More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1547 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3638  glycoside hydrolase family 3 domain protein  47.8 
 
 		 766 aa  747    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2402  glycoside hydrolase family 3 domain protein  80.47 
 
 		 769 aa  1304    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.452314  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0841  beta-glucosidase, periplasmic  73.96 
 
 		 765 aa  1197    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2404  periplasmic beta-glucosidase  74.01 
 
 		 755 aa  1185    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02062  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  73.96 
 
 		 765 aa  1199    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1525  glycoside hydrolase family 3 domain protein  73.96 
 
 		 765 aa  1198    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1403  periplasmic beta-glucosidase  61.48 
 
 		 763 aa  981    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2311  periplasmic beta-glucosidase  73.96 
 
 		 765 aa  1201    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2421  beta-glucosidase, periplasmic  73.83 
 
 		 765 aa  1198    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2355  periplasmic beta-glucosidase  74.14 
 
 		 755 aa  1187    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2267  beta-glucosidase, periplasmic  73.96 
 
 		 765 aa  1198    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4290  beta-glucosidase  62.5 
 
 		 765 aa  1023    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1371  glycoside hydrolase family 3 protein  73.53 
 
 		 765 aa  1148    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3993  glycoside hydrolase family protein  63.1 
 
 		 753 aa  1024    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.848681  normal  0.0961182 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1297  glycoside hydrolase family protein  62 
 
 		 763 aa  1007    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00926582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1515  glycoside hydrolase family 3 protein  73.96 
 
 		 765 aa  1199    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1044  glycoside hydrolase family 3 protein  62.69 
 
 		 763 aa  968    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3257  beta-glucosidase, periplasmic  73.83 
 
 		 765 aa  1192    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621974 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3995  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  60.61 
 
 		 774 aa  971    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000632005  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1014  glycoside hydrolase family protein  46.68 
 
 		 772 aa  651    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0912  beta-glucosidase, periplasmic  73.83 
 
 		 765 aa  1194    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.611673 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42230  periplasmic beta-glucosidase  64.19 
 
 		 764 aa  1022    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2497  glycoside hydrolase family 3 domain protein  80.49 
 
 		 769 aa  1299    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2512  periplasmic beta-glucosidase  73.88 
 
 		 755 aa  1184    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1816  glycoside hydrolase family 3 domain protein  50.75 
 
 		 751 aa  747    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1547  glycoside hydrolase family 3 domain protein  100 
 
 		 768 aa  1585    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2400  periplasmic beta-glucosidase  73.88 
 
 		 755 aa  1184    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2731  beta-galactosidase  72.4 
 
 		 772 aa  1177    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3237  glycoside hydrolase family 3 protein  61 
 
 		 768 aa  955    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1567  glycoside hydrolase family 3 protein  47.81 
 
 		 743 aa  682    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.599534  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3521  glycoside hydrolase family 3 protein  47.46 
 
 		 766 aa  726    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.656969  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4320  glycoside hydrolase family 3 protein  61.48 
 
 		 763 aa  979    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4408  glycoside hydrolase family 3 protein  61.35 
 
 		 763 aa  979    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.721312  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02020  hypothetical protein  73.96 
 
 		 765 aa  1199    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2915  glycoside hydrolase family 3 domain protein  97.4 
 
 		 768 aa  1503    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3580  periplasmic beta-glucosidase  64.19 
 
 		 764 aa  1026    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0326173  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0817  glycoside hydrolase family 3 protein  44.24 
 
 		 738 aa  626  1e-178  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306432 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1012  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.83 
 
 		 804 aa  625  1e-178  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.722043  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0536  glycoside hydrolase family 3 domain protein  45.59 
 
 		 754 aa  621  1e-176  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0012986  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1132  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.49 
 
 		 752 aa  609  1e-173  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.730093  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5411  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.32 
 
 		 751 aa  575  1.0000000000000001e-163  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3463  glycoside hydrolase family 3 protein  42.74 
 
 		 721 aa  578  1.0000000000000001e-163  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4366  glycoside hydrolase family 3 protein  40.16 
 
 		 743 aa  569  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3861  glycoside hydrolase family 3 protein  43.07 
 
 		 759 aa  570  1e-161  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.825752  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3972  glycoside hydrolase family 3 protein  42.45 
 
 		 763 aa  568  1e-160  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.471941  normal  0.534128 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04104  periplasmic beta-glucosidase  42.61 
 
 		 723 aa  566  1e-160  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3739  periplasmic beta-glucosidase  38.98 
 
 		 740 aa  563  1.0000000000000001e-159  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22686  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1047  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.62 
 
 		 733 aa  558  1e-158  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3136  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.59 
 
 		 759 aa  552  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4963  glycoside hydrolase family 3 protein  41.44 
 
 		 765 aa  551  1e-155  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.337001  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0530  glycoside hydrolase family protein  40.92 
 
 		 751 aa  542  1e-153  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1800  beta-glucosidase  42.38 
 
 		 739 aa  545  1e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1732  glycoside hydrolase family 3 protein  42.38 
 
 		 740 aa  541  9.999999999999999e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0249  glycoside hydrolase family 3 protein  39.12 
 
 		 750 aa  541  9.999999999999999e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0331  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.34 
 
 		 724 aa  540  9.999999999999999e-153  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398461  normal  0.549038 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0397  Beta-glucosidase-related glycosidase  39.22 
 
 		 760 aa  538  1e-151  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000776871 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3784  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  38.74 
 
 		 745 aa  535  1e-150  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.299854 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0593  glycoside hydrolase family 3 protein  39.39 
 
 		 727 aa  530  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0532  putative periplasmic beta-glucosidase  39.39 
 
 		 727 aa  530  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0699  glycoside hydrolase family 3 protein  39.81 
 
 		 743 aa  531  1e-149  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.788293  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2729  Beta-glucosidase  39.89 
 
 		 759 aa  516  1.0000000000000001e-145  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.751661 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2291  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.18 
 
 		 733 aa  512  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1611  glycoside hydrolase family protein  39.84 
 
 		 764 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0078  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.93 
 
 		 702 aa  499  1e-140  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5523  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.79 
 
 		 714 aa  496  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131263  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0852  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.84 
 
 		 762 aa  489  1e-137  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0847818  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3299  glycoside hydrolase family protein  39.22 
 
 		 716 aa  480  1e-134  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0408  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.38 
 
 		 713 aa  477  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2442  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.73 
 
 		 742 aa  478  1e-133  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3577  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.25 
 
 		 723 aa  471  1.0000000000000001e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.622283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3730  glycoside hydrolase family protein  36.08 
 
 		 805 aa  469  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.414697  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0901  glycoside hydrolase family 3 protein  35.83 
 
 		 790 aa  456  1e-127  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.72185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2514  glycoside hydrolase family 3 protein  38.98 
 
 		 743 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0628734 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1723  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.92 
 
 		 756 aa  451  1e-125  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000651092  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3526  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.73 
 
 		 727 aa  451  1e-125  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.045935 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2737  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.32 
 
 		 743 aa  452  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.728913 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0848  glycoside hydrolase family 3 protein  35.16 
 
 		 778 aa  450  1e-125  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0871  glycoside hydrolase family 3 protein  34.9 
 
 		 778 aa  449  1.0000000000000001e-124  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0323  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.24 
 
 		 807 aa  448  1.0000000000000001e-124  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000125133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0229  glycoside hydrolase family 3 protein  34.97 
 
 		 777 aa  442  9.999999999999999e-123  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.270264  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0502  glycoside hydrolase family 3 protein  34.54 
 
 		 772 aa  436  1e-120  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0198  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.94 
 
 		 749 aa  434  1e-120  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1832  glycoside hydrolase family 3 protein  35.03 
 
 		 808 aa  433  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0261035 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2630  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.78 
 
 		 782 aa  426  1e-118  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.829499  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2268  b-glucosidase  33.97 
 
 		 758 aa  419  1e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03740  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  34.35 
 
 		 765 aa  417  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.653977 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2354  glycoside hydrolase family 3 domain protein  32.3 
 
 		 771 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1934  beta-glucosidase-like glycosidase  34.18 
 
 		 787 aa  417  9.999999999999999e-116  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1080  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.3 
 
 		 792 aa  419  9.999999999999999e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.353054  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1375  glycoside hydrolase family 3 protein  35.26 
 
 		 859 aa  416  1e-114  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0866514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0794  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.47 
 
 		 801 aa  411  1e-113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19810  beta-glucosidase  34.61 
 
 		 739 aa  410  1e-113  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1607  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.78 
 
 		 760 aa  406  1.0000000000000001e-112  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1564  glycoside hydrolase family 3 protein  33.76 
 
 		 755 aa  407  1.0000000000000001e-112  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.180056  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1370  Beta-glucosidase  35.26 
 
 		 737 aa  404  1e-111  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2365  xylosidase/arabinosidase  33.12 
 
 		 759 aa  401  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.327511  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3027  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.78 
 
 		 765 aa  399  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1081  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.67 
 
 		 784 aa  397  1e-109  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000550104  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3577  b-glucosidase  32.91 
 
 		 750 aa  386  1e-106  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1163  glycoside hydrolase family 3 domain protein  32.9 
 
 		 762 aa  387  1e-106  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>