203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2328 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2328  hypothetical protein  100 
 
 		 225 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.725633  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2491  hypothetical protein  79.46 
 
 		 225 aa  362  2e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2953  hypothetical protein  79.46 
 
 		 225 aa  359  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.767338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2116  hypothetical protein  74.11 
 
 		 226 aa  348  4e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178946  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3459  hypothetical protein  73.54 
 
 		 225 aa  343  1e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.342495  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1595  hypothetical protein  69.64 
 
 		 226 aa  322  4e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.772855  normal  0.895156 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3850  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  68.61 
 
 		 228 aa  313  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3128  chromosomal replication initiator, DnaA  55 
 
 		 244 aa  195  6e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5161  chromosomal replication initiator DnaA  52.38 
 
 		 233 aa  192  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189025  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3328  chromosomal replication initiator DnaA  47.71 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.217233 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0493  chromosomal replication initiator DnaA  50 
 
 		 236 aa  185  4e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.947909 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1963  hypothetical protein  42.67 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.60365  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2026  chromosomal replication initiator DnaA  49.3 
 
 		 252 aa  182  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.613921 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2340  chromosomal replication initiator DnaA  49.3 
 
 		 252 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2066  chromosomal replication initiator DnaA  49.3 
 
 		 252 aa  181  6e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.214725  normal  0.109962 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5544  Chromosomal replication initiator DnaA  49.3 
 
 		 233 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.344877  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0794  hypothetical protein  44.95 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.482692  normal  0.823382 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0399  chromosomal replication initiator, DnaA  46.08 
 
 		 226 aa  165  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1298  chromosomal replication initiator DnaA  42.92 
 
 		 232 aa  164  9e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.656707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0780  hypothetical protein  46.08 
 
 		 226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2436  chromosomal replication initiator, DnaA  46.08 
 
 		 226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.192857  normal  0.0248561 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1097  hypothetical protein  42.79 
 
 		 237 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682331  hitchhiker  0.0058137 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2574  hypothetical protein  41.07 
 
 		 232 aa  160  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.237947  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1243  hypothetical protein  42.79 
 
 		 237 aa  159  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519731 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1578  hypothetical protein  42.06 
 
 		 240 aa  159  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0714  hypothetical protein  40.18 
 
 		 231 aa  158  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0704  hypothetical protein  40.18 
 
 		 231 aa  158  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1856  chromosomal replication initiator, DnaA  40.37 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0960  chromosomal replication initiator DnaA  45.12 
 
 		 240 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545818 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0741  chromosomal replication initiator  43.5 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0767  hypothetical protein  34.86 
 
 		 229 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.290925  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2163  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  39.81 
 
 		 228 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1301  hypothetical protein  42.04 
 
 		 229 aa  134  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1057  chromosomal replication initiator, DnaA  36.23 
 
 		 233 aa  123  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.876262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  39.53 
 
 		 230 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000767913 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0234  Chromosomal replication initiator DnaA  39.64 
 
 		 255 aa  121  8e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.328528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2552  DnaA-related protein  37.33 
 
 		 233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.142763  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1146  chromosomal DNA replication initiator-related protein  28.84 
 
 		 211 aa  109  4.0000000000000004e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.000163537  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0036  DNA replication initiation ATPase  33.65 
 
 		 207 aa  105  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1755  DNA replication initiation ATPase  32.13 
 
 		 220 aa  104  9e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0594787  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2535  DNA replication initiation ATPase-like protein  37.44 
 
 		 247 aa  102  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0913  hypothetical protein  28.03 
 
 		 218 aa  94.4  1e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0193  chromosomal DNA replication initiator-related protein  26.19 
 
 		 218 aa  92.4  4e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0190  hypothetical protein  30.85 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2717  hypothetical protein  30.08 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2848  hypothetical protein  29.66 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0901  ATPase  28.64 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2313  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  28.69 
 
 		 247 aa  67  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593318 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0707  chromosomal replication initiator, DnaA  29.06 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  26.64 
 
 		 468 aa  62  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000552796  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  26.2 
 
 		 468 aa  60.5  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  26.2 
 
 		 472 aa  60.5  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3317  Chromosomal replication initiator DnaA  27.27 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.159079  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1647  hypothetical protein  31.84 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.227108  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02244  hypothetical protein  32.8 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.523249  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1717  hypothetical protein  31.84 
 
 		 233 aa  58.2  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.308602  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2993  DNA replication initiation factor  28.07 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.553291  hitchhiker  0.00574523 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00002  Chromosomal replication initiator protein dnaA  24.89 
 
 		 533 aa  57.4  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000917685  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 		 463 aa  57  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  25.88 
 
 		 468 aa  57.4  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 		 450 aa  56.2  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0673  DnaA regulatory inactivator Hda  30.77 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 		 462 aa  56.2  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 		 462 aa  56.2  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36850  DNA replication initiation factor  29.57 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  23.69 
 
 		 474 aa  55.1  0.0000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0001  chromosomal replication initiation protein  25.1 
 
 		 512 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00010  chromosomal replication initiation protein  25.1 
 
 		 514 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.373198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  23.61 
 
 		 462 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  22.86 
 
 		 462 aa  54.7  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  23.61 
 
 		 462 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0929  Chromosomal replication initiator DnaA  25.54 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6289100000000002e-24 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  25.33 
 
 		 464 aa  54.3  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  23.61 
 
 		 462 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  22.83 
 
 		 461 aa  54.7  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  25.1 
 
 		 494 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  23.61 
 
 		 462 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 		 467 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  25.33 
 
 		 467 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 		 466 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 		 467 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 		 466 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  23.58 
 
 		 460 aa  53.9  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 		 466 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 		 467 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  25.33 
 
 		 462 aa  54.3  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 		 466 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 		 467 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  23.58 
 
 		 462 aa  53.9  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 		 466 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  25.33 
 
 		 467 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  23.58 
 
 		 460 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  23.58 
 
 		 460 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  23.58 
 
 		 461 aa  53.5  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 		 465 aa  53.9  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  23.58 
 
 		 457 aa  53.9  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000224276  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 		 467 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  24.02 
 
 		 459 aa  53.9  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 		 465 aa  53.9  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  23.58 
 
 		 461 aa  53.9  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>