More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2713 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  100 
 
 		 225 aa  450  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8321  hypothetical protein  62.95 
 
 		 224 aa  288  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242879  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4429  hypothetical protein  64.68 
 
 		 224 aa  283  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.414912  normal  0.436944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  60.71 
 
 		 224 aa  279  3e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3165  hypothetical protein  58.67 
 
 		 225 aa  272  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25915  normal  0.552325 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5620  hypothetical protein  61.16 
 
 		 224 aa  271  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7077  hypothetical protein  61.01 
 
 		 224 aa  269  2.9999999999999997e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04570  Dimethylmenaquinone methyltransferase  44.84 
 
 		 231 aa  197  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5797  dimethylmenaquinone methyltransferase  52.53 
 
 		 225 aa  192  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2726  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.79 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305233  normal  0.0255457 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.82 
 
 		 225 aa  168  7e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05389  hypothetical protein  42.86 
 
 		 224 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.969658 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2315  hypothetical protein  44.5 
 
 		 222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6359  hypothetical protein  40.59 
 
 		 223 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6118  hypothetical protein  44.98 
 
 		 222 aa  165  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1382  dimethylmenaquinone methyltransferase  43.78 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3549  dimethylmenaquinone methyltransferase  44.5 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5904  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.44 
 
 		 237 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.314397 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0889  Dimethylmenaquinone methyltransferase  45.08 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  42 
 
 		 215 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.29 
 
 		 232 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.63 
 
 		 236 aa  155  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.38 
 
 		 232 aa  152  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.57 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1131  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.34 
 
 		 450 aa  149  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6784  hypothetical protein  39.9 
 
 		 213 aa  148  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.34 
 
 		 229 aa  147  9e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  37.21 
 
 		 229 aa  146  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1435  dimethylmenaquinone methyltransferase  63.96 
 
 		 116 aa  145  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.557756 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2380  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.02 
 
 		 225 aa  142  5e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  37.19 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4277  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.51 
 
 		 228 aa  139  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126556  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3787  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.45 
 
 		 227 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.924473  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5464  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.5 
 
 		 232 aa  138  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5398  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.5 
 
 		 232 aa  138  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00314819 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4616  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.05 
 
 		 232 aa  136  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.610744  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  39.44 
 
 		 232 aa  135  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4872  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.03 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  33.67 
 
 		 224 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.07 
 
 		 209 aa  132  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.87 
 
 		 212 aa  132  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.63 
 
 		 230 aa  131  9e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.34 
 
 		 211 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5802  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.35 
 
 		 229 aa  130  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.89 
 
 		 205 aa  129  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3497  hypothetical protein  40.41 
 
 		 215 aa  129  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00582186 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4096  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.36 
 
 		 232 aa  128  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.189235 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3983  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.36 
 
 		 232 aa  128  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6027  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.99 
 
 		 232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644055  normal  0.152759 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1432  dimethylmenaquinone methyltransferase  61.46 
 
 		 103 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4928  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.71 
 
 		 219 aa  122  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17069  normal  0.0179831 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4165  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.99 
 
 		 196 aa  121  7e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000777049  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.7 
 
 		 224 aa  121  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  36.51 
 
 		 216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4121  hypothetical protein  32.98 
 
 		 237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0092  hypothetical protein  32.98 
 
 		 237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0093  hypothetical protein  32.98 
 
 		 237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  29.84 
 
 		 228 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  33.15 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  30.65 
 
 		 246 aa  115  5e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2429  putative dimethylmenaquinone methyltransferase  37.57 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.433884 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3207  hypothetical protein  36.53 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3330  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.39 
 
 		 187 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00629512  hitchhiker  0.00927327 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4544  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.17 
 
 		 224 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0521479 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3877  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.26 
 
 		 224 aa  112  4.0000000000000004e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  32.65 
 
 		 237 aa  111  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  31 
 
 		 231 aa  110  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2677  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.76 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.19975  normal  0.0722579 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7652  demethylmenaquinone methyltransferase  34.26 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6375  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.67 
 
 		 224 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.830889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3908  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.88 
 
 		 203 aa  109  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4448  hypothetical protein  33.33 
 
 		 227 aa  109  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100533  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  31.4 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  31.52 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3170  demethylmenaquinone methyltransferase  40.29 
 
 		 203 aa  106  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.685896  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.18 
 
 		 207 aa  106  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  28.72 
 
 		 229 aa  105  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7569  hypothetical protein  30.15 
 
 		 227 aa  105  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6038  hypothetical protein  30.85 
 
 		 227 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0432117  normal  0.335015 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  30.5 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4321  hypothetical protein  29 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0986  hypothetical protein  33.53 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0461  Dimethylmenaquinone methyltransferase  30.05 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1367  hypothetical protein  32.73 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.46 
 
 		 204 aa  102  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1224  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.55 
 
 		 226 aa  102  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5179  hypothetical protein  31.74 
 
 		 231 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  32.28 
 
 		 212 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1421  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.12 
 
 		 259 aa  99.4  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4023  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.39 
 
 		 198 aa  99  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0575059 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00687  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.88 
 
 		 207 aa  98.2  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1361  hypothetical protein  29.65 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1928  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.03 
 
 		 205 aa  95.9  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.787476  hitchhiker  0.00228762 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1837  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.55 
 
 		 223 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31280  hypothetical protein  27.98 
 
 		 238 aa  95.5  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3204  hypothetical protein  31.09 
 
 		 238 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.699518  normal  0.0338051 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0329  hypothetical protein  34.07 
 
 		 244 aa  95.5  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.535978  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2514  hypothetical protein  31.09 
 
 		 238 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4781  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.33 
 
 		 220 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593242  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0455  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.79 
 
 		 428 aa  94.4  1e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>