275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3398 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3398  hypothetical protein  100 
 
 
217 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3043  dimethylmenaquinone methyltransferase  99.54 
 
 
217 aa  435  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0609983  normal  0.81356 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0782  dimethylmenaquinone methyltransferase  80.18 
 
 
230 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4150  dimethylmenaquinone methyltransferase  47.47 
 
 
221 aa  211  7e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.99818  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2468  dimethylmenaquinone methyltransferase  47.69 
 
 
232 aa  197  7.999999999999999e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4462  4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase, putative  48.61 
 
 
221 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00260797 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2262  Dimethylmenaquinone methyltransferase  43.98 
 
 
224 aa  191  8e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0479  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.73 
 
 
234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145449  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6071  Dimethylmenaquinone methyltransferase  43.3 
 
 
209 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2467  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.28 
 
 
238 aa  158  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7816  Dimethylmenaquinone methyltransferase  44.9 
 
 
213 aa  158  7e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1073  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.99 
 
 
236 aa  151  5.9999999999999996e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.235046  normal  0.161965 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3877  Dimethylmenaquinone methyltransferase  37.5 
 
 
224 aa  135  6.0000000000000005e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2666  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35 
 
 
207 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3395  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.31 
 
 
218 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2595  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.53 
 
 
214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233202  normal  0.0150899 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3657  putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase  37.31 
 
 
218 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5503  demethylmenaquinone methyltransferase protein  36.41 
 
 
217 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.196982  normal  0.409875 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.33 
 
 
229 aa  107  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6359  hypothetical protein  33.67 
 
 
223 aa  105  8e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05389  hypothetical protein  37.18 
 
 
224 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.969658 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  29.7 
 
 
230 aa  97.8  1e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0455  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  29.15 
 
 
428 aa  97.4  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6784  hypothetical protein  31.22 
 
 
213 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  30.17 
 
 
216 aa  93.2  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9411  demethylmenaquinone methyltransferase  34.5 
 
 
224 aa  94  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0582  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  29.95 
 
 
437 aa  93.2  3e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.062003  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1403  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  28.87 
 
 
438 aa  92.4  4e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.175956  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.69 
 
 
224 aa  90.9  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.07 
 
 
205 aa  91.3  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.47 
 
 
225 aa  89  5e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0516  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.01 
 
 
438 aa  88.6  6e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.35671  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0321  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  27.84 
 
 
438 aa  88.2  1e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0457  Orotidine 5'-phosphate decarboxylase  34.16 
 
 
426 aa  87.8  1e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0647  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  28.91 
 
 
429 aa  87  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101947  normal  0.0867495 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  31.36 
 
 
235 aa  87.4  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.97 
 
 
212 aa  87.4  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1453  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  30.73 
 
 
427 aa  87  2e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.395706 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1170  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.3 
 
 
413 aa  86.3  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04570  Dimethylmenaquinone methyltransferase  31.1 
 
 
231 aa  85.9  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3330  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.79 
 
 
187 aa  84.7  9e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00629512  hitchhiker  0.00927327 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35 
 
 
229 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  33.12 
 
 
215 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0092  hypothetical protein  30.61 
 
 
237 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  27.64 
 
 
232 aa  84.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  30.86 
 
 
236 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0093  hypothetical protein  30.61 
 
 
237 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  28.44 
 
 
224 aa  84.3  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4121  hypothetical protein  30.61 
 
 
237 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  28.29 
 
 
233 aa  84.3  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0744  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.95 
 
 
429 aa  84  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.225207  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  29.83 
 
 
227 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0590  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.49 
 
 
206 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246427  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2121  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.48 
 
 
428 aa  82.8  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.84 
 
 
232 aa  82.8  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3023  hypothetical protein  34.24 
 
 
275 aa  82.8  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2380  Dimethylmenaquinone methyltransferase  27.67 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.06 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2429  putative dimethylmenaquinone methyltransferase  32.54 
 
 
235 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.433884 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5464  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.12 
 
 
232 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  28.57 
 
 
228 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4872  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.12 
 
 
232 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5398  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.12 
 
 
232 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00314819 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5802  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.18 
 
 
229 aa  79.7  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.55 
 
 
207 aa  80.1  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0707  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  30.72 
 
 
428 aa  79.7  0.00000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  27.78 
 
 
227 aa  79.7  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  30.06 
 
 
231 aa  80.1  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4018  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.18 
 
 
232 aa  79.3  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3664  hypothetical protein  30.2 
 
 
248 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6038  hypothetical protein  29.32 
 
 
227 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0432117  normal  0.335015 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4781  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.3 
 
 
220 aa  79  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593242  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1131  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.93 
 
 
450 aa  78.2  0.00000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.96 
 
 
232 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  30.41 
 
 
227 aa  77.8  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5904  dimethylmenaquinone methyltransferase  29.41 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.314397 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4868  hypothetical protein  31.11 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.158749 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4928  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.95 
 
 
219 aa  77  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17069  normal  0.0179831 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  30.73 
 
 
237 aa  77  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  28.9 
 
 
229 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4023  Dimethylmenaquinone methyltransferase  31.79 
 
 
198 aa  76.6  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0575059 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7569  hypothetical protein  29.1 
 
 
227 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2726  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.33 
 
 
233 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305233  normal  0.0255457 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2046  hypothetical protein  32.32 
 
 
267 aa  76.6  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.63945  normal  0.154833 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4616  dimethylmenaquinone methyltransferase  28.64 
 
 
232 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.610744  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3983  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.12 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.71 
 
 
204 aa  76.3  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4096  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.12 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.189235 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3207  hypothetical protein  30.97 
 
 
234 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  27.54 
 
 
225 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2315  hypothetical protein  30.1 
 
 
222 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612121  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3297  dimethylmenaquinone methyltransferase  29.76 
 
 
264 aa  75.5  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.270105  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1928  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.54 
 
 
205 aa  75.5  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.787476  hitchhiker  0.00228762 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3204  hypothetical protein  27.05 
 
 
237 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295684  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3165  hypothetical protein  30.88 
 
 
225 aa  75.1  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25915  normal  0.552325 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  29.71 
 
 
231 aa  75.5  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  26.44 
 
 
224 aa  74.7  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00687  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.43 
 
 
207 aa  74.7  0.0000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4321  hypothetical protein  27.78 
 
 
227 aa  74.3  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524668  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  30.25 
 
 
209 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>