More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1611 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1611  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 
764 aa  1529    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3638  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.71 
 
 
766 aa  592  1e-168  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456784  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3521  glycoside hydrolase family 3 protein  42.05 
 
 
766 aa  592  1e-167  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.656969  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0536  glycoside hydrolase family 3 domain protein  47.76 
 
 
754 aa  588  1e-166  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0012986  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1014  glycoside hydrolase family protein  44.65 
 
 
772 aa  579  1e-164  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285084  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0817  glycoside hydrolase family 3 protein  44.5 
 
 
738 aa  578  1.0000000000000001e-163  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.306432 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3739  periplasmic beta-glucosidase  40.78 
 
 
740 aa  574  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22686  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0249  glycoside hydrolase family 3 protein  43.21 
 
 
750 aa  574  1.0000000000000001e-162  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4366  glycoside hydrolase family 3 protein  39.55 
 
 
743 aa  569  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1816  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.87 
 
 
751 aa  566  1e-160  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1567  glycoside hydrolase family 3 protein  39.76 
 
 
743 aa  559  1e-158  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.599534  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3993  glycoside hydrolase family protein  40.92 
 
 
753 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.848681  normal  0.0961182 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3463  glycoside hydrolase family 3 protein  42.86 
 
 
721 aa  538  1e-151  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1403  periplasmic beta-glucosidase  40.91 
 
 
763 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4408  glycoside hydrolase family 3 protein  41.13 
 
 
763 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.721312  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4290  beta-glucosidase  39.63 
 
 
765 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5411  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.57 
 
 
751 aa  533  1e-150  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4320  glycoside hydrolase family 3 protein  40.91 
 
 
763 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2355  periplasmic beta-glucosidase  39.7 
 
 
755 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2400  periplasmic beta-glucosidase  39.84 
 
 
755 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2311  periplasmic beta-glucosidase  39.84 
 
 
765 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1012  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40 
 
 
804 aa  531  1e-149  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.722043  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2404  periplasmic beta-glucosidase  39.7 
 
 
755 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3861  glycoside hydrolase family 3 protein  41.3 
 
 
759 aa  529  1e-149  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.825752  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1297  glycoside hydrolase family protein  39.57 
 
 
763 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00926582  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1044  glycoside hydrolase family 3 protein  40.85 
 
 
763 aa  528  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2512  periplasmic beta-glucosidase  39.57 
 
 
755 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4963  glycoside hydrolase family 3 protein  38.77 
 
 
765 aa  527  1e-148  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.337001  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2497  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.84 
 
 
769 aa  528  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0532  putative periplasmic beta-glucosidase  40.38 
 
 
727 aa  521  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3784  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  37.43 
 
 
745 aa  520  1e-146  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.299854 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2402  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.16 
 
 
769 aa  520  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.452314  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0593  glycoside hydrolase family 3 protein  40.38 
 
 
727 aa  521  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2421  beta-glucosidase, periplasmic  38.49 
 
 
765 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02062  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  38.49 
 
 
765 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1525  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.49 
 
 
765 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1515  glycoside hydrolase family 3 protein  38.49 
 
 
765 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02020  hypothetical protein  38.49 
 
 
765 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2267  beta-glucosidase, periplasmic  38.49 
 
 
765 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0530  glycoside hydrolase family protein  40.87 
 
 
751 aa  516  1.0000000000000001e-145  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2731  beta-galactosidase  38.78 
 
 
772 aa  516  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0912  beta-glucosidase, periplasmic  38.49 
 
 
765 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.611673 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04104  periplasmic beta-glucosidase  41.34 
 
 
723 aa  515  1e-144  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3995  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  39.97 
 
 
774 aa  513  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000632005  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0841  beta-glucosidase, periplasmic  38.36 
 
 
765 aa  514  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1047  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.18 
 
 
733 aa  514  1e-144  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1132  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.3 
 
 
752 aa  514  1e-144  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.730093  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3972  glycoside hydrolase family 3 protein  41.1 
 
 
763 aa  509  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.471941  normal  0.534128 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3257  beta-glucosidase, periplasmic  38.36 
 
 
765 aa  512  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621974 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2915  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.42 
 
 
768 aa  508  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42230  periplasmic beta-glucosidase  40.4 
 
 
764 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33573  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3237  glycoside hydrolase family 3 protein  41.68 
 
 
768 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1547  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.5 
 
 
768 aa  508  9.999999999999999e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3580  periplasmic beta-glucosidase  40.64 
 
 
764 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0326173  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1732  glycoside hydrolase family 3 protein  41.29 
 
 
740 aa  499  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2729  Beta-glucosidase  42.94 
 
 
759 aa  502  1e-140  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.751661 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3136  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.96 
 
 
759 aa  496  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1800  beta-glucosidase  41.15 
 
 
739 aa  497  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0078  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.49 
 
 
702 aa  492  1e-137  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1371  glycoside hydrolase family 3 protein  38.21 
 
 
765 aa  483  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0331  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.4 
 
 
724 aa  484  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398461  normal  0.549038 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0699  glycoside hydrolase family 3 protein  38.26 
 
 
743 aa  483  1e-135  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.788293  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2442  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.63 
 
 
742 aa  483  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2291  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.94 
 
 
733 aa  478  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5523  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.96 
 
 
714 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131263  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2514  glycoside hydrolase family 3 protein  42.97 
 
 
743 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0628734 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0901  glycoside hydrolase family 3 protein  40.19 
 
 
790 aa  459  1e-127  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.72185  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0323  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.27 
 
 
807 aa  458  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000125133  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2737  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.32 
 
 
743 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.728913 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0397  Beta-glucosidase-related glycosidase  33.87 
 
 
760 aa  448  1.0000000000000001e-124  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000776871 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0871  glycoside hydrolase family 3 protein  35.65 
 
 
778 aa  441  9.999999999999999e-123  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0848  glycoside hydrolase family 3 protein  35.78 
 
 
778 aa  442  9.999999999999999e-123  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2354  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.12 
 
 
771 aa  436  1e-121  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3730  glycoside hydrolase family protein  38.7 
 
 
805 aa  436  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.414697  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0229  glycoside hydrolase family 3 protein  34.17 
 
 
777 aa  435  1e-120  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.270264  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3299  glycoside hydrolase family protein  41.68 
 
 
716 aa  436  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0852  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.88 
 
 
762 aa  435  1e-120  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0847818  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0408  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.38 
 
 
713 aa  427  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0502  glycoside hydrolase family 3 protein  35.12 
 
 
772 aa  423  1e-117  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3577  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.01 
 
 
723 aa  414  1e-114  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.622283  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1375  glycoside hydrolase family 3 protein  36.76 
 
 
859 aa  410  1e-113  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0866514  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03740  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  37.78 
 
 
765 aa  410  1e-113  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.653977 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2630  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.59 
 
 
782 aa  410  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.829499  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1163  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.58 
 
 
762 aa  409  1.0000000000000001e-112  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3526  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.93 
 
 
727 aa  407  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.045935 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1723  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.27 
 
 
756 aa  402  1e-111  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000651092  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1080  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.48 
 
 
792 aa  405  1e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.353054  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2280  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.31 
 
 
799 aa  402  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00208598 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1832  glycoside hydrolase family 3 protein  37.46 
 
 
808 aa  402  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0261035 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1934  beta-glucosidase-like glycosidase  36.98 
 
 
787 aa  397  1e-109  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1370  Beta-glucosidase  36.77 
 
 
737 aa  390  1e-107  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1081  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.67 
 
 
784 aa  390  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000550104  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0867  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.24 
 
 
783 aa  386  1e-106  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0794  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.59 
 
 
801 aa  381  1e-104  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1607  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.5 
 
 
760 aa  382  1e-104  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2069  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.36 
 
 
760 aa  380  1e-104  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0155  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.71 
 
 
755 aa  376  1e-103  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.167458  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0198  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.39 
 
 
749 aa  379  1e-103  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19810  beta-glucosidase  32.38 
 
 
739 aa  371  1e-101  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1089  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.94 
 
 
795 aa  372  1e-101  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>