More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0408 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5523  glycoside hydrolase family 3 domain protein  54.96 
 
 		 714 aa  733    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131263  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3299  glycoside hydrolase family protein  56.72 
 
 		 716 aa  702    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0408  glycoside hydrolase family 3 domain protein  100 
 
 		 713 aa  1412    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0536  glycoside hydrolase family 3 domain protein  48.73 
 
 		 754 aa  609  1e-173  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0012986  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1014  glycoside hydrolase family protein  45.3 
 
 		 772 aa  591  1e-167  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1816  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.18 
 
 		 751 aa  592  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1567  glycoside hydrolase family 3 protein  43.5 
 
 		 743 aa  576  1.0000000000000001e-163  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.599534  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2729  Beta-glucosidase  46.38 
 
 		 759 aa  569  1e-161  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.751661 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1012  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.85 
 
 		 804 aa  560  1e-158  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.722043  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1132  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.97 
 
 		 752 aa  556  1e-157  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.730093  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3638  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.32 
 
 		 766 aa  551  1e-155  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3521  glycoside hydrolase family 3 protein  39.73 
 
 		 766 aa  541  9.999999999999999e-153  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.656969  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3136  glycoside hydrolase family 3 domain protein  45.21 
 
 		 759 aa  536  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5411  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.4 
 
 		 751 aa  526  1e-148  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0817  glycoside hydrolase family 3 protein  43.14 
 
 		 738 aa  522  1e-147  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306432 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1297  glycoside hydrolase family protein  40.62 
 
 		 763 aa  521  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00926582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3972  glycoside hydrolase family 3 protein  44.35 
 
 		 763 aa  520  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.471941  normal  0.534128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3993  glycoside hydrolase family protein  39.43 
 
 		 753 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.848681  normal  0.0961182 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2402  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.22 
 
 		 769 aa  518  1.0000000000000001e-145  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.452314  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3861  glycoside hydrolase family 3 protein  41.18 
 
 		 759 aa  517  1.0000000000000001e-145  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.825752  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2497  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.94 
 
 		 769 aa  513  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1044  glycoside hydrolase family 3 protein  40.41 
 
 		 763 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4408  glycoside hydrolase family 3 protein  40.43 
 
 		 763 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.721312  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1403  periplasmic beta-glucosidase  40.14 
 
 		 763 aa  512  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3995  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  40.81 
 
 		 774 aa  511  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000632005  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4963  glycoside hydrolase family 3 protein  40.5 
 
 		 765 aa  512  1e-143  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.337001  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4320  glycoside hydrolase family 3 protein  40 
 
 		 763 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4290  beta-glucosidase  38.88 
 
 		 765 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4366  glycoside hydrolase family 3 protein  38.65 
 
 		 743 aa  502  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1371  glycoside hydrolase family 3 protein  38.27 
 
 		 765 aa  502  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3580  periplasmic beta-glucosidase  41.42 
 
 		 764 aa  500  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0326173  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0530  glycoside hydrolase family protein  41.49 
 
 		 751 aa  495  1e-139  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0249  glycoside hydrolase family 3 protein  40.08 
 
 		 750 aa  496  1e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1047  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.5 
 
 		 733 aa  496  1e-139  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1547  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.24 
 
 		 768 aa  498  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2915  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.57 
 
 		 768 aa  496  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3739  periplasmic beta-glucosidase  37.97 
 
 		 740 aa  494  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22686  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3784  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  38.53 
 
 		 745 aa  494  9.999999999999999e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.299854 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42230  periplasmic beta-glucosidase  40.46 
 
 		 764 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04104  periplasmic beta-glucosidase  42.39 
 
 		 723 aa  495  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3463  glycoside hydrolase family 3 protein  41.67 
 
 		 721 aa  490  1e-137  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1732  glycoside hydrolase family 3 protein  41.7 
 
 		 740 aa  486  1e-136  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1800  beta-glucosidase  41.55 
 
 		 739 aa  487  1e-136  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0532  putative periplasmic beta-glucosidase  39.97 
 
 		 727 aa  482  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2311  periplasmic beta-glucosidase  37.91 
 
 		 765 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2355  periplasmic beta-glucosidase  37.91 
 
 		 755 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02062  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  37.64 
 
 		 765 aa  479  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2512  periplasmic beta-glucosidase  37.77 
 
 		 755 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0593  glycoside hydrolase family 3 protein  39.97 
 
 		 727 aa  481  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3237  glycoside hydrolase family 3 protein  40.46 
 
 		 768 aa  482  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2400  periplasmic beta-glucosidase  37.77 
 
 		 755 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02020  hypothetical protein  37.64 
 
 		 765 aa  479  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1515  glycoside hydrolase family 3 protein  37.64 
 
 		 765 aa  479  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2404  periplasmic beta-glucosidase  37.77 
 
 		 755 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1525  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.5 
 
 		 765 aa  476  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2421  beta-glucosidase, periplasmic  37.5 
 
 		 765 aa  479  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0331  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.5 
 
 		 724 aa  478  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398461  normal  0.549038 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2267  beta-glucosidase, periplasmic  37.5 
 
 		 765 aa  476  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0912  beta-glucosidase, periplasmic  37.64 
 
 		 765 aa  478  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.611673 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0841  beta-glucosidase, periplasmic  37.5 
 
 		 765 aa  476  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0078  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.6 
 
 		 702 aa  475  1e-132  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2731  beta-galactosidase  36.8 
 
 		 772 aa  474  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3257  beta-glucosidase, periplasmic  37.36 
 
 		 765 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621974 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0699  glycoside hydrolase family 3 protein  36.91 
 
 		 743 aa  466  9.999999999999999e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.788293  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3577  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.72 
 
 		 723 aa  449  1e-125  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.622283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1611  glycoside hydrolase family protein  41.38 
 
 		 764 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0397  Beta-glucosidase-related glycosidase  35.54 
 
 		 760 aa  440  9.999999999999999e-123  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000776871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2442  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.37 
 
 		 742 aa  429  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3526  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.28 
 
 		 727 aa  426  1e-118  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.045935 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0852  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.47 
 
 		 762 aa  424  1e-117  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0847818  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2291  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.64 
 
 		 733 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2514  glycoside hydrolase family 3 protein  39.8 
 
 		 743 aa  397  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0628734 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2737  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.39 
 
 		 743 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.728913 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0871  glycoside hydrolase family 3 protein  32.94 
 
 		 778 aa  384  1e-105  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2630  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.15 
 
 		 782 aa  385  1e-105  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.829499  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0848  glycoside hydrolase family 3 protein  32.85 
 
 		 778 aa  383  1e-105  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2354  glycoside hydrolase family 3 domain protein  31.71 
 
 		 771 aa  384  1e-105  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0229  glycoside hydrolase family 3 protein  33.16 
 
 		 777 aa  380  1e-104  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.270264  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1832  glycoside hydrolase family 3 protein  35.89 
 
 		 808 aa  378  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0261035 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3730  glycoside hydrolase family protein  35.48 
 
 		 805 aa  376  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.414697  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0323  glycoside hydrolase family 3 domain protein  32.72 
 
 		 807 aa  377  1e-103  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000125133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3292  glycoside hydrolase family 3 protein  36.8 
 
 		 1037 aa  372  1e-101  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0502  glycoside hydrolase family 3 protein  33.07 
 
 		 772 aa  367  1e-100  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0901  glycoside hydrolase family 3 protein  36.02 
 
 		 790 aa  367  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.72185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1723  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.83 
 
 		 756 aa  362  1e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000651092  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3577  b-glucosidase  32.64 
 
 		 750 aa  354  2.9999999999999997e-96  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19810  beta-glucosidase  33.42 
 
 		 739 aa  351  2e-95  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1080  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.6 
 
 		 792 aa  345  1e-93  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.353054  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2069  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.11 
 
 		 760 aa  341  2e-92  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03740  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  32.89 
 
 		 765 aa  342  2e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.653977 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1163  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.27 
 
 		 762 aa  337  3.9999999999999995e-91  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1934  beta-glucosidase-like glycosidase  32.11 
 
 		 787 aa  337  7e-91  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0155  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.04 
 
 		 755 aa  335  2e-90  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.167458  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2268  b-glucosidase  31.59 
 
 		 758 aa  335  2e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11570  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  35.09 
 
 		 785 aa  333  5e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0110088 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1089  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.59 
 
 		 795 aa  333  6e-90  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0198  glycoside hydrolase family 3 domain protein  32.79 
 
 		 749 aa  332  1e-89  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23450  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  35.18 
 
 		 773 aa  331  4e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.594543  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2365  xylosidase/arabinosidase  31.87 
 
 		 759 aa  329  1.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.327511  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2273  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  31.09 
 
 		 820 aa  329  1.0000000000000001e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>