More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5904 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5904  dimethylmenaquinone methyltransferase  100 
 
 		 237 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.314397 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1382  dimethylmenaquinone methyltransferase  56.14 
 
 		 231 aa  259  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7077  hypothetical protein  42.41 
 
 		 224 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3165  hypothetical protein  42.73 
 
 		 225 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25915  normal  0.552325 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6359  hypothetical protein  44.5 
 
 		 223 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  41.44 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  44.22 
 
 		 215 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4429  hypothetical protein  42.6 
 
 		 224 aa  157  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.414912  normal  0.436944 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3549  dimethylmenaquinone methyltransferase  46.24 
 
 		 208 aa  156  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.44 
 
 		 236 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  40.27 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05389  hypothetical protein  45.03 
 
 		 224 aa  152  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.969658 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2726  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.09 
 
 		 233 aa  151  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305233  normal  0.0255457 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0889  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.18 
 
 		 223 aa  151  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8321  hypothetical protein  37.56 
 
 		 224 aa  148  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242879  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5797  dimethylmenaquinone methyltransferase  47.4 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121139 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6784  hypothetical protein  43.23 
 
 		 213 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.61 
 
 		 225 aa  144  9e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2315  hypothetical protein  46.67 
 
 		 222 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5620  hypothetical protein  40.72 
 
 		 224 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04570  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.59 
 
 		 231 aa  140  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3497  hypothetical protein  46.6 
 
 		 215 aa  139  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00582186 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.76 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6118  hypothetical protein  45 
 
 		 222 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.24 
 
 		 205 aa  135  7.000000000000001e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.5 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.71 
 
 		 231 aa  129  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.54 
 
 		 232 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3787  Dimethylmenaquinone methyltransferase  45.64 
 
 		 227 aa  125  8.000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.924473  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  41.21 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3983  Dimethylmenaquinone methyltransferase  54.89 
 
 		 232 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4096  Dimethylmenaquinone methyltransferase  54.89 
 
 		 232 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.189235 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4928  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.05 
 
 		 219 aa  122  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17069  normal  0.0179831 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4616  dimethylmenaquinone methyltransferase  42.29 
 
 		 232 aa  122  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.610744  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  45.12 
 
 		 209 aa  118  6e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.49 
 
 		 229 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  49.62 
 
 		 207 aa  119  6e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  33.33 
 
 		 228 aa  118  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1367  hypothetical protein  36.36 
 
 		 212 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2380  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.94 
 
 		 225 aa  118  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  38.42 
 
 		 212 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00687  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.56 
 
 		 207 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  40.74 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5464  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.58 
 
 		 232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1131  Dimethylmenaquinone methyltransferase  43.87 
 
 		 450 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5398  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.58 
 
 		 232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00314819 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  37.95 
 
 		 237 aa  113  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3330  Dimethylmenaquinone methyltransferase  46.85 
 
 		 187 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00629512  hitchhiker  0.00927327 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4872  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.62 
 
 		 232 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  39.64 
 
 		 233 aa  111  8.000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  38.56 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4165  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.21 
 
 		 196 aa  110  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000777049  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.28 
 
 		 232 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2429  putative dimethylmenaquinone methyltransferase  39.34 
 
 		 235 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.433884 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6027  dimethylmenaquinone methyltransferase  42.13 
 
 		 232 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644055  normal  0.152759 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0321  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  36.51 
 
 		 438 aa  107  1e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  36.87 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1403  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  36.51 
 
 		 438 aa  107  2e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.175956  n/a   
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.82 
 
 		 204 aa  106  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  41.18 
 
 		 227 aa  106  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0582  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  35.78 
 
 		 437 aa  106  3e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.062003  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0092  hypothetical protein  36.14 
 
 		 237 aa  106  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0093  hypothetical protein  36.14 
 
 		 237 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4121  hypothetical protein  36.14 
 
 		 237 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0516  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  35.98 
 
 		 438 aa  105  6e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.35671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4277  dimethylmenaquinone methyltransferase  47.45 
 
 		 228 aa  104  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  43.31 
 
 		 227 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  42.86 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4448  hypothetical protein  40.6 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100533  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.27 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.27 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  37.42 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0590  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.88 
 
 		 206 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246427  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4321  hypothetical protein  42.19 
 
 		 227 aa  101  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524668  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5802  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.58 
 
 		 229 aa  101  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0329  hypothetical protein  39.08 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.535978  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1928  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.93 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.787476  hitchhiker  0.00228762 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3170  demethylmenaquinone methyltransferase  44.8 
 
 		 203 aa  99  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.685896  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3908  dimethylmenaquinone methyltransferase  44.8 
 
 		 203 aa  99  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31280  hypothetical protein  37.06 
 
 		 238 aa  99  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  35.93 
 
 		 246 aa  97.1  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3664  hypothetical protein  31.84 
 
 		 248 aa  96.7  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4544  Dimethylmenaquinone methyltransferase  37.06 
 
 		 224 aa  96.3  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0521479 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7652  demethylmenaquinone methyltransferase  33.53 
 
 		 224 aa  95.5  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4868  hypothetical protein  36.25 
 
 		 247 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.158749 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0744  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  36.99 
 
 		 429 aa  94  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.225207  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1435  dimethylmenaquinone methyltransferase  46.43 
 
 		 116 aa  93.2  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.557756 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2677  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.12 
 
 		 216 aa  93.2  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.19975  normal  0.0722579 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.04 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1170  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  34.18 
 
 		 413 aa  92.8  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.95 
 
 		 211 aa  92.4  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0986  hypothetical protein  39.83 
 
 		 231 aa  92.4  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6375  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.95 
 
 		 224 aa  92  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.830889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0457  Orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.71 
 
 		 426 aa  92  7e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0707  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  34.85 
 
 		 428 aa  91.3  1e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.172064 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7569  hypothetical protein  40.12 
 
 		 227 aa  91.3  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4023  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.31 
 
 		 198 aa  90.9  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0575059 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0479  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.01 
 
 		 234 aa  91.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3207  hypothetical protein  35.58 
 
 		 234 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3877  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.14 
 
 		 224 aa  89.7  3e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>