More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2514 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2514  response regulator receiver  100 
 
 		 232 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.443925 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 235 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 270 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  39.48 
 
 		 243 aa  152  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.12 
 
 		 236 aa  149  3e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.57 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 		 238 aa  148  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 238 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  38.1 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  38.53 
 
 		 244 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 241 aa  146  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.86 
 
 		 242 aa  146  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  39.32 
 
 		 246 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  39.38 
 
 		 241 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.38 
 
 		 241 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 238 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 262 aa  145  5e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 249 aa  145  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.53 
 
 		 251 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  39.37 
 
 		 230 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.3 
 
 		 259 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.5 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 251 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 250 aa  143  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 232 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 232 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  39.21 
 
 		 252 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2619  two component transcriptional regulator  39.22 
 
 		 240 aa  142  6e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 242 aa  141  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2235  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 236 aa  140  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0046  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 233 aa  140  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.214766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.6 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 261 aa  139  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  36.12 
 
 		 243 aa  139  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1985  DNA-binding transcriptional regulator TorR  35.81 
 
 		 232 aa  139  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.156357  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.43 
 
 		 229 aa  138  7e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3241  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.74 
 
 		 237 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2052  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.77 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.293024  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.71 
 
 		 256 aa  137  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 240 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  34.93 
 
 		 236 aa  137  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3566  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 255 aa  136  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.291783  normal  0.121657 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2094  response regulator receiver  36.28 
 
 		 225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01583  DNA-binding transcriptional regulator TorR  34.62 
 
 		 237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.28 
 
 		 240 aa  135  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.74 
 
 		 246 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0545  two component transcriptional regulator  35.83 
 
 		 250 aa  135  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  37.05 
 
 		 236 aa  135  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  34.65 
 
 		 238 aa  135  7.000000000000001e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  33.91 
 
 		 241 aa  134  9e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2473  DNA-binding response regulator  33.62 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3762  two-component response regulator  33.47 
 
 		 239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0487627  decreased coverage  0.0000265862 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0815  two-component response regulator  33.47 
 
 		 239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000717024  decreased coverage  0.00000744043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  35.11 
 
 		 255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 241 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0777  two-component response regulator  33.05 
 
 		 239 aa  133  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000399592  decreased coverage  0.000157294 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2105  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 253 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 239 aa  132  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.29 
 
 		 234 aa  132  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  36.91 
 
 		 230 aa  132  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0533  two-component response regulator  32.48 
 
 		 238 aa  132  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.56 
 
 		 248 aa  132  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  34.33 
 
 		 244 aa  132  6e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.63 
 
 		 247 aa  132  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0733  two-component response regulator  32.91 
 
 		 238 aa  131  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.318798  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 241 aa  131  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0880  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 234 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220279 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  34.63 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2984  two-component response regulator  31.51 
 
 		 238 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003939  TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR  33.91 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0753413  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  33.48 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7106  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.323714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  33.03 
 
 		 226 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  33.48 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0786  two-component response regulator  32.2 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2939  response regulator receiver  37.17 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.59 
 
 		 239 aa  129  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0601  two-component response regulator  33.19 
 
 		 238 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000457476  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  34.36 
 
 		 238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0577  two component transcriptional regulator  36.09 
 
 		 240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.48747  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3905  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2215  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 235 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0142  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.53 
 
 		 224 aa  129  6e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00974604  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3719  two-component response regulator  31.78 
 
 		 238 aa  128  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000224737  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 245 aa  128  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3660  two-component response regulator  31.78 
 
 		 238 aa  128  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0335884  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3842  two-component response regulator  31.78 
 
 		 238 aa  128  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000808868  hitchhiker  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 246 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3988  two-component response regulator  32.2 
 
 		 238 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00276  two-component response regulator  31.76 
 
 		 235 aa  128  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.65 
 
 		 240 aa  128  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0651  two-component response regulator  32.2 
 
 		 238 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000404261  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3371  two-component response regulator  32.2 
 
 		 238 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000464227  hitchhiker  0.00803379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0650  two-component response regulator  32.2 
 
 		 238 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000223196  hitchhiker  0.00939579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>