530  glycoside hydrolase family protein  41.75 
 
 
751 aa  504  1e-141  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2731  beta-galactosidase  38.61 
 
 
772 aa  503  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1403  periplasmic beta-glucosidase  39.38 
 
 
763 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1800  beta-glucosidase  41.95 
 
 
739 aa  502  1e-140  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4408  glycoside hydrolase family 3 protein  39.25 
 
 
763 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.721312  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0078  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.56 
 
 
702 aa  500  1e-140  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3136  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.78 
 
 
759 aa  501  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3237  glycoside hydrolase family 3 protein  41.41 
 
 
768 aa  499  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4320  glycoside hydrolase family 3 protein  39.51 
 
 
763 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2915  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.89 
 
 
768 aa  496  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0331  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.8 
 
 
724 aa  498  1e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398461  normal  0.549038 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1732  glycoside hydrolase family 3 protein  41.95 
 
 
740 aa  499  1e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1525  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.09 
 
 
765 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3739  periplasmic beta-glucosidase  37.8 
 
 
740 aa  494  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22686  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2267  beta-glucosidase, periplasmic  38.09 
 
 
765 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0841  beta-glucosidase, periplasmic  38.09 
 
 
765 aa  494  9.999999999999999e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02062  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  37.95 
 
 
765 aa  492  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2421  beta-glucosidase, periplasmic  37.95 
 
 
765 aa  491  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02020  hypothetical protein  37.95 
 
 
765 aa  492  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0249  glycoside hydrolase family 3 protein  41.88 
 
 
750 aa  491  1e-137  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3257  beta-glucosidase, periplasmic  37.95 
 
 
765 aa  489  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621974 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0912  beta-glucosidase, periplasmic  37.95 
 
 
765 aa  491  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.611673 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0699  glycoside hydrolase family 3 protein  37.77 
 
 
743 aa  491  1e-137  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.788293  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1515  glycoside hydrolase family 3 protein  37.95 
 
 
765 aa  492  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3784  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  36.59 
 
 
745 aa  488  1e-136  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.299854 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2291  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.8 
 
 
733 aa  469  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0593  glycoside hydrolase family 3 protein  39.69 
 
 
727 aa  463  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0532  putative periplasmic beta-glucosidase  39.83 
 
 
727 aa  465  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1611  glycoside hydrolase family protein  41.68 
 
 
764 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3577  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.6 
 
 
723 aa  465  1e-129  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.622283  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0397  Beta-glucosidase-related glycosidase  35.8 
 
 
760 aa  458  1e-127  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000776871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2442  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.78 
 
 
742 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2514  glycoside hydrolase family 3 protein  42.63 
 
 
743 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0628734 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2737  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.09 
 
 
743 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.728913 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0901  glycoside hydrolase family 3 protein  37.77 
 
 
790 aa  430  1e-119  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.72185  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3526  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.99 
 
 
727 aa  425  1e-117  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.045935 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2354  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.23 
 
 
771 aa  420  1e-116  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1163  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.09 
 
 
762 aa  406  1.0000000000000001e-112  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0229  glycoside hydrolase family 3 protein  33.78 
 
 
777 aa  400  9.999999999999999e-111  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.270264  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0852  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.19 
 
 
762 aa  397  1e-109  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0847818  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2630  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.9 
 
 
782 aa  386  1e-106  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.829499  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0871  glycoside hydrolase family 3 protein  34.85 
 
 
778 aa  388  1e-106  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3730  glycoside hydrolase family protein  34.71 
 
 
805 aa  385  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.414697  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0848  glycoside hydrolase family 3 protein  34.53 
 
 
778 aa  383  1e-105  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0323  glycoside hydrolase family 3 domain protein  32.76 
 
 
807 aa  382  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000125133  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23450  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  39.14 
 
 
773 aa  376  1e-103  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.594543  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1370  Beta-glucosidase  38.41 
 
 
737 aa  376  1e-103  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1723  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.29 
 
 
756 aa  369  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000651092  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03740  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  34.9 
 
 
765 aa  367  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.653977 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0502  glycoside hydrolase family 3 protein  34.08 
 
 
772 aa  363  5.0000000000000005e-99  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0692  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.46 
 
 
736 aa  357  5.999999999999999e-97  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0501235 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1080  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.58 
 
 
792 aa  356  1e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.353054  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1832  glycoside hydrolase family 3 protein  35.45 
 
 
808 aa  354  2.9999999999999997e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0261035 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1934  beta-glucosidase-like glycosidase  33.38 
 
 
787 aa  354  2.9999999999999997e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3027  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.99 
 
 
765 aa  348  2e-94  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2050  glycoside hydrolase family 3 protein  35.35 
 
 
817 aa  346  8e-94  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11570  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  36.14 
 
 
785 aa  346  1e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0110088 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3577  b-glucosidase  32.6 
 
 
750 aa  345  2e-93  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0928  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.63 
 
 
780 aa  344  2.9999999999999997e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3292  glycoside hydrolase family 3 protein  35.86 
 
 
1037 aa  342  1e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2268  b-glucosidase  31.82 
 
 
758 aa  342  1e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0198  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.11 
 
 
749 aa  342  1e-92  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19810  beta-glucosidase  32.1 
 
 
739 aa  341  4e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>