More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4096 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_3983  Dimethylmenaquinone methyltransferase  100 
 
 		 232 aa  455  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4096  Dimethylmenaquinone methyltransferase  100 
 
 		 232 aa  455  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.189235 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5464  dimethylmenaquinone methyltransferase  82.33 
 
 		 232 aa  357  9e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5398  dimethylmenaquinone methyltransferase  82.33 
 
 		 232 aa  357  9e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00314819 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4872  dimethylmenaquinone methyltransferase  81.9 
 
 		 232 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  81.9 
 
 		 232 aa  351  5e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  74.57 
 
 		 232 aa  345  4e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6027  dimethylmenaquinone methyltransferase  81.47 
 
 		 232 aa  334  7e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644055  normal  0.152759 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4616  dimethylmenaquinone methyltransferase  74.14 
 
 		 232 aa  320  9.000000000000001e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.610744  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  62.33 
 
 		 232 aa  258  5.0000000000000005e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  58.82 
 
 		 231 aa  256  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  57.89 
 
 		 229 aa  254  7e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4277  dimethylmenaquinone methyltransferase  64.41 
 
 		 228 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5802  Dimethylmenaquinone methyltransferase  59.05 
 
 		 229 aa  233  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  45.41 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2726  dimethylmenaquinone methyltransferase  44.23 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305233  normal  0.0255457 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7077  hypothetical protein  40.38 
 
 		 224 aa  161  9e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3165  hypothetical protein  38.32 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25915  normal  0.552325 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1131  Dimethylmenaquinone methyltransferase  47.31 
 
 		 450 aa  158  6e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.36 
 
 		 229 aa  156  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04570  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.68 
 
 		 231 aa  156  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  38.36 
 
 		 225 aa  154  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8321  hypothetical protein  40.38 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242879  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5620  hypothetical protein  43 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4544  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.8 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0521479 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6375  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.18 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.830889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.28 
 
 		 225 aa  148  7e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7652  demethylmenaquinone methyltransferase  40.47 
 
 		 224 aa  148  7e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  44.51 
 
 		 209 aa  144  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  41.5 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1382  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.92 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4429  hypothetical protein  40.93 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.414912  normal  0.436944 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5904  dimethylmenaquinone methyltransferase  49.69 
 
 		 237 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.314397 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  45.45 
 
 		 211 aa  142  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  41.18 
 
 		 216 aa  141  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  39.77 
 
 		 227 aa  140  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6118  hypothetical protein  40.82 
 
 		 222 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2315  hypothetical protein  40.5 
 
 		 222 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  43.53 
 
 		 236 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  40.22 
 
 		 235 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3549  dimethylmenaquinone methyltransferase  46.93 
 
 		 208 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.33 
 
 		 212 aa  138  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  36.18 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  38.99 
 
 		 224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  44.97 
 
 		 215 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3908  dimethylmenaquinone methyltransferase  52.59 
 
 		 203 aa  135  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3170  demethylmenaquinone methyltransferase  52.59 
 
 		 203 aa  135  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.685896  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6784  hypothetical protein  48.77 
 
 		 213 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  35.89 
 
 		 231 aa  135  7.000000000000001e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  38.95 
 
 		 227 aa  134  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  38.31 
 
 		 233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0461  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.64 
 
 		 231 aa  133  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0092  hypothetical protein  37.5 
 
 		 237 aa  132  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.7 
 
 		 224 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  37.37 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0093  hypothetical protein  37.5 
 
 		 237 aa  132  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4121  hypothetical protein  37.5 
 
 		 237 aa  132  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05389  hypothetical protein  45.51 
 
 		 224 aa  131  7.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.969658 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2677  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.33 
 
 		 216 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.19975  normal  0.0722579 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  32.29 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0889  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.76 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  36.76 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  45.45 
 
 		 205 aa  129  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4165  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.95 
 
 		 196 aa  129  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000777049  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4023  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.62 
 
 		 198 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0575059 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2514  hypothetical protein  39.66 
 
 		 238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3204  hypothetical protein  39.66 
 
 		 238 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.699518  normal  0.0338051 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1367  hypothetical protein  36.9 
 
 		 212 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31280  hypothetical protein  35.96 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2380  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.39 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4781  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.26 
 
 		 220 aa  123  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593242  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3330  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.83 
 
 		 187 aa  124  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00629512  hitchhiker  0.00927327 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.17 
 
 		 230 aa  122  3e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5179  hypothetical protein  35.8 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2027  hypothetical protein  38.4 
 
 		 238 aa  121  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3787  Dimethylmenaquinone methyltransferase  45.27 
 
 		 227 aa  120  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.924473  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  35.96 
 
 		 212 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6359  hypothetical protein  38.97 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4928  Dimethylmenaquinone methyltransferase  43.53 
 
 		 219 aa  119  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17069  normal  0.0179831 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4448  hypothetical protein  34.31 
 
 		 227 aa  118  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100533  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0986  hypothetical protein  35.23 
 
 		 231 aa  118  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00687  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.05 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5797  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.57 
 
 		 225 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121139 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  42.68 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3207  hypothetical protein  37.2 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3497  hypothetical protein  47.19 
 
 		 215 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00582186 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4321  hypothetical protein  37.28 
 
 		 227 aa  115  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0329  hypothetical protein  34.72 
 
 		 244 aa  114  8.999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.535978  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0200  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.18 
 
 		 208 aa  112  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.23529  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0590  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.24 
 
 		 206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246427  n/a   
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  40 
 
 		 204 aa  112  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6038  hypothetical protein  36.14 
 
 		 227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0432117  normal  0.335015 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4375  hypothetical protein  40.69 
 
 		 230 aa  110  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1361  hypothetical protein  35.64 
 
 		 238 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2429  putative dimethylmenaquinone methyltransferase  37.08 
 
 		 235 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.433884 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0876  hypothetical protein  34.57 
 
 		 231 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.41177  normal  0.375435 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03235  hypothetical protein  40.57 
 
 		 219 aa  108  9.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3942  hypothetical protein  32.58 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7569  hypothetical protein  35.54 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1928  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.12 
 
 		 205 aa  105  5e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.787476  hitchhiker  0.00228762 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>