98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0794 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0794  hypothetical protein  100 
 
 		 229 aa  456  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.482692  normal  0.823382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1243  hypothetical protein  73.66 
 
 		 237 aa  329  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519731 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1097  hypothetical protein  72.32 
 
 		 237 aa  325  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682331  hitchhiker  0.0058137 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1578  hypothetical protein  68.98 
 
 		 240 aa  304  7e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0714  hypothetical protein  53.67 
 
 		 231 aa  225  3e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0704  hypothetical protein  53.21 
 
 		 231 aa  224  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2574  hypothetical protein  52.91 
 
 		 232 aa  223  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.237947  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1963  hypothetical protein  50.89 
 
 		 233 aa  211  7e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.60365  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2116  hypothetical protein  43.64 
 
 		 226 aa  171  7.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178946  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2328  hypothetical protein  44.95 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.725633  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2491  hypothetical protein  44.44 
 
 		 225 aa  167  9e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1595  hypothetical protein  43.44 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.772855  normal  0.895156 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2953  hypothetical protein  43.98 
 
 		 225 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.767338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3328  chromosomal replication initiator DnaA  44.95 
 
 		 226 aa  165  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.217233 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1298  chromosomal replication initiator DnaA  42.27 
 
 		 232 aa  164  6.9999999999999995e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.656707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5544  Chromosomal replication initiator DnaA  42.67 
 
 		 233 aa  164  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.344877  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3850  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  43.84 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0767  hypothetical protein  39.46 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.290925  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3459  hypothetical protein  43.32 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.342495  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2163  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  42.99 
 
 		 228 aa  158  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5161  chromosomal replication initiator DnaA  43.27 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189025  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1856  chromosomal replication initiator, DnaA  40.99 
 
 		 225 aa  151  8e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2436  chromosomal replication initiator, DnaA  41.96 
 
 		 226 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.192857  normal  0.0248561 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0399  chromosomal replication initiator, DnaA  41.96 
 
 		 226 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0960  chromosomal replication initiator DnaA  43.38 
 
 		 240 aa  148  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545818 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0780  hypothetical protein  41.52 
 
 		 226 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2026  chromosomal replication initiator DnaA  40 
 
 		 252 aa  146  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.613921 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0493  chromosomal replication initiator DnaA  41.99 
 
 		 236 aa  145  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.947909 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1057  chromosomal replication initiator, DnaA  35.81 
 
 		 233 aa  142  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.876262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2066  chromosomal replication initiator DnaA  39.27 
 
 		 252 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.214725  normal  0.109962 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3128  chromosomal replication initiator, DnaA  43.38 
 
 		 244 aa  138  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1301  hypothetical protein  39.11 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2340  chromosomal replication initiator DnaA  38.81 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0741  chromosomal replication initiator  42.34 
 
 		 229 aa  135  7.000000000000001e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  42.78 
 
 		 230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000767913 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2552  DnaA-related protein  37.67 
 
 		 233 aa  116  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.142763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0234  Chromosomal replication initiator DnaA  35.78 
 
 		 255 aa  115  7.999999999999999e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.328528  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1146  chromosomal DNA replication initiator-related protein  32.99 
 
 		 211 aa  104  1e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.000163537  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0036  DNA replication initiation ATPase  32.13 
 
 		 207 aa  101  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0193  chromosomal DNA replication initiator-related protein  34.57 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0913  hypothetical protein  33.15 
 
 		 218 aa  99  5e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1755  DNA replication initiation ATPase  32.04 
 
 		 220 aa  89.4  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0594787  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0901  ATPase  31.19 
 
 		 204 aa  88.6  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0190  hypothetical protein  32.98 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2535  DNA replication initiation ATPase-like protein  34.07 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0707  chromosomal replication initiator, DnaA  31.82 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2993  DNA replication initiation factor  29.69 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.553291  hitchhiker  0.00574523 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4050  DNA replication initiation factor  29.17 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1668  DNA replication initiation factor  29.17 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1266  DNA replication initiation factor  29.69 
 
 		 235 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2313  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  29.67 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593318 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1703  DnaA family protein  28.27 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822266  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3686  DNA replication initiation factor  28.27 
 
 		 261 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.504254  decreased coverage  0.00028544 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02244  hypothetical protein  33.51 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.523249  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36850  DNA replication initiation factor  28.06 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1226  DNA replication initiation factor  27.6 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.996427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0556  DnaA regulatory inactivator Hda  29.05 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.842862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4562  DNA replication initiation factor  26.53 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52010  DNA replication initiation factor  26.53 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183499 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1636  DNA replication initiation factor  25.65 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.118213  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2760  DnaA regulatory inactivator Hda  27.38 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.264354  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2522  DnaA domain-containing protein  27.84 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1647  hypothetical protein  32.02 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.227108  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1717  hypothetical protein  34.55 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.308602  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0949  chromosomal replication initiator, DnaA  30.43 
 
 		 232 aa  55.8  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2320  chromosomal replication initiator, DnaA  26.72 
 
 		 236 aa  52.4  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.107711  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0972  hypothetical protein  29.79 
 
 		 235 aa  52.4  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0672625 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  26.98 
 
 		 233 aa  51.6  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.778074  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2717  hypothetical protein  22.43 
 
 		 230 aa  50.8  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2848  hypothetical protein  21.96 
 
 		 230 aa  50.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2174  Chromosomal replication initiator DnaA  25.64 
 
 		 229 aa  50.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0896  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  25.13 
 
 		 239 aa  48.9  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000881745 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2110  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  24.62 
 
 		 232 aa  47.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.519557  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0518  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  27.96 
 
 		 245 aa  47.4  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.670919 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0673  DnaA regulatory inactivator Hda  25.89 
 
 		 225 aa  46.6  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02146  Chromosomal replication initiator, DnaA like protein to DnaA protein Hda  24.61 
 
 		 245 aa  46.2  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0119761  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2877  DNA replication initiation factor  24.6 
 
 		 236 aa  45.8  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1938  chromosomal replication initiation protein  24.03 
 
 		 473 aa  45.8  0.0006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1576  DNA replication initiation factor  23.41 
 
 		 236 aa  45.4  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.840172  normal  0.181958 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1651  DNA replication initiation factor  23.41 
 
 		 236 aa  45.4  0.0008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0364353  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1643  DNA replication initiation factor  23.41 
 
 		 236 aa  45.4  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135541  normal  0.709105 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1187  chromosomal replication initiator protein DnaA  23.48 
 
 		 232 aa  44.7  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2775  DnaA regulatory inactivator Hda  23.85 
 
 		 235 aa  45.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00936325  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0929  Chromosomal replication initiator DnaA  25 
 
 		 234 aa  44.7  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6289100000000002e-24 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1643  DNA replication initiation factor  23.89 
 
 		 236 aa  44.7  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.112989  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08301  chromosomal replication initiation protein  24.71 
 
 		 463 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05681  chromosomal replication initiation protein  25.65 
 
 		 454 aa  43.9  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.263255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1763  chromosomal replication initiator, DnaA  24.8 
 
 		 251 aa  44.3  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1343  DNA replication initiation factor  21.01 
 
 		 231 aa  43.1  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000127246  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3317  Chromosomal replication initiator DnaA  23.28 
 
 		 234 aa  42.7  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.159079  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0973  chromosomal replication initiation protein  25.86 
 
 		 450 aa  43.1  0.004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0886  chromosomal replication initiation protein  25.86 
 
 		 462 aa  43.1  0.004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06201  chromosomal replication initiation protein  25.86 
 
 		 464 aa  42.4  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2487  chromosomal replication initiator, DnaA  23.21 
 
 		 237 aa  42.4  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0001  chromosomal replication initiation protein  25.86 
 
 		 466 aa  42.4  0.006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  21.36 
 
 		 451 aa  42.4  0.007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  21.76 
 
 		 244 aa  41.6  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.676526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1838  DNA replication initiation factor  24.09 
 
 		 236 aa  41.6  0.01  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0197732  normal  0.185347 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>