More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6071 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6071  Dimethylmenaquinone methyltransferase  100 
 
 		 209 aa  415  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2262  Dimethylmenaquinone methyltransferase  54.15 
 
 		 224 aa  209  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2468  dimethylmenaquinone methyltransferase  43.94 
 
 		 232 aa  167  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4150  dimethylmenaquinone methyltransferase  45.08 
 
 		 221 aa  165  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.99818  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0782  dimethylmenaquinone methyltransferase  45.88 
 
 		 230 aa  162  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3398  hypothetical protein  43.3 
 
 		 217 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3043  dimethylmenaquinone methyltransferase  43.3 
 
 		 217 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0609983  normal  0.81356 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4462  4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase, putative  42.05 
 
 		 221 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00260797 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7816  Dimethylmenaquinone methyltransferase  47.4 
 
 		 213 aa  144  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0479  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.24 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2595  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.31 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233202  normal  0.0150899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2467  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.15 
 
 		 238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2666  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.04 
 
 		 207 aa  125  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3395  dimethylmenaquinone methyltransferase  43.37 
 
 		 218 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3657  putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase  43.37 
 
 		 218 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1073  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.11 
 
 		 236 aa  115  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.235046  normal  0.161965 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3877  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.98 
 
 		 224 aa  114  7.999999999999999e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5503  demethylmenaquinone methyltransferase protein  42.71 
 
 		 217 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.196982  normal  0.409875 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  35.87 
 
 		 224 aa  108  5e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0321  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  34.59 
 
 		 438 aa  105  6e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1170  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.18 
 
 		 413 aa  105  6e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0516  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.96 
 
 		 438 aa  105  7e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.35671  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  36.92 
 
 		 216 aa  104  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0582  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.5 
 
 		 437 aa  104  1e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.062003  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05389  hypothetical protein  41.57 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.969658 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9411  demethylmenaquinone methyltransferase  38.6 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1403  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.96 
 
 		 438 aa  102  3e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.175956  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6359  hypothetical protein  36.6 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.18 
 
 		 205 aa  99  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  38.95 
 
 		 233 aa  99  5e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0455  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.12 
 
 		 428 aa  99  5e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1131  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.88 
 
 		 450 aa  98.2  7e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  31.58 
 
 		 225 aa  97.8  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.06 
 
 		 232 aa  98.2  9e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.5 
 
 		 229 aa  96.7  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.81 
 
 		 230 aa  97.1  2e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0590  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.17 
 
 		 206 aa  96.7  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246427  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0744  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  34.76 
 
 		 429 aa  96.3  3e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.225207  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0647  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  27.27 
 
 		 429 aa  95.1  6e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101947  normal  0.0867495 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00687  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.43 
 
 		 207 aa  92.4  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8321  hypothetical protein  32.8 
 
 		 224 aa  91.3  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242879  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.21 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2121  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  29.73 
 
 		 428 aa  91.3  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  34.71 
 
 		 235 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04570  Dimethylmenaquinone methyltransferase  31.28 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  29.94 
 
 		 229 aa  90.1  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1453  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.18 
 
 		 427 aa  90.1  2e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.395706 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.02 
 
 		 212 aa  90.1  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  32.82 
 
 		 224 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.29 
 
 		 231 aa  89.4  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5904  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.22 
 
 		 237 aa  89.4  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.314397 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0707  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  30.3 
 
 		 428 aa  88.2  8e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.172064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  31.29 
 
 		 225 aa  88.2  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3165  hypothetical protein  34.87 
 
 		 225 aa  87.8  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25915  normal  0.552325 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2046  hypothetical protein  34.25 
 
 		 267 aa  87.8  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.63945  normal  0.154833 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5802  Dimethylmenaquinone methyltransferase  37.7 
 
 		 229 aa  87  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3330  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.52 
 
 		 187 aa  87  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00629512  hitchhiker  0.00927327 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3170  demethylmenaquinone methyltransferase  40.99 
 
 		 203 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.685896  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  35.46 
 
 		 227 aa  86.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  31.95 
 
 		 246 aa  86.3  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.46 
 
 		 211 aa  86.3  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5386  hypothetical protein  35.82 
 
 		 244 aa  86.7  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.85637 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3023  hypothetical protein  33.88 
 
 		 275 aa  86.7  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0200  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.62 
 
 		 208 aa  85.9  4e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.23529  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0092  hypothetical protein  34.13 
 
 		 237 aa  85.5  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4121  hypothetical protein  34.13 
 
 		 237 aa  85.5  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0093  hypothetical protein  34.13 
 
 		 237 aa  85.5  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3908  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.37 
 
 		 203 aa  85.5  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.78 
 
 		 207 aa  85.1  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4928  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.67 
 
 		 219 aa  84.7  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17069  normal  0.0179831 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  31.87 
 
 		 232 aa  84.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1928  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.33 
 
 		 205 aa  84.3  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.787476  hitchhiker  0.00228762 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.26 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0457  Orotidine 5'-phosphate decarboxylase  28.35 
 
 		 426 aa  83.6  0.000000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  28.14 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  31.36 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1382  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.04 
 
 		 231 aa  83.2  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3664  hypothetical protein  35.25 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0986  hypothetical protein  35.29 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  32.14 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0889  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.57 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  36.36 
 
 		 215 aa  82  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  32.54 
 
 		 231 aa  81.6  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3549  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.99 
 
 		 208 aa  81.6  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5620  hypothetical protein  32.26 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.1 
 
 		 236 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1063  demethylmenaquinone methyltransferase-like  32 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  32.4 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5004  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.49 
 
 		 219 aa  80.5  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.205814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4448  hypothetical protein  31.91 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100533  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4781  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.21 
 
 		 220 aa  79.3  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593242  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4544  Dimethylmenaquinone methyltransferase  29.15 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0521479 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  32.78 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  33.93 
 
 		 237 aa  78.6  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2429  putative dimethylmenaquinone methyltransferase  31 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.433884 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2323  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.58 
 
 		 247 aa  78.6  0.00000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.291165  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.38 
 
 		 209 aa  78.2  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6038  hypothetical protein  30.1 
 
 		 227 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0432117  normal  0.335015 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.38 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4277  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.92 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126556  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>