242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2116 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2116  hypothetical protein  100 
 
 		 226 aa  448  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178946  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1595  hypothetical protein  87.17 
 
 		 226 aa  392  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.772855  normal  0.895156 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2328  hypothetical protein  74.11 
 
 		 225 aa  348  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.725633  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2491  hypothetical protein  74.55 
 
 		 225 aa  337  8e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2953  hypothetical protein  75 
 
 		 225 aa  334  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.767338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3459  hypothetical protein  70.85 
 
 		 225 aa  323  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.342495  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3850  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  69.51 
 
 		 228 aa  314  8e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3328  chromosomal replication initiator DnaA  47.96 
 
 		 226 aa  200  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.217233 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3128  chromosomal replication initiator, DnaA  53.42 
 
 		 244 aa  196  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0493  chromosomal replication initiator DnaA  49.08 
 
 		 236 aa  189  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.947909 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5161  chromosomal replication initiator DnaA  48.57 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189025  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5544  Chromosomal replication initiator DnaA  46.61 
 
 		 233 aa  185  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.344877  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2026  chromosomal replication initiator DnaA  47.47 
 
 		 252 aa  182  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.613921 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2066  chromosomal replication initiator DnaA  47.47 
 
 		 252 aa  180  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.214725  normal  0.109962 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2340  chromosomal replication initiator DnaA  47.47 
 
 		 252 aa  180  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1963  hypothetical protein  44.09 
 
 		 233 aa  179  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.60365  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1097  hypothetical protein  45.33 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682331  hitchhiker  0.0058137 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1243  hypothetical protein  45.33 
 
 		 237 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519731 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0794  hypothetical protein  43.64 
 
 		 229 aa  171  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.482692  normal  0.823382 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0780  hypothetical protein  47 
 
 		 226 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1578  hypothetical protein  43.46 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2436  chromosomal replication initiator, DnaA  47 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.192857  normal  0.0248561 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0399  chromosomal replication initiator, DnaA  46.08 
 
 		 226 aa  168  6e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0714  hypothetical protein  41.18 
 
 		 231 aa  160  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2574  hypothetical protein  41.07 
 
 		 232 aa  160  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.237947  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0704  hypothetical protein  41.18 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1298  chromosomal replication initiator DnaA  40.62 
 
 		 232 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.656707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1856  chromosomal replication initiator, DnaA  42.47 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2163  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  40 
 
 		 228 aa  143  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0741  chromosomal replication initiator  43.56 
 
 		 229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1301  hypothetical protein  42.22 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0767  hypothetical protein  31.67 
 
 		 229 aa  134  9e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.290925  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0960  chromosomal replication initiator DnaA  41.4 
 
 		 240 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545818 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1057  chromosomal replication initiator, DnaA  39.13 
 
 		 233 aa  132  6e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.876262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  42.92 
 
 		 230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000767913 
 
 
-
 
NC_002978  WD1146  chromosomal DNA replication initiator-related protein  30.23 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.000163537  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0234  Chromosomal replication initiator DnaA  37.1 
 
 		 255 aa  112  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.328528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2552  DnaA-related protein  36.89 
 
 		 233 aa  112  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.142763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0193  chromosomal DNA replication initiator-related protein  27.19 
 
 		 218 aa  105  5e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2535  DNA replication initiation ATPase-like protein  40.28 
 
 		 247 aa  105  7e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0913  hypothetical protein  27.65 
 
 		 218 aa  104  9e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0036  DNA replication initiation ATPase  33.33 
 
 		 207 aa  99  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1755  DNA replication initiation ATPase  32.74 
 
 		 220 aa  99  6e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0594787  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0901  ATPase  31.55 
 
 		 204 aa  84.3  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0190  hypothetical protein  31.84 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2717  hypothetical protein  29.24 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1226  DNA replication initiation factor  34.47 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.996427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1668  DNA replication initiation factor  34.11 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4050  DNA replication initiation factor  34.11 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1636  DNA replication initiation factor  30.84 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.118213  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1266  DNA replication initiation factor  33.64 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2848  hypothetical protein  28.81 
 
 		 230 aa  75.1  0.0000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36850  DNA replication initiation factor  37.13 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2313  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  31.84 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593318 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2993  DNA replication initiation factor  34.65 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.553291  hitchhiker  0.00574523 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1703  DnaA family protein  31.31 
 
 		 234 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822266  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3686  DNA replication initiation factor  31.31 
 
 		 261 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.504254  decreased coverage  0.00028544 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0707  chromosomal replication initiator, DnaA  31.58 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02244  hypothetical protein  36.11 
 
 		 233 aa  68.9  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.523249  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3317  Chromosomal replication initiator DnaA  26.92 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.159079  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52010  DNA replication initiation factor  30.52 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4562  DNA replication initiation factor  30.52 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0972  hypothetical protein  33.71 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0672625 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2760  DnaA regulatory inactivator Hda  30.41 
 
 		 230 aa  63.2  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.264354  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0673  DnaA regulatory inactivator Hda  29.55 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0929  Chromosomal replication initiator DnaA  25.32 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6289100000000002e-24 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1647  hypothetical protein  31.53 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.227108  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0556  DnaA regulatory inactivator Hda  32.91 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.842862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1717  hypothetical protein  29.68 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.308602  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  29.14 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.778074  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  26.32 
 
 		 468 aa  58.2  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000552796  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  25.19 
 
 		 461 aa  58.2  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2320  chromosomal replication initiator, DnaA  30.22 
 
 		 236 aa  58.2  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.107711  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00002  Chromosomal replication initiator protein dnaA  25 
 
 		 533 aa  57.4  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000917685  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0001  chromosomal replication initiation protein  26.4 
 
 		 512 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0518  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  25.78 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.670919 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  25.44 
 
 		 472 aa  56.6  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  25.88 
 
 		 468 aa  56.2  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00010  chromosomal replication initiation protein  26.4 
 
 		 514 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.373198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  26.8 
 
 		 494 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  25.21 
 
 		 469 aa  55.5  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  24.45 
 
 		 451 aa  55.5  0.0000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  25.75 
 
 		 462 aa  55.5  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  25.75 
 
 		 462 aa  55.5  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  25.75 
 
 		 462 aa  55.5  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  25.75 
 
 		 462 aa  55.5  0.0000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  26.2 
 
 		 459 aa  55.1  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1354  DNA replication initiation factor  27.43 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000249163  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 		 457 aa  55.1  0.0000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000224276  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0010  chromosomal replication initiation protein  26.56 
 
 		 506 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645293  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 		 460 aa  55.1  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0001  chromosomal replication initiation protein  26.56 
 
 		 505 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390724  normal  0.0464489 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3125  DNA replication initiation factor  27.43 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000265071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1237  DNA replication initiation factor  27.43 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000322124  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 		 460 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 		 460 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 		 461 aa  54.7  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0003  chromosomal replication initiation protein  26.56 
 
 		 510 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 		 461 aa  54.7  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 		 460 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>