More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3188 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3188  ApbE family protein  100 
 
 		 524 aa  1005    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3926  ApbE family lipoprotein  98.09 
 
 		 366 aa  706    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3187  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  78.31 
 
 		 365 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.600776  normal  0.981913 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  46.1 
 
 		 362 aa  243  5e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2906  ApbE family lipoprotein  44.69 
 
 		 347 aa  241  2e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1826  ApbE-like lipoprotein  39.03 
 
 		 351 aa  239  6.999999999999999e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0575  ApbE family lipoprotein  44.16 
 
 		 344 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0353  ApbE family lipoprotein  43.55 
 
 		 350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.315811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0009  ApbE-like lipoprotein  39.34 
 
 		 346 aa  229  6e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109653  normal  0.0510654 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2326  ApbE family protein  42.14 
 
 		 352 aa  212  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.211712  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2058  ApbE family protein  42.95 
 
 		 370 aa  209  9e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.673444  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2113  ApbE family protein  42.95 
 
 		 352 aa  208  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0996  ApbE family protein  42.17 
 
 		 352 aa  208  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2402  ApbE family lipoprotein  40.73 
 
 		 350 aa  208  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2253  ApbE family protein  43.84 
 
 		 291 aa  192  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0936  ApbE family lipoprotein  41.05 
 
 		 349 aa  187  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0317624  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0511  ApbE family lipoprotein  29.51 
 
 		 360 aa  159  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3927  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  98.26 
 
 		 161 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.20175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.04 
 
 		 363 aa  128  3e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.71 
 
 		 343 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  36.69 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  31.25 
 
 		 359 aa  124  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.25 
 
 		 331 aa  124  6e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  31.25 
 
 		 345 aa  123  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  39.27 
 
 		 386 aa  124  6e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  26.35 
 
 		 339 aa  123  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  35.42 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  35.45 
 
 		 349 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  35 
 
 		 349 aa  121  3e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  31.72 
 
 		 343 aa  121  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  32.68 
 
 		 361 aa  120  7e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  29.47 
 
 		 343 aa  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.18 
 
 		 347 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  35.46 
 
 		 368 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.86 
 
 		 337 aa  118  3e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  33.98 
 
 		 367 aa  118  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.97 
 
 		 334 aa  118  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  35.03 
 
 		 331 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  28.1 
 
 		 366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  35.14 
 
 		 365 aa  117  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  29.76 
 
 		 379 aa  116  8.999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  30.4 
 
 		 338 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  37.07 
 
 		 332 aa  114  3e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  29.15 
 
 		 374 aa  115  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  29.15 
 
 		 374 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  29.88 
 
 		 347 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  36.61 
 
 		 351 aa  114  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  27.22 
 
 		 344 aa  114  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  29.15 
 
 		 374 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  32.53 
 
 		 348 aa  113  7.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  32 
 
 		 348 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  32.39 
 
 		 336 aa  113  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  26.98 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  34.29 
 
 		 336 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  27.78 
 
 		 353 aa  112  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  34.2 
 
 		 341 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  33.03 
 
 		 343 aa  111  3e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1142  ApbE family lipoprotein  36.55 
 
 		 362 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0809507  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4919  membrane-associated ApbE-like lipoprotein  32.57 
 
 		 340 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0104223 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  37.39 
 
 		 417 aa  111  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.09 
 
 		 341 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  26.69 
 
 		 349 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  35 
 
 		 310 aa  110  5e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  26.98 
 
 		 360 aa  110  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  26.38 
 
 		 309 aa  110  7.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2243  ApbE family lipoprotein  37.4 
 
 		 327 aa  110  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.208149 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.58 
 
 		 349 aa  110  9.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  31.95 
 
 		 338 aa  109  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  28.62 
 
 		 345 aa  109  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  34.88 
 
 		 308 aa  109  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  29.27 
 
 		 349 aa  109  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1063  ApbE family lipoprotein  36.71 
 
 		 362 aa  108  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0309  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  26.49 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.912952 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  33.59 
 
 		 379 aa  108  2e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  31.6 
 
 		 338 aa  108  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.39 
 
 		 306 aa  108  3e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  30.13 
 
 		 345 aa  108  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  31.98 
 
 		 337 aa  108  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  28.25 
 
 		 338 aa  108  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  34.96 
 
 		 355 aa  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  30.42 
 
 		 369 aa  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  33.44 
 
 		 332 aa  107  5e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  28.36 
 
 		 354 aa  107  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  30.58 
 
 		 350 aa  107  7e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  31.02 
 
 		 370 aa  106  9e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  36.97 
 
 		 339 aa  105  2e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  28.76 
 
 		 328 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.38 
 
 		 337 aa  105  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  30.42 
 
 		 338 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  27.05 
 
 		 343 aa  104  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1278  ApbE family lipoprotein  27.53 
 
 		 389 aa  105  3e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  27.8 
 
 		 352 aa  104  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  28.93 
 
 		 323 aa  104  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  30.25 
 
 		 353 aa  104  5e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  26.47 
 
 		 350 aa  103  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  30.63 
 
 		 317 aa  103  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3196  ApbE-like lipoprotein  34.98 
 
 		 344 aa  103  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764413  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  26.71 
 
 		 342 aa  103  7e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  30.12 
 
 		 337 aa  103  7e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  30.04 
 
 		 371 aa  103  8e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>