More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1301 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1301  hypothetical protein  100 
 
 		 229 aa  447  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0399  chromosomal replication initiator, DnaA  52.49 
 
 		 226 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2436  chromosomal replication initiator, DnaA  51.58 
 
 		 226 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.192857  normal  0.0248561 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0780  hypothetical protein  51.13 
 
 		 226 aa  193  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1856  chromosomal replication initiator, DnaA  41.7 
 
 		 225 aa  171  7.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5544  Chromosomal replication initiator DnaA  47.77 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.344877  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1057  chromosomal replication initiator, DnaA  43.81 
 
 		 233 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.876262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2026  chromosomal replication initiator DnaA  45.58 
 
 		 252 aa  164  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.613921 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2340  chromosomal replication initiator DnaA  45.13 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2066  chromosomal replication initiator DnaA  45.13 
 
 		 252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.214725  normal  0.109962 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5161  chromosomal replication initiator DnaA  48.36 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189025  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3328  chromosomal replication initiator DnaA  46.61 
 
 		 226 aa  153  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.217233 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1298  chromosomal replication initiator DnaA  42.22 
 
 		 232 aa  150  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.656707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1963  hypothetical protein  41.26 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.60365  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3850  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  45.7 
 
 		 228 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0741  chromosomal replication initiator  44.84 
 
 		 229 aa  145  6e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1578  hypothetical protein  42.48 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2574  hypothetical protein  40.62 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.237947  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0493  chromosomal replication initiator DnaA  43.17 
 
 		 236 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.947909 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2953  hypothetical protein  43.38 
 
 		 225 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.767338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1097  hypothetical protein  41.7 
 
 		 237 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682331  hitchhiker  0.0058137 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1243  hypothetical protein  42.15 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2491  hypothetical protein  42.47 
 
 		 225 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0767  hypothetical protein  37.44 
 
 		 229 aa  139  4.999999999999999e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.290925  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0704  hypothetical protein  38.39 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0714  hypothetical protein  38.39 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0794  hypothetical protein  39.11 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.482692  normal  0.823382 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2116  hypothetical protein  42.22 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178946  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1595  hypothetical protein  42.34 
 
 		 226 aa  136  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.772855  normal  0.895156 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2328  hypothetical protein  42.04 
 
 		 225 aa  134  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.725633  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2163  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  41.28 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3459  hypothetical protein  39.01 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.342495  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3128  chromosomal replication initiator, DnaA  45.05 
 
 		 244 aa  128  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0960  chromosomal replication initiator DnaA  42.15 
 
 		 240 aa  128  7.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545818 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  39.21 
 
 		 230 aa  121  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000767913 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2552  DnaA-related protein  40.36 
 
 		 233 aa  121  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.142763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1755  DNA replication initiation ATPase  35.15 
 
 		 220 aa  108  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0594787  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0193  chromosomal DNA replication initiator-related protein  29.06 
 
 		 218 aa  104  9e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0913  hypothetical protein  29.06 
 
 		 218 aa  98.6  8e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0234  Chromosomal replication initiator DnaA  33.78 
 
 		 255 aa  97.1  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.328528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0190  hypothetical protein  30.69 
 
 		 223 aa  95.1  7e-19  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1146  chromosomal DNA replication initiator-related protein  25.62 
 
 		 211 aa  88.6  7e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.000163537  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0036  DNA replication initiation ATPase  31.22 
 
 		 207 aa  87.8  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1187  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.3 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2760  DnaA regulatory inactivator Hda  33.64 
 
 		 230 aa  81.6  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.264354  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  35.4 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3317  Chromosomal replication initiator DnaA  28.07 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.159079  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2535  DNA replication initiation ATPase-like protein  34.53 
 
 		 247 aa  76.6  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0901  ATPase  30.05 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2877  DNA replication initiation factor  28.07 
 
 		 236 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1576  DNA replication initiation factor  28.07 
 
 		 236 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.840172  normal  0.181958 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1651  DNA replication initiation factor  28.07 
 
 		 236 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0364353  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1643  DNA replication initiation factor  28.07 
 
 		 236 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135541  normal  0.709105 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  28.69 
 
 		 244 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.676526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0679  DnaA regulatory inactivator Hda  28.87 
 
 		 318 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.525991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1343  DNA replication initiation factor  27.75 
 
 		 231 aa  75.1  0.0000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000127246  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0654  DnaA regulatory inactivator Hda  28.87 
 
 		 318 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3847  DnaA regulatory inactivator Hda  28.27 
 
 		 244 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1751  DNA replication initiation factor  27.39 
 
 		 236 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.712768  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2441  DNA replication initiation factor  26.75 
 
 		 236 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.689375  normal  0.0202229 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1643  DNA replication initiation factor  27.83 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.112989  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0276  DnaA regulatory inactivator Hda  28.27 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0760  DnaA regulatory inactivator Hda  28.27 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2164  DNA replication initiation factor  26.32 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1786  DNA replication initiation factor  27.95 
 
 		 236 aa  72  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000114863  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2499  DNA replication initiation factor  27.95 
 
 		 236 aa  72  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0169271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1779  DNA replication initiation factor  27.95 
 
 		 236 aa  72  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000277265  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1823  DNA replication initiation factor  27.95 
 
 		 236 aa  72  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000711754  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0747  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  29.17 
 
 		 243 aa  71.6  0.000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0524633  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1078  chromosomal replication initiator protein DnaA, truncation  30.99 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.648855  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0929  Chromosomal replication initiator DnaA  26.75 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6289100000000002e-24 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02244  hypothetical protein  34.56 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.523249  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3194  hypothetical protein  27.95 
 
 		 235 aa  70.1  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.158271  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0972  hypothetical protein  36.92 
 
 		 235 aa  70.1  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0672625 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1412  chromosomal replication initiator, DnaA  27.46 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000188558  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1647  hypothetical protein  35.16 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.227108  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1691  DNA replication initiation factor  26.75 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.482582  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2775  DnaA regulatory inactivator Hda  29.82 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00936325  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1717  hypothetical protein  35.16 
 
 		 233 aa  68.9  0.00000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.308602  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1967  DNA replication initiation factor  25 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0187389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2197  DnaA regulatory inactivator Hda  33.04 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.369368  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2318  DnaA regulatory inactivator Hda  33.04 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3302  DnaA regulatory inactivator Hda  33.04 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.06436  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0509  DnaA regulatory inactivator Hda  33.04 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.679706  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2625  DnaA regulatory inactivator Hda  29.71 
 
 		 315 aa  67  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1090  DnaA regulatory inactivator Hda  33.04 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.379814  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3269  DnaA regulatory inactivator Hda  33.04 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0915676  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  24.5 
 
 		 503 aa  67  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2912  DnaA regulatory inactivator Hda  29.82 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3312  DnaA regulatory inactivator Hda  33.04 
 
 		 332 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1838  DNA replication initiation factor  26.75 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0197732  normal  0.185347 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0746  DnaA regulatory inactivator Hda  31.98 
 
 		 256 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541004  normal  0.653326 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02146  Chromosomal replication initiator, DnaA like protein to DnaA protein Hda  26.25 
 
 		 245 aa  65.1  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0119761  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3180  DnaA regulatory inactivator Hda  28.12 
 
 		 230 aa  65.1  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1316  DnaA regulatory inactivator Hda  32.59 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0581271  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0707  chromosomal replication initiator, DnaA  28.05 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2174  Chromosomal replication initiator DnaA  30.84 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4562  DNA replication initiation factor  29.32 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3953  DnaA regulatory inactivator Hda  31.42 
 
 		 256 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082136 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3686  DNA replication initiation factor  27.75 
 
 		 261 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.504254  decreased coverage  0.00028544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>