182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_5161 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_5161  chromosomal replication initiator DnaA  100 
 
 
233 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189025  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5544  Chromosomal replication initiator DnaA  82.83 
 
 
233 aa  368  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.344877  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2026  chromosomal replication initiator DnaA  66.23 
 
 
252 aa  284  7e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.613921 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2066  chromosomal replication initiator DnaA  66.52 
 
 
252 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.214725  normal  0.109962 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2340  chromosomal replication initiator DnaA  66.52 
 
 
252 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0493  chromosomal replication initiator DnaA  70.05 
 
 
236 aa  275  5e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.947909 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1298  chromosomal replication initiator DnaA  55.16 
 
 
232 aa  218  7.999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.656707  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2328  hypothetical protein  52.58 
 
 
225 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.725633  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3459  hypothetical protein  50.68 
 
 
225 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.342495  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2491  hypothetical protein  51.64 
 
 
225 aa  191  6e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2953  hypothetical protein  51.17 
 
 
225 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.767338  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2116  hypothetical protein  48.83 
 
 
226 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178946  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1595  hypothetical protein  49.06 
 
 
226 aa  187  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.772855  normal  0.895156 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2436  chromosomal replication initiator, DnaA  49.77 
 
 
226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.192857  normal  0.0248561 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3850  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  49.77 
 
 
228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390852  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3328  chromosomal replication initiator DnaA  51.13 
 
 
226 aa  182  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.217233 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0780  hypothetical protein  49.3 
 
 
226 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0399  chromosomal replication initiator, DnaA  49.3 
 
 
226 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0960  chromosomal replication initiator DnaA  50.68 
 
 
240 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545818 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1963  hypothetical protein  43.81 
 
 
233 aa  169  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.60365  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0741  chromosomal replication initiator  48.03 
 
 
229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1301  hypothetical protein  48.25 
 
 
229 aa  162  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0794  hypothetical protein  43.58 
 
 
229 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.482692  normal  0.823382 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2163  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  45.5 
 
 
228 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3128  chromosomal replication initiator, DnaA  48.91 
 
 
244 aa  155  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1856  chromosomal replication initiator, DnaA  42.47 
 
 
225 aa  153  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1243  hypothetical protein  45.5 
 
 
237 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00519731 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1578  hypothetical protein  42.66 
 
 
240 aa  152  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1097  hypothetical protein  44.14 
 
 
237 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682331  hitchhiker  0.0058137 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2574  hypothetical protein  40.76 
 
 
232 aa  148  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.237947  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0704  hypothetical protein  39.66 
 
 
231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0714  hypothetical protein  39.66 
 
 
231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1057  chromosomal replication initiator, DnaA  41.83 
 
 
233 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.876262  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0767  hypothetical protein  34.68 
 
 
229 aa  137  1e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.290925  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2552  DnaA-related protein  40.99 
 
 
233 aa  118  7.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.142763  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0234  Chromosomal replication initiator DnaA  39.09 
 
 
255 aa  115  5e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.328528  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  40.09 
 
 
230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767913 
 
 
-
 
NC_002978  WD1146  chromosomal DNA replication initiator-related protein  28.23 
 
 
211 aa  106  2e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.000163537  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0190  hypothetical protein  33.5 
 
 
223 aa  103  3e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0193  chromosomal DNA replication initiator-related protein  27.36 
 
 
218 aa  100  1e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0913  hypothetical protein  27.86 
 
 
218 aa  101  1e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1755  DNA replication initiation ATPase  33.33 
 
 
220 aa  94.7  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0594787  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0036  DNA replication initiation ATPase  33.99 
 
 
207 aa  93.2  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804087  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02244  hypothetical protein  34.93 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.523249  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1078  chromosomal replication initiator protein DnaA, truncation  30.33 
 
 
258 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.648855  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3317  Chromosomal replication initiator DnaA  26.99 
 
 
234 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.159079  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0747  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  29.05 
 
 
243 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0524633  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0901  ATPase  31.22 
 
 
204 aa  70.5  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2313  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  31.82 
 
 
247 aa  70.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.593318 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0707  chromosomal replication initiator, DnaA  34.9 
 
 
241 aa  70.5  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0972  hypothetical protein  33.19 
 
 
235 aa  68.9  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0672625 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  31.03 
 
 
233 aa  67.8  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.778074  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0929  Chromosomal replication initiator DnaA  26.11 
 
 
234 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6289100000000002e-24 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1717  hypothetical protein  33.62 
 
 
233 aa  66.6  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.308602  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2535  DNA replication initiation ATPase-like protein  35.68 
 
 
247 aa  67  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1647  hypothetical protein  33.19 
 
 
233 aa  65.1  0.0000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.227108  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1412  chromosomal replication initiator, DnaA  27.16 
 
 
241 aa  63.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000188558  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36850  DNA replication initiation factor  31.68 
 
 
234 aa  62.4  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2320  chromosomal replication initiator, DnaA  31.06 
 
 
236 aa  62  0.000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.107711  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2760  DnaA regulatory inactivator Hda  32.88 
 
 
230 aa  61.6  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.264354  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2174  Chromosomal replication initiator DnaA  30.59 
 
 
229 aa  60.5  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0673  DnaA regulatory inactivator Hda  30.8 
 
 
225 aa  60.5  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2993  DNA replication initiation factor  30.46 
 
 
234 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.553291  hitchhiker  0.00574523 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1226  DNA replication initiation factor  29.95 
 
 
235 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.996427  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52010  DNA replication initiation factor  29.95 
 
 
234 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00183499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4562  DNA replication initiation factor  29.95 
 
 
234 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1668  DNA replication initiation factor  29.95 
 
 
235 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2522  DnaA domain-containing protein  28.96 
 
 
232 aa  57.8  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1187  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.44 
 
 
232 aa  57.8  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1266  DNA replication initiation factor  29.95 
 
 
235 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4050  DNA replication initiation factor  29.95 
 
 
235 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0654  DnaA regulatory inactivator Hda  27.31 
 
 
318 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0679  DnaA regulatory inactivator Hda  27.31 
 
 
318 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.525991  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0276  DnaA regulatory inactivator Hda  27.31 
 
 
261 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0760  DnaA regulatory inactivator Hda  27.31 
 
 
261 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  27.31 
 
 
244 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.676526  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3847  DnaA regulatory inactivator Hda  26.87 
 
 
244 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1636  DNA replication initiation factor  29.44 
 
 
234 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.118213  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3194  hypothetical protein  24.78 
 
 
235 aa  55.1  0.0000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.158271  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1643  DNA replication initiation factor  27.83 
 
 
236 aa  54.7  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.112989  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1466  DnaA regulatory inactivator Hda  28.38 
 
 
233 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0556  DnaA regulatory inactivator Hda  28.88 
 
 
243 aa  55.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.842862  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  32.46 
 
 
233 aa  53.5  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1838  DNA replication initiation factor  27.95 
 
 
236 aa  53.1  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0197732  normal  0.185347 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0001  chromosomal replication initiation protein  29.39 
 
 
487 aa  53.1  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.775334  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2717  hypothetical protein  25.68 
 
 
230 aa  52.4  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1786  DNA replication initiation factor  29.83 
 
 
236 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000114863  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1779  DNA replication initiation factor  29.83 
 
 
236 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000277265  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2499  DNA replication initiation factor  29.83 
 
 
236 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0169271  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1823  DNA replication initiation factor  29.83 
 
 
236 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000711754  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3686  DNA replication initiation factor  27.5 
 
 
261 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.504254  decreased coverage  0.00028544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1703  DnaA family protein  27.5 
 
 
234 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822266  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2110  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  29.69 
 
 
232 aa  51.2  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.519557  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1751  DNA replication initiation factor  26.96 
 
 
236 aa  51.2  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.712768  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.36 
 
 
477 aa  50.4  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1916  DNA replication initiation factor  31.22 
 
 
241 aa  50.4  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.139395  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1691  DNA replication initiation factor  28.99 
 
 
236 aa  50.4  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.482582  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0001  chromosomal replication initiation protein  23.94 
 
 
469 aa  49.7  0.00004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0746  DnaA regulatory inactivator Hda  29.87 
 
 
256 aa  49.7  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541004  normal  0.653326 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2489  DnaA regulatory inactivator Hda  29.61 
 
 
257 aa  49.7  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.664029 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>