More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2473 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2473  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 242 aa  486  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  60.26 
 
 		 238 aa  291  8e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  60.26 
 
 		 238 aa  291  8e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  59.83 
 
 		 238 aa  288  8e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0200  two component transcriptional regulator  58.72 
 
 		 243 aa  279  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  58.09 
 
 		 245 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  58.09 
 
 		 244 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.22 
 
 		 242 aa  261  6e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 249 aa  238  5e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0545  two component transcriptional regulator  48.35 
 
 		 250 aa  235  5.0000000000000005e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 232 aa  218  6e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 232 aa  218  6e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01583  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.58 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1322  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.96 
 
 		 234 aa  216  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000612091  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003939  TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR  45.49 
 
 		 236 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0753413  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  45.57 
 
 		 242 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  44.87 
 
 		 235 aa  204  9e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  40.42 
 
 		 245 aa  203  2e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  45.53 
 
 		 239 aa  202  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2052  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.32 
 
 		 242 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.293024  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  40 
 
 		 245 aa  198  5e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1985  DNA-binding transcriptional regulator TorR  45.65 
 
 		 232 aa  197  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.156357  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0983  DNA-binding transcriptional regulator TorR  45.83 
 
 		 236 aa  196  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.291581 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 245 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  41.03 
 
 		 243 aa  193  2e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3241  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.41 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  41.88 
 
 		 239 aa  192  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.54 
 
 		 236 aa  191  7e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1047  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.33 
 
 		 236 aa  190  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.499715  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 244 aa  190  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  42.92 
 
 		 240 aa  190  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  39.92 
 
 		 236 aa  189  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1112  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.33 
 
 		 236 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1051  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.33 
 
 		 236 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.44318 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 237 aa  189  5e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  40.93 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  42.92 
 
 		 240 aa  188  7e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  42.49 
 
 		 240 aa  188  7e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 		 245 aa  188  8e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.45 
 
 		 236 aa  187  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00276  two-component response regulator  41.3 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  40.51 
 
 		 239 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  40.51 
 
 		 239 aa  187  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0082  two-component response regulator  41.3 
 
 		 235 aa  186  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  40.51 
 
 		 239 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  40.51 
 
 		 239 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  40.51 
 
 		 239 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.95 
 
 		 246 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  40.08 
 
 		 239 aa  186  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1828  DNA-binding transcriptional regulator TorR  39.24 
 
 		 240 aa  185  5e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3347  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.33 
 
 		 236 aa  185  6e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000384276  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2279  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 234 aa  185  6e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.957974 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  39.5 
 
 		 246 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  38.3 
 
 		 241 aa  185  7e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3988  two-component response regulator  40 
 
 		 238 aa  184  9e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0651  two-component response regulator  40 
 
 		 238 aa  184  9e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000404261  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3371  two-component response regulator  40 
 
 		 238 aa  184  9e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000464227  hitchhiker  0.00803379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0650  two-component response regulator  40 
 
 		 238 aa  184  9e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000223196  hitchhiker  0.00939579 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0678  two-component response regulator  40 
 
 		 238 aa  184  9e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000157437  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  42.31 
 
 		 261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  42.06 
 
 		 241 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2803  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.33 
 
 		 241 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3762  two-component response regulator  39.24 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0487627  decreased coverage  0.0000265862 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  40.08 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0786  two-component response regulator  39.92 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0815  two-component response regulator  39.24 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000717024  decreased coverage  0.00000744043 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3660  two-component response regulator  39.92 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0335884  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3842  two-component response regulator  39.92 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000808868  hitchhiker  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3719  two-component response regulator  39.92 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000224737  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  40.5 
 
 		 246 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0733  two-component response regulator  39.75 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.318798  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1947  two-component response regulator  40.51 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000743409  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.74 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  41.63 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 		 246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004461  aerobic respiration control protein ArcA  40.93 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000105121  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00933  two-component response regulator  40.51 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 262 aa  182  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  40.51 
 
 		 239 aa  182  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1228  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.92 
 
 		 236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0777  two-component response regulator  39.24 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000399592  decreased coverage  0.000157294 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  41.63 
 
 		 241 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 		 246 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>