More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6359 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6359  hypothetical protein  100 
 
 		 223 aa  446  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05389  hypothetical protein  76.92 
 
 		 224 aa  341  5e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.969658 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2315  hypothetical protein  56.22 
 
 		 222 aa  223  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6118  hypothetical protein  54.84 
 
 		 222 aa  217  8.999999999999998e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6784  hypothetical protein  50 
 
 		 213 aa  195  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  47.83 
 
 		 215 aa  194  9e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  46.7 
 
 		 236 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7077  hypothetical protein  46.38 
 
 		 224 aa  185  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3165  hypothetical protein  45.16 
 
 		 225 aa  182  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25915  normal  0.552325 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1382  dimethylmenaquinone methyltransferase  47.39 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.85 
 
 		 225 aa  176  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3549  dimethylmenaquinone methyltransferase  46.19 
 
 		 208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0889  Dimethylmenaquinone methyltransferase  47.5 
 
 		 223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8321  hypothetical protein  42.18 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242879  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5797  dimethylmenaquinone methyltransferase  45.33 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121139 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  41.55 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  40.59 
 
 		 225 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5904  dimethylmenaquinone methyltransferase  44.5 
 
 		 237 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.314397 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4429  hypothetical protein  46.7 
 
 		 224 aa  161  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.414912  normal  0.436944 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5620  hypothetical protein  45.88 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3497  hypothetical protein  49.21 
 
 		 215 aa  157  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00582186 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04570  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.3 
 
 		 231 aa  154  8e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2726  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.69 
 
 		 233 aa  142  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305233  normal  0.0255457 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.03 
 
 		 229 aa  137  8.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3787  Dimethylmenaquinone methyltransferase  44.44 
 
 		 227 aa  135  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.924473  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2380  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.9 
 
 		 225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1131  Dimethylmenaquinone methyltransferase  43.6 
 
 		 450 aa  128  9.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  43.59 
 
 		 216 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  42.44 
 
 		 232 aa  125  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.21 
 
 		 212 aa  122  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.83 
 
 		 232 aa  121  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4165  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.46 
 
 		 196 aa  118  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000777049  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  44.81 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1367  hypothetical protein  37.37 
 
 		 212 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.92 
 
 		 229 aa  115  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  40 
 
 		 232 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  38.89 
 
 		 212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2429  putative dimethylmenaquinone methyltransferase  38.02 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.433884 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  36.47 
 
 		 224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3330  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.95 
 
 		 187 aa  111  9e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00629512  hitchhiker  0.00927327 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4872  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.44 
 
 		 232 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.43 
 
 		 211 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.53 
 
 		 205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.02 
 
 		 204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3877  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.26 
 
 		 224 aa  109  3e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1170  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  34.01 
 
 		 413 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.05 
 
 		 230 aa  108  5e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5464  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.95 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5398  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.95 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00314819 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1224  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.1 
 
 		 226 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4616  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.39 
 
 		 232 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.610744  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5802  Dimethylmenaquinone methyltransferase  43.21 
 
 		 229 aa  108  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  36 
 
 		 224 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  36.81 
 
 		 233 aa  106  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1837  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.9 
 
 		 223 aa  105  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3043  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.18 
 
 		 217 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0609983  normal  0.81356 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3398  hypothetical protein  33.67 
 
 		 217 aa  105  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6027  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.95 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644055  normal  0.152759 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4277  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.78 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.35 
 
 		 209 aa  102  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.36 
 
 		 207 aa  102  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0516  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  35.93 
 
 		 438 aa  102  4e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.35671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0321  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  35.33 
 
 		 438 aa  102  5e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1403  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  36.25 
 
 		 438 aa  102  6e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.175956  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0582  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  35.5 
 
 		 437 aa  101  9e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.062003  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3207  hypothetical protein  34.46 
 
 		 234 aa  101  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4928  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.72 
 
 		 219 aa  100  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17069  normal  0.0179831 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0479  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.74 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3983  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.4 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6071  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.6 
 
 		 209 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4096  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.4 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.189235 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1432  dimethylmenaquinone methyltransferase  49.47 
 
 		 103 aa  99.4  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  33.53 
 
 		 228 aa  99.4  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3908  dimethylmenaquinone methyltransferase  43.85 
 
 		 203 aa  99.4  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  37.67 
 
 		 227 aa  98.2  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0093  hypothetical protein  34.84 
 
 		 237 aa  98.2  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4121  hypothetical protein  34.84 
 
 		 237 aa  98.2  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0092  hypothetical protein  34.84 
 
 		 237 aa  98.2  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2468  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.49 
 
 		 232 aa  98.2  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  36.48 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  36.3 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  32.98 
 
 		 237 aa  97.4  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2121  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  34.48 
 
 		 428 aa  96.7  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0455  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.46 
 
 		 428 aa  97.4  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6038  hypothetical protein  35.03 
 
 		 227 aa  97.1  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0432117  normal  0.335015 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3170  demethylmenaquinone methyltransferase  42.22 
 
 		 203 aa  96.7  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.685896  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7569  hypothetical protein  37.06 
 
 		 227 aa  96.7  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  34.32 
 
 		 227 aa  96.3  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1453  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.8 
 
 		 427 aa  95.9  4e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.395706 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  32.2 
 
 		 246 aa  95.5  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  34.32 
 
 		 229 aa  95.5  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0707  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.82 
 
 		 428 aa  95.5  6e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.172064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4448  hypothetical protein  33.56 
 
 		 227 aa  94.7  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100533  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0647  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  29.84 
 
 		 429 aa  94.7  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101947  normal  0.0867495 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4544  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.42 
 
 		 224 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0521479 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  36.09 
 
 		 235 aa  94  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0457  Orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.36 
 
 		 426 aa  94  2e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31280  hypothetical protein  32.77 
 
 		 238 aa  92.8  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2666  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33 
 
 		 207 aa  92.8  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0782  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.37 
 
 		 230 aa  91.7  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>