91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0960 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0960  chromosomal replication initiator DnaA  100 
 
 
240 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545818 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1298  chromosomal replication initiator DnaA  57.73 
 
 
232 aa  239  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.656707  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2026  chromosomal replication initiator DnaA  50.66 
 
 
252 aa  215  5e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.613921 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2066  chromosomal replication initiator DnaA  49.37 
 
 
252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.214725  normal  0.109962 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2340  chromosomal replication initiator DnaA  48.73 
 
 
252 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0493  chromosomal replication initiator DnaA  52.21 
 
 
236 aa  202  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.947909 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5544  Chromosomal replication initiator DnaA  50.87 
 
 
233 aa  198  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.344877  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5161  chromosomal replication initiator DnaA  51.66 
 
 
233 aa  188  5e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189025  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2491  hypothetical protein  46.98 
 
 
225 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1963  hypothetical protein  43.36 
 
 
233 aa  175  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.60365  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2953  hypothetical protein  46.98 
 
 
225 aa  174  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.767338  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3459  hypothetical protein  46.54 
 
 
225 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.342495  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2328  hypothetical protein  45.12 
 
 
225 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.725633  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0794  hypothetical protein  44.09 
 
 
229 aa  169  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.482692  normal  0.823382 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1578  hypothetical protein  42.08 
 
 
240 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2436  chromosomal replication initiator, DnaA  45.62 
 
 
226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.192857  normal  0.0248561 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0399  chromosomal replication initiator, DnaA  44.7 
 
 
226 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2574  hypothetical protein  42.15 
 
 
232 aa  161  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.237947  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0780  hypothetical protein  45.16 
 
 
226 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3328  chromosomal replication initiator DnaA  43.52 
 
 
226 aa  158  6e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.217233 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2116  hypothetical protein  41.4 
 
 
226 aa  158  7e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178946  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1595  hypothetical protein  42.59 
 
 
226 aa  158  8e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.772855  normal  0.895156 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1097  hypothetical protein  40.62 
 
 
237 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682331  hitchhiker  0.0058137 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1243  hypothetical protein  41.07 
 
 
237 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00519731 
 
 
-
 
NC_004310  BR0714  hypothetical protein  39.11 
 
 
231 aa  155  8e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0704  hypothetical protein  39.11 
 
 
231 aa  154  9e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1301  hypothetical protein  44.64 
 
 
229 aa  153  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0767  hypothetical protein  38.91 
 
 
229 aa  152  4e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.290925  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3850  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  40 
 
 
228 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390852  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1057  chromosomal replication initiator, DnaA  38.76 
 
 
233 aa  137  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.876262  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3128  chromosomal replication initiator, DnaA  43.56 
 
 
244 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1856  chromosomal replication initiator, DnaA  37.33 
 
 
225 aa  133  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2163  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  38.43 
 
 
228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  39.63 
 
 
230 aa  129  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767913 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0741  chromosomal replication initiator  39.29 
 
 
229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0190  hypothetical protein  35.38 
 
 
223 aa  107  1e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1146  chromosomal DNA replication initiator-related protein  29.13 
 
 
211 aa  97.8  1e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.000163537  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0036  DNA replication initiation ATPase  34.3 
 
 
207 aa  96.3  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804087  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0193  chromosomal DNA replication initiator-related protein  26.5 
 
 
218 aa  94.7  1e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0913  hypothetical protein  26.5 
 
 
218 aa  92.8  5e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0747  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  30.45 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0524633  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0234  Chromosomal replication initiator DnaA  35.17 
 
 
255 aa  89  7e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.328528  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2552  DnaA-related protein  35.06 
 
 
233 aa  85.1  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.142763  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2535  DNA replication initiation ATPase-like protein  34.67 
 
 
247 aa  83.2  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0707  chromosomal replication initiator, DnaA  33.76 
 
 
241 aa  81.3  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1078  chromosomal replication initiator protein DnaA, truncation  28.74 
 
 
258 aa  79  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.648855  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1755  DNA replication initiation ATPase  29.58 
 
 
220 aa  75.5  0.0000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0594787  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0929  Chromosomal replication initiator DnaA  27.04 
 
 
234 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6289100000000002e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3317  Chromosomal replication initiator DnaA  26.61 
 
 
234 aa  72  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.159079  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0901  ATPase  32.31 
 
 
204 aa  67.4  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  28.44 
 
 
233 aa  62.8  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.778074  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1412  chromosomal replication initiator, DnaA  25.1 
 
 
241 aa  61.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000188558  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2320  chromosomal replication initiator, DnaA  28.33 
 
 
236 aa  60.1  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.107711  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02244  hypothetical protein  33.69 
 
 
233 aa  56.6  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.523249  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1187  chromosomal replication initiator protein DnaA  25.96 
 
 
232 aa  55.5  0.0000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0556  DnaA regulatory inactivator Hda  29.41 
 
 
243 aa  55.1  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.842862  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1717  hypothetical protein  31.6 
 
 
233 aa  54.3  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.308602  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1647  hypothetical protein  31.17 
 
 
233 aa  53.1  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.227108  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2313  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  27.5 
 
 
247 aa  52.8  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.593318 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1438  DNA replication initiation ATPase-like protein  29.61 
 
 
270 aa  52  0.000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000684116  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36850  DNA replication initiation factor  29.58 
 
 
234 aa  51.2  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0673  DnaA regulatory inactivator Hda  28.63 
 
 
225 aa  50.8  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2174  Chromosomal replication initiator DnaA  26.84 
 
 
229 aa  50.1  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  28.45 
 
 
233 aa  48.5  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1622  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  29.61 
 
 
270 aa  47.8  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000450483  normal  0.228379 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1854  putative DnaA family protein  29.61 
 
 
270 aa  48.5  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00022151  normal  0.136094 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0972  hypothetical protein  27.83 
 
 
235 aa  47.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0672625 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  28.25 
 
 
449 aa  46.6  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2717  hypothetical protein  26.95 
 
 
230 aa  46.6  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0518  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  27.73 
 
 
245 aa  45.8  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.670919 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2056  chromosomal replication initiation protein  25.18 
 
 
436 aa  46.2  0.0005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1967  DNA replication initiation factor  24.79 
 
 
236 aa  45.4  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0187389  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.15 
 
 
454 aa  45.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000297027  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1751  DNA replication initiation factor  25.43 
 
 
236 aa  45.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.712768  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2848  hypothetical protein  26.95 
 
 
230 aa  43.9  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0001  chromosomal replication initiation protein  23.24 
 
 
442 aa  43.9  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1643  DNA replication initiation factor  23.4 
 
 
236 aa  43.9  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.112989  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  22.94 
 
 
441 aa  43.1  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00105638  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1651  DNA replication initiation factor  24.68 
 
 
236 aa  42.7  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0364353  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1643  DNA replication initiation factor  24.68 
 
 
236 aa  42.7  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135541  normal  0.709105 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1576  DNA replication initiation factor  24.68 
 
 
236 aa  42.7  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.840172  normal  0.181958 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2877  DNA replication initiation factor  24.68 
 
 
236 aa  42.7  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1823  DNA replication initiation factor  25.32 
 
 
236 aa  42.4  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000711754  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1779  DNA replication initiation factor  25.32 
 
 
236 aa  42.4  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000277265  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1786  DNA replication initiation factor  25.32 
 
 
236 aa  42.4  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000114863  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2499  DNA replication initiation factor  25.32 
 
 
236 aa  42.4  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0169271  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52010  DNA replication initiation factor  26.16 
 
 
234 aa  42.7  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00183499 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3194  hypothetical protein  22.27 
 
 
235 aa  42.4  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.158271  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4562  DNA replication initiation factor  26.16 
 
 
234 aa  42  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1691  DNA replication initiation factor  26.53 
 
 
236 aa  42  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.482582  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0001  chromosomal replication initiation protein  21.16 
 
 
450 aa  41.6  0.01  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.14003  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>