More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1367 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1367  hypothetical protein  100 
 
 		 212 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  77.36 
 
 		 212 aa  345  4e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.53 
 
 		 225 aa  149  4e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.5 
 
 		 209 aa  144  8.000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1131  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.86 
 
 		 450 aa  139  4.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.27 
 
 		 232 aa  138  7e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3330  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.99 
 
 		 187 aa  136  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00629512  hitchhiker  0.00927327 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4165  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.17 
 
 		 196 aa  133  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000777049  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1382  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.42 
 
 		 231 aa  132  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.34 
 
 		 229 aa  131  6.999999999999999e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2726  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.51 
 
 		 233 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305233  normal  0.0255457 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04570  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.78 
 
 		 231 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2380  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.04 
 
 		 225 aa  128  6e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  34.2 
 
 		 224 aa  128  6e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.52 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  34.54 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6784  hypothetical protein  36.32 
 
 		 213 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  35.03 
 
 		 215 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7077  hypothetical protein  35.68 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3787  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.57 
 
 		 227 aa  122  3e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.924473  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3165  hypothetical protein  30.77 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25915  normal  0.552325 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  33.51 
 
 		 231 aa  122  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_003296  RS05389  hypothetical protein  40 
 
 		 224 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.969658 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.68 
 
 		 236 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6118  hypothetical protein  37.5 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3549  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.34 
 
 		 208 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.81 
 
 		 229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  33.84 
 
 		 227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2315  hypothetical protein  40.91 
 
 		 222 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5904  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.36 
 
 		 237 aa  118  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.314397 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  33.5 
 
 		 233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6359  hypothetical protein  37.37 
 
 		 223 aa  116  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4121  hypothetical protein  32.46 
 
 		 237 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0092  hypothetical protein  32.46 
 
 		 237 aa  115  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0093  hypothetical protein  32.46 
 
 		 237 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  37.06 
 
 		 227 aa  115  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.88 
 
 		 232 aa  114  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  32.24 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5797  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.12 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121139 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  32.31 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.86 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  40.24 
 
 		 224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  32.09 
 
 		 227 aa  112  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0889  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.46 
 
 		 223 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4872  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.7 
 
 		 232 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.85 
 
 		 232 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4429  hypothetical protein  38.41 
 
 		 224 aa  110  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.414912  normal  0.436944 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5464  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.58 
 
 		 232 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5398  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.58 
 
 		 232 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00314819 
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  38.41 
 
 		 216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3497  hypothetical protein  38.62 
 
 		 215 aa  108  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00582186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4277  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.43 
 
 		 228 aa  108  9.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3983  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.9 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8321  hypothetical protein  37.13 
 
 		 224 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242879  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0986  hypothetical protein  31.96 
 
 		 231 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4096  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.9 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.189235 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5620  hypothetical protein  38.89 
 
 		 224 aa  105  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5802  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.73 
 
 		 229 aa  105  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3207  hypothetical protein  31.96 
 
 		 234 aa  104  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  31.41 
 
 		 228 aa  104  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  32.93 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  32.73 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31280  hypothetical protein  33.68 
 
 		 238 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4321  hypothetical protein  33.54 
 
 		 227 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4448  hypothetical protein  29.05 
 
 		 227 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100533  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0455  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  35.63 
 
 		 428 aa  100  1e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.98 
 
 		 212 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5179  hypothetical protein  31.07 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7652  demethylmenaquinone methyltransferase  31.43 
 
 		 224 aa  99.4  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0461  Dimethylmenaquinone methyltransferase  30.65 
 
 		 231 aa  98.6  6e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6038  hypothetical protein  29 
 
 		 227 aa  98.6  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0432117  normal  0.335015 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4616  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.43 
 
 		 232 aa  97.8  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.610744  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3908  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.29 
 
 		 203 aa  97.4  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6027  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.42 
 
 		 232 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644055  normal  0.152759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1361  hypothetical protein  33.33 
 
 		 238 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4023  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.7 
 
 		 198 aa  96.3  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0575059 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3170  demethylmenaquinone methyltransferase  35.56 
 
 		 203 aa  95.9  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.685896  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  30.69 
 
 		 205 aa  95.9  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0647  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.72 
 
 		 429 aa  95.1  7e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101947  normal  0.0867495 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7569  hypothetical protein  29 
 
 		 227 aa  94.7  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4544  Dimethylmenaquinone methyltransferase  29.38 
 
 		 224 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0521479 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  28.21 
 
 		 211 aa  93.6  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4205  hypothetical protein  34.54 
 
 		 237 aa  92.8  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.980622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0876  hypothetical protein  31.25 
 
 		 231 aa  92.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.41177  normal  0.375435 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0707  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.33 
 
 		 428 aa  92  5e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.172064 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0516  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.14 
 
 		 438 aa  92.4  5e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.35671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3942  hypothetical protein  33.33 
 
 		 225 aa  92  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0457  Orotidine 5'-phosphate decarboxylase  33.91 
 
 		 426 aa  91.7  7e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2727  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.42 
 
 		 163 aa  90.9  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.608878  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6375  Dimethylmenaquinone methyltransferase  30.29 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.830889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1403  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.14 
 
 		 438 aa  90.5  2e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.175956  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.27 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0321  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.57 
 
 		 438 aa  90.5  2e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2677  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.98 
 
 		 216 aa  90.5  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.19975  normal  0.0722579 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1453  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  29.85 
 
 		 427 aa  89  5e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.395706 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1170  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.11 
 
 		 413 aa  88.2  8e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0329  hypothetical protein  30.05 
 
 		 244 aa  88.2  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.535978  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2121  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.33 
 
 		 428 aa  86.3  3e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4781  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.52 
 
 		 220 aa  86.3  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593242  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0582  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32 
 
 		 437 aa  85.9  4e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.062003  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>