162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2066 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2066  chromosomal replication initiator DnaA  100 
 
 		 252 aa  490  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.214725  normal  0.109962 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2340  chromosomal replication initiator DnaA  98.81 
 
 		 252 aa  486  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2026  chromosomal replication initiator DnaA  91.27 
 
 		 252 aa  441  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.613921 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0493  chromosomal replication initiator DnaA  72.57 
 
 		 236 aa  318  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.947909 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5544  Chromosomal replication initiator DnaA  65.07 
 
 		 233 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.344877  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5161  chromosomal replication initiator DnaA  67.14 
 
 		 233 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189025  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1298  chromosomal replication initiator DnaA  54.63 
 
 		 232 aa  228  6e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.656707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3328  chromosomal replication initiator DnaA  48.85 
 
 		 226 aa  186  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.217233 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2491  hypothetical protein  51.15 
 
 		 225 aa  184  9e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1595  hypothetical protein  47.25 
 
 		 226 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.772855  normal  0.895156 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2953  hypothetical protein  50.23 
 
 		 225 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.767338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2328  hypothetical protein  49.3 
 
 		 225 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.725633  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2116  hypothetical protein  47.47 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178946  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0960  chromosomal replication initiator DnaA  50.68 
 
 		 240 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545818 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3459  hypothetical protein  47.47 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.342495  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3850  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  47.25 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1578  hypothetical protein  46.75 
 
 		 240 aa  172  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1963  hypothetical protein  42.48 
 
 		 233 aa  171  9e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.60365  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0780  hypothetical protein  45.62 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2436  chromosomal replication initiator, DnaA  45.16 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.192857  normal  0.0248561 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0399  chromosomal replication initiator, DnaA  45.16 
 
 		 226 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1301  hypothetical protein  45.13 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2163  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  45.02 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0741  chromosomal replication initiator  44.74 
 
 		 229 aa  155  7e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0767  hypothetical protein  39.37 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.290925  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3128  chromosomal replication initiator, DnaA  47.92 
 
 		 244 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2574  hypothetical protein  41.23 
 
 		 232 aa  145  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.237947  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1856  chromosomal replication initiator, DnaA  41.23 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1243  hypothetical protein  40.87 
 
 		 237 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519731 
 
 
-
 
NC_004310  BR0714  hypothetical protein  39.11 
 
 		 231 aa  143  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0704  hypothetical protein  39.11 
 
 		 231 aa  143  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1097  hypothetical protein  39.83 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682331  hitchhiker  0.0058137 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1057  chromosomal replication initiator, DnaA  39.9 
 
 		 233 aa  139  6e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.876262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0794  hypothetical protein  39.27 
 
 		 229 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.482692  normal  0.823382 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  41.47 
 
 		 230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000767913 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0234  Chromosomal replication initiator DnaA  36.17 
 
 		 255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.328528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0193  chromosomal DNA replication initiator-related protein  27.35 
 
 		 218 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0913  hypothetical protein  28.18 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2552  DnaA-related protein  38.24 
 
 		 233 aa  103  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.142763  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1146  chromosomal DNA replication initiator-related protein  27.67 
 
 		 211 aa  102  5e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.000163537  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0190  hypothetical protein  33.5 
 
 		 223 aa  95.1  1e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0036  DNA replication initiation ATPase  35.71 
 
 		 207 aa  93.2  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1755  DNA replication initiation ATPase  30.62 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0594787  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2535  DNA replication initiation ATPase-like protein  33.64 
 
 		 247 aa  74.7  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02244  hypothetical protein  36.6 
 
 		 233 aa  72.8  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.523249  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0747  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  28.81 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0524633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3317  Chromosomal replication initiator DnaA  26.11 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.159079  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0929  Chromosomal replication initiator DnaA  25.66 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6289100000000002e-24 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2760  DnaA regulatory inactivator Hda  35.29 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.264354  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0901  ATPase  32.18 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1187  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.58 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2313  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  29.6 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593318 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0707  chromosomal replication initiator, DnaA  29.63 
 
 		 241 aa  67.8  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1078  chromosomal replication initiator protein DnaA, truncation  26.14 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.648855  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  28.27 
 
 		 233 aa  62.8  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.778074  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1647  hypothetical protein  32.35 
 
 		 233 aa  62  0.000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.227108  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0556  DnaA regulatory inactivator Hda  32.8 
 
 		 243 aa  61.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.842862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1412  chromosomal replication initiator, DnaA  23.75 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000188558  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1717  hypothetical protein  32.35 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.308602  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0673  DnaA regulatory inactivator Hda  28.76 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  25.22 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.676526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0276  DnaA regulatory inactivator Hda  25.22 
 
 		 261 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0760  DnaA regulatory inactivator Hda  25.22 
 
 		 261 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0972  hypothetical protein  30.13 
 
 		 235 aa  57  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0672625 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2056  chromosomal replication initiation protein  23.61 
 
 		 436 aa  57  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2717  hypothetical protein  26.43 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3847  DnaA regulatory inactivator Hda  24.34 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36850  DNA replication initiation factor  28.49 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0654  DnaA regulatory inactivator Hda  24.78 
 
 		 318 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0679  DnaA regulatory inactivator Hda  24.78 
 
 		 318 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.525991  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2522  DnaA domain-containing protein  26.87 
 
 		 232 aa  55.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1636  DNA replication initiation factor  27.46 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.118213  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1668  DNA replication initiation factor  27.46 
 
 		 235 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  22.69 
 
 		 441 aa  54.3  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00105638  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0001  chromosomal replication initiation protein  22.02 
 
 		 491 aa  54.3  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0001  chromosomal replication initiation protein  21.56 
 
 		 490 aa  53.9  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4050  DNA replication initiation factor  27.46 
 
 		 235 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1703  DnaA family protein  25.91 
 
 		 234 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822266  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3686  DNA replication initiation factor  25.91 
 
 		 261 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.504254  decreased coverage  0.00028544 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  29.26 
 
 		 233 aa  53.5  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2848  hypothetical protein  25.99 
 
 		 230 aa  53.1  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52010  DNA replication initiation factor  27.46 
 
 		 234 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4562  DNA replication initiation factor  27.46 
 
 		 234 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3180  DnaA regulatory inactivator Hda  28.82 
 
 		 230 aa  52.8  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1226  DNA replication initiation factor  26.42 
 
 		 235 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.996427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2320  chromosomal replication initiator, DnaA  27.35 
 
 		 236 aa  52.8  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.107711  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1266  DNA replication initiation factor  27.98 
 
 		 235 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0001  chromosomal replication initiation protein  20.45 
 
 		 492 aa  52.8  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.943807  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0001  chromosomal replication initiation protein  21.36 
 
 		 491 aa  52.8  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.96301  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  25.7 
 
 		 436 aa  52  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2993  DNA replication initiation factor  27.46 
 
 		 234 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.553291  hitchhiker  0.00574523 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2489  DnaA regulatory inactivator Hda  27.27 
 
 		 257 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0001  chromosomal replication initiation protein  21.56 
 
 		 487 aa  50.4  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00605191  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3312  DnaA regulatory inactivator Hda  27.98 
 
 		 332 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1853  chromosomal replication initiation protein  22.32 
 
 		 436 aa  50.4  0.00003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3194  hypothetical protein  26.5 
 
 		 235 aa  49.7  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.158271  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2318  DnaA regulatory inactivator Hda  28.39 
 
 		 241 aa  49.7  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2133  chromosomal replication initiation protein  21.1 
 
 		 489 aa  50.1  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.00000000845727  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3302  DnaA regulatory inactivator Hda  28.39 
 
 		 241 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.06436  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2197  DnaA regulatory inactivator Hda  28.39 
 
 		 241 aa  49.7  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.369368  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>