More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1494 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1494  putative integrase-like protein  100 
 
 		 233 aa  477  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145939  normal  0.519223 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  85.42 
 
 		 405 aa  169  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  83.33 
 
 		 407 aa  164  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  64.58 
 
 		 404 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  54.17 
 
 		 406 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  54.17 
 
 		 400 aa  114  8.999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  52.63 
 
 		 410 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  55.21 
 
 		 391 aa  108  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  48.91 
 
 		 403 aa  109  5e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  56.38 
 
 		 413 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  48.96 
 
 		 394 aa  102  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  48.96 
 
 		 396 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  46.88 
 
 		 394 aa  100  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  44.79 
 
 		 420 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  44.68 
 
 		 402 aa  99.4  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  52.13 
 
 		 407 aa  99  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  46.46 
 
 		 411 aa  99  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  50 
 
 		 367 aa  98.2  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  50 
 
 		 395 aa  98.2  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2301  integrase family protein  45.22 
 
 		 403 aa  97.8  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0308484  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  48.94 
 
 		 403 aa  97.4  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  50 
 
 		 396 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  48.96 
 
 		 421 aa  96.3  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  44.79 
 
 		 402 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  45.74 
 
 		 404 aa  95.9  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  51.55 
 
 		 425 aa  95.9  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  45.83 
 
 		 394 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  45.83 
 
 		 396 aa  95.5  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  45.83 
 
 		 394 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  44.68 
 
 		 404 aa  95.1  8e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  46.32 
 
 		 409 aa  95.1  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  51.04 
 
 		 404 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  48.96 
 
 		 406 aa  94.4  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  45.74 
 
 		 404 aa  94.7  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  44.9 
 
 		 404 aa  94  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  43.75 
 
 		 394 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  48.96 
 
 		 421 aa  94  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  45.83 
 
 		 417 aa  94  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2643  phage integrase family protein  31.05 
 
 		 413 aa  94  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.914723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  49.46 
 
 		 411 aa  93.2  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  43.16 
 
 		 410 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  46.73 
 
 		 433 aa  92.8  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  47.92 
 
 		 420 aa  92.8  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2767  phage integrase family protein  48.42 
 
 		 421 aa  92.8  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00105965 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  49.47 
 
 		 401 aa  92.8  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  43.88 
 
 		 404 aa  92.4  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  43.88 
 
 		 404 aa  92.4  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4662  site-specific recombinase, phage integrase family protein  47.92 
 
 		 334 aa  92.4  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  44.9 
 
 		 378 aa  92  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  51.58 
 
 		 419 aa  91.7  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1854  putative integrase prophage protein  47.37 
 
 		 199 aa  91.3  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  49.47 
 
 		 445 aa  91.3  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  47.92 
 
 		 421 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  47.92 
 
 		 420 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02797  integrase  46.88 
 
 		 294 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000596142  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  47.92 
 
 		 419 aa  90.5  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02760  hypothetical protein  46.88 
 
 		 319 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000757589  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2704  Phage integrase  55.32 
 
 		 404 aa  90.5  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143842  hitchhiker  0.00000139825 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  51.04 
 
 		 404 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  43.75 
 
 		 404 aa  90.5  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  42.71 
 
 		 396 aa  90.5  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  53.12 
 
 		 404 aa  90.1  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  40 
 
 		 387 aa  89.4  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  52.13 
 
 		 438 aa  89.4  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  48.94 
 
 		 404 aa  89  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  45.83 
 
 		 421 aa  89  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  44.79 
 
 		 420 aa  88.6  8e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3701  phage integrase  48.96 
 
 		 276 aa  88.6  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  46.88 
 
 		 407 aa  87.8  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1011  integrase  50.53 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3112  integrase family protein  47.92 
 
 		 412 aa  88.2  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.053252  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  46.88 
 
 		 421 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2830  phage integrase  45.26 
 
 		 412 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  40.43 
 
 		 389 aa  87  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  50 
 
 		 404 aa  86.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  44.79 
 
 		 394 aa  86.7  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  48.94 
 
 		 404 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  48.94 
 
 		 404 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3727  integrase family protein  44.79 
 
 		 396 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  44.79 
 
 		 421 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  45.83 
 
 		 404 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0657  phage integrase family protein  55.88 
 
 		 412 aa  84.3  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.907789  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04136  predicted integrase  43.75 
 
 		 396 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0676  phage integrase family site specific recombinase  52.13 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.825642  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04100  hypothetical protein  43.75 
 
 		 396 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  45.26 
 
 		 419 aa  84  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  42.11 
 
 		 424 aa  82.8  0.000000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  49.57 
 
 		 409 aa  82.4  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  45.83 
 
 		 419 aa  82.4  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  39.58 
 
 		 397 aa  82  0.000000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  44.79 
 
 		 419 aa  81.3  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  43.52 
 
 		 429 aa  81.3  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0858  integrase family protein  42.11 
 
 		 419 aa  81.3  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1693  integrase family protein  40.62 
 
 		 423 aa  81.3  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  43.16 
 
 		 419 aa  81.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2887  phage integrase family protein  50 
 
 		 416 aa  81.3  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.416458  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1766  integrase family protein  43.75 
 
 		 425 aa  81.3  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0264741  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  44.21 
 
 		 404 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3377  phage integrase family protein  42.27 
 
 		 353 aa  80.9  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  42.11 
 
 		 419 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>