102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1578 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1578  hypothetical protein  100 
 
 		 240 aa  471  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1243  hypothetical protein  70.39 
 
 		 237 aa  314  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519731 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1097  hypothetical protein  69.1 
 
 		 237 aa  310  9e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682331  hitchhiker  0.0058137 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0794  hypothetical protein  68.98 
 
 		 229 aa  304  8.000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.482692  normal  0.823382 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2574  hypothetical protein  54.13 
 
 		 232 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.237947  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0714  hypothetical protein  53.67 
 
 		 231 aa  225  6e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0704  hypothetical protein  53.67 
 
 		 231 aa  225  6e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1963  hypothetical protein  50.89 
 
 		 233 aa  218  6e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.60365  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3328  chromosomal replication initiator DnaA  49.54 
 
 		 226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.217233 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0767  hypothetical protein  41.89 
 
 		 229 aa  178  7e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.290925  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2026  chromosomal replication initiator DnaA  46.93 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.613921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5544  Chromosomal replication initiator DnaA  47.91 
 
 		 233 aa  175  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.344877  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1595  hypothetical protein  43.93 
 
 		 226 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.772855  normal  0.895156 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2066  chromosomal replication initiator DnaA  46.75 
 
 		 252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.214725  normal  0.109962 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2340  chromosomal replication initiator DnaA  46.75 
 
 		 252 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3850  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  46.73 
 
 		 228 aa  171  9e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2163  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  46.04 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2116  hypothetical protein  43.46 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178946  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2491  hypothetical protein  42.99 
 
 		 225 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1856  chromosomal replication initiator, DnaA  47.25 
 
 		 225 aa  168  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2953  hypothetical protein  42.99 
 
 		 225 aa  168  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.767338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3459  hypothetical protein  41.67 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.342495  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0780  hypothetical protein  44.5 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2328  hypothetical protein  42.06 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.725633  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0399  chromosomal replication initiator, DnaA  44.5 
 
 		 226 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1298  chromosomal replication initiator DnaA  40.18 
 
 		 232 aa  159  5e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.656707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2436  chromosomal replication initiator, DnaA  44.04 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.192857  normal  0.0248561 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0493  chromosomal replication initiator DnaA  46.3 
 
 		 236 aa  157  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.947909 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3128  chromosomal replication initiator, DnaA  45 
 
 		 244 aa  149  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5161  chromosomal replication initiator DnaA  42.79 
 
 		 233 aa  148  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189025  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0960  chromosomal replication initiator DnaA  41.94 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545818 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1301  hypothetical protein  42.48 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1057  chromosomal replication initiator, DnaA  38.68 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.876262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0741  chromosomal replication initiator  42.53 
 
 		 229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  40.72 
 
 		 230 aa  128  7.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000767913 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0234  Chromosomal replication initiator DnaA  33.48 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.328528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2552  DnaA-related protein  40 
 
 		 233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.142763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0901  ATPase  34.52 
 
 		 204 aa  103  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0913  hypothetical protein  36.2 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0193  chromosomal DNA replication initiator-related protein  34.36 
 
 		 218 aa  103  3e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1146  chromosomal DNA replication initiator-related protein  36.13 
 
 		 211 aa  100  1e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.000163537  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0036  DNA replication initiation ATPase  34.5 
 
 		 207 aa  97.4  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1755  DNA replication initiation ATPase  33.82 
 
 		 220 aa  96.7  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0594787  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0190  hypothetical protein  33.83 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0707  chromosomal replication initiator, DnaA  30.73 
 
 		 241 aa  79  0.00000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2535  DNA replication initiation ATPase-like protein  34.25 
 
 		 247 aa  74.3  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2313  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  30.13 
 
 		 247 aa  70.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593318 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0556  DnaA regulatory inactivator Hda  31 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.842862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02244  hypothetical protein  34.57 
 
 		 233 aa  70.1  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.523249  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2993  DNA replication initiation factor  28.14 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.553291  hitchhiker  0.00574523 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1668  DNA replication initiation factor  28.14 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1636  DNA replication initiation factor  29.15 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.118213  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4050  DNA replication initiation factor  28.14 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1266  DNA replication initiation factor  28.14 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52010  DNA replication initiation factor  28.02 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4562  DNA replication initiation factor  28.02 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0673  DnaA regulatory inactivator Hda  28.64 
 
 		 225 aa  62  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1226  DNA replication initiation factor  27.14 
 
 		 235 aa  62  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.996427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2616  DnaA regulatory inactivator Hda  27.4 
 
 		 224 aa  61.6  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2760  DnaA regulatory inactivator Hda  26.82 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.264354  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3686  DNA replication initiation factor  27.59 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.504254  decreased coverage  0.00028544 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1717  hypothetical protein  30.26 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.308602  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1703  DnaA family protein  27.59 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822266  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0929  Chromosomal replication initiator DnaA  26.32 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6289100000000002e-24 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1647  hypothetical protein  30.26 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.227108  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0972  hypothetical protein  29.57 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0672625 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3317  Chromosomal replication initiator DnaA  25.45 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.159079  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36850  DNA replication initiation factor  28.79 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2848  hypothetical protein  28.19 
 
 		 230 aa  57  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2717  hypothetical protein  28.19 
 
 		 230 aa  57  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2860  DnaA regulatory inactivator Hda  27.27 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.347104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2454  DnaA regulatory inactivator Hda  27.27 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0949  chromosomal replication initiator, DnaA  27.1 
 
 		 232 aa  54.3  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2487  chromosomal replication initiator, DnaA  25.94 
 
 		 237 aa  53.5  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  25.68 
 
 		 233 aa  51.2  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.778074  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2522  DnaA domain-containing protein  26.26 
 
 		 232 aa  50.8  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0896  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  26.27 
 
 		 239 aa  50.1  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000881745 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1078  chromosomal replication initiator protein DnaA, truncation  26.4 
 
 		 258 aa  49.7  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.648855  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3022  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  27.56 
 
 		 226 aa  50.1  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.929627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0747  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  25.89 
 
 		 243 aa  49.3  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0524633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1343  DNA replication initiation factor  22.05 
 
 		 231 aa  48.9  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000127246  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1187  chromosomal replication initiator protein DnaA  24.12 
 
 		 232 aa  48.5  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0222  hypothetical protein  28.41 
 
 		 217 aa  48.1  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0660424 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2320  chromosomal replication initiator, DnaA  24.23 
 
 		 236 aa  48.1  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.107711  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1763  chromosomal replication initiator, DnaA  22.31 
 
 		 251 aa  47.8  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2489  DnaA regulatory inactivator Hda  23.08 
 
 		 257 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2174  Chromosomal replication initiator DnaA  26.49 
 
 		 229 aa  48.1  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1412  chromosomal replication initiator, DnaA  25.38 
 
 		 241 aa  47.4  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000188558  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1067  DNA replication initiation factor  27.42 
 
 		 235 aa  45.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1938  chromosomal replication initiation protein  25.4 
 
 		 473 aa  45.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2625  DnaA regulatory inactivator Hda  24.46 
 
 		 233 aa  43.9  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124613  normal  0.134526 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0267  DnaA-related protein  23.4 
 
 		 260 aa  44.3  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1926  DnaA-homolog protein Hda  23.4 
 
 		 237 aa  44.3  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0746  DnaA regulatory inactivator Hda  24.68 
 
 		 256 aa  43.9  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541004  normal  0.653326 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2110  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  24.35 
 
 		 232 aa  43.5  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.519557  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1771  chromosomal replication initiator, DnaA  26.64 
 
 		 307 aa  43.5  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1466  DnaA regulatory inactivator Hda  25.89 
 
 		 233 aa  43.5  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  25 
 
 		 451 aa  42.4  0.006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2989  DNA replication initiation factor  28.46 
 
 		 235 aa  42.4  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.94989  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  25.22 
 
 		 591 aa  42  0.008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.000633656  unclonable  0.0000000292755 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>