More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3237 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4408  glycoside hydrolase family 3 protein  65.31 
 
 		 763 aa  1015    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.721312  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02062  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  58.23 
 
 		 765 aa  911    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1525  glycoside hydrolase family 3 domain protein  58.23 
 
 		 765 aa  912    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1403  periplasmic beta-glucosidase  65.44 
 
 		 763 aa  1018    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2421  beta-glucosidase, periplasmic  58.1 
 
 		 765 aa  911    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2402  glycoside hydrolase family 3 domain protein  57.72 
 
 		 769 aa  911    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.452314  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4290  beta-glucosidase  61.57 
 
 		 765 aa  955    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2267  beta-glucosidase, periplasmic  58.23 
 
 		 765 aa  912    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3993  glycoside hydrolase family protein  61.84 
 
 		 753 aa  960    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.848681  normal  0.0961182 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1297  glycoside hydrolase family protein  65.01 
 
 		 763 aa  1043    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00926582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1044  glycoside hydrolase family 3 protein  65.85 
 
 		 763 aa  1019    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1515  glycoside hydrolase family 3 protein  58.23 
 
 		 765 aa  911    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2915  glycoside hydrolase family 3 domain protein  59.79 
 
 		 768 aa  928    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2355  periplasmic beta-glucosidase  58.23 
 
 		 755 aa  912    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2400  periplasmic beta-glucosidase  58.37 
 
 		 755 aa  912    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3995  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  66.62 
 
 		 774 aa  1061    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000632005  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2497  glycoside hydrolase family 3 domain protein  58.91 
 
 		 769 aa  916    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1014  glycoside hydrolase family protein  47.4 
 
 		 772 aa  640    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1816  glycoside hydrolase family 3 domain protein  46.88 
 
 		 751 aa  682    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2311  periplasmic beta-glucosidase  58.37 
 
 		 765 aa  914    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42230  periplasmic beta-glucosidase  60.16 
 
 		 764 aa  917    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3257  beta-glucosidase, periplasmic  58.1 
 
 		 765 aa  907    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621974 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0912  beta-glucosidase, periplasmic  58.1 
 
 		 765 aa  909    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.611673 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1547  glycoside hydrolase family 3 domain protein  61 
 
 		 768 aa  930    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0841  beta-glucosidase, periplasmic  58.23 
 
 		 765 aa  912    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2404  periplasmic beta-glucosidase  58.23 
 
 		 755 aa  910    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2731  beta-galactosidase  57.01 
 
 		 772 aa  899    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3237  glycoside hydrolase family 3 protein  100 
 
 		 768 aa  1550    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02020  hypothetical protein  58.23 
 
 		 765 aa  911    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3521  glycoside hydrolase family 3 protein  46.89 
 
 		 766 aa  682    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.656969  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3638  glycoside hydrolase family 3 domain protein  46.56 
 
 		 766 aa  701    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4320  glycoside hydrolase family 3 protein  65.58 
 
 		 763 aa  1021    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1371  glycoside hydrolase family 3 protein  60.97 
 
 		 765 aa  951    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2512  periplasmic beta-glucosidase  58.1 
 
 		 755 aa  909    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3580  periplasmic beta-glucosidase  60.1 
 
 		 764 aa  928    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0326173  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1567  glycoside hydrolase family 3 protein  42.88 
 
 		 743 aa  625  1e-178  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.599534  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0817  glycoside hydrolase family 3 protein  44.69 
 
 		 738 aa  602  1.0000000000000001e-171  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306432 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0536  glycoside hydrolase family 3 domain protein  46.55 
 
 		 754 aa  586  1e-166  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0012986  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1012  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.93 
 
 		 804 aa  581  1e-164  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.722043  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1132  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.82 
 
 		 752 aa  580  1e-164  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.730093  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3861  glycoside hydrolase family 3 protein  42.64 
 
 		 759 aa  552  1e-156  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.825752  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5411  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.68 
 
 		 751 aa  549  1e-155  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04104  periplasmic beta-glucosidase  43.14 
 
 		 723 aa  548  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4366  glycoside hydrolase family 3 protein  39.92 
 
 		 743 aa  534  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1800  beta-glucosidase  43.37 
 
 		 739 aa  533  1e-150  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0530  glycoside hydrolase family protein  41.94 
 
 		 751 aa  532  1e-150  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1732  glycoside hydrolase family 3 protein  43.51 
 
 		 740 aa  533  1e-150  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0331  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.35 
 
 		 724 aa  530  1e-149  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398461  normal  0.549038 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3463  glycoside hydrolase family 3 protein  42.34 
 
 		 721 aa  530  1e-149  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0699  glycoside hydrolase family 3 protein  40.48 
 
 		 743 aa  525  1e-147  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.788293  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0397  Beta-glucosidase-related glycosidase  38.12 
 
 		 760 aa  523  1e-147  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000776871 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0249  glycoside hydrolase family 3 protein  40.53 
 
 		 750 aa  522  1e-146  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3972  glycoside hydrolase family 3 protein  42.97 
 
 		 763 aa  521  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.471941  normal  0.534128 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4963  glycoside hydrolase family 3 protein  39.92 
 
 		 765 aa  518  1.0000000000000001e-145  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.337001  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3136  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.63 
 
 		 759 aa  513  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1047  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.8 
 
 		 733 aa  514  1e-144  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3739  periplasmic beta-glucosidase  36.34 
 
 		 740 aa  507  9.999999999999999e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22686  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3784  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  37.69 
 
 		 745 aa  507  9.999999999999999e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.299854 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1611  glycoside hydrolase family protein  41.68 
 
 		 764 aa  492  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0078  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.54 
 
 		 702 aa  484  1e-135  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0852  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.92 
 
 		 762 aa  484  1e-135  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0847818  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0532  putative periplasmic beta-glucosidase  38.5 
 
 		 727 aa  476  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0593  glycoside hydrolase family 3 protein  38.5 
 
 		 727 aa  477  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2729  Beta-glucosidase  40.41 
 
 		 759 aa  473  1e-132  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.751661 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5523  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.52 
 
 		 714 aa  474  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131263  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2291  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.2 
 
 		 733 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3299  glycoside hydrolase family protein  41.41 
 
 		 716 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0323  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.6 
 
 		 807 aa  451  1e-125  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000125133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0408  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.05 
 
 		 713 aa  450  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2442  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.85 
 
 		 742 aa  451  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3577  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.99 
 
 		 723 aa  444  1e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.622283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3730  glycoside hydrolase family protein  36.84 
 
 		 805 aa  445  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.414697  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0848  glycoside hydrolase family 3 protein  35.79 
 
 		 778 aa  443  1e-123  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0871  glycoside hydrolase family 3 protein  35.79 
 
 		 778 aa  442  9.999999999999999e-123  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2514  glycoside hydrolase family 3 protein  39.68 
 
 		 743 aa  432  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0628734 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1832  glycoside hydrolase family 3 protein  35.42 
 
 		 808 aa  432  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0261035 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0502  glycoside hydrolase family 3 protein  35.48 
 
 		 772 aa  431  1e-119  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1723  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.69 
 
 		 756 aa  430  1e-119  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000651092  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2737  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.62 
 
 		 743 aa  432  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.728913 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0229  glycoside hydrolase family 3 protein  34.56 
 
 		 777 aa  424  1e-117  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.270264  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1370  Beta-glucosidase  37.09 
 
 		 737 aa  416  9.999999999999999e-116  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0901  glycoside hydrolase family 3 protein  36.74 
 
 		 790 aa  416  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.72185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3526  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.18 
 
 		 727 aa  418  9.999999999999999e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.045935 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1080  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.69 
 
 		 792 aa  403  1e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.353054  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1934  beta-glucosidase-like glycosidase  35.19 
 
 		 787 aa  405  1e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2354  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.81 
 
 		 771 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0198  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.66 
 
 		 749 aa  399  9.999999999999999e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03740  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  34.72 
 
 		 765 aa  401  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.653977 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19810  beta-glucosidase  33.59 
 
 		 739 aa  400  9.999999999999999e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1163  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.34 
 
 		 762 aa  396  1e-109  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0794  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.53 
 
 		 801 aa  395  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2268  b-glucosidase  33.29 
 
 		 758 aa  385  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1375  glycoside hydrolase family 3 protein  35.79 
 
 		 859 aa  383  1e-105  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0866514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2862  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.14 
 
 		 757 aa  380  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.18832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4104  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.99 
 
 		 738 aa  380  1e-104  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.28211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1607  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.23 
 
 		 760 aa  380  1e-104  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1081  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.01 
 
 		 784 aa  377  1e-103  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000550104  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2273  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  31.9 
 
 		 820 aa  374  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3027  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.57 
 
 		 765 aa  374  1e-102  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0155  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.86 
 
 		 755 aa  372  1e-101  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.167458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>