117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2953 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2953  hypothetical protein  100 
 
 		 225 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.767338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2491  hypothetical protein  93.78 
 
 		 225 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3459  hypothetical protein  84.44 
 
 		 225 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.342495  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2328  hypothetical protein  79.46 
 
 		 225 aa  359  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.725633  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2116  hypothetical protein  75 
 
 		 226 aa  334  5e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178946  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1595  hypothetical protein  73.54 
 
 		 226 aa  318  3e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.772855  normal  0.895156 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3850  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  70.85 
 
 		 228 aa  314  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3128  chromosomal replication initiator, DnaA  56.62 
 
 		 244 aa  204  9e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0493  chromosomal replication initiator DnaA  50.92 
 
 		 236 aa  191  7e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.947909 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3328  chromosomal replication initiator DnaA  48.62 
 
 		 226 aa  191  8e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.217233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5161  chromosomal replication initiator DnaA  50.95 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189025  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5544  Chromosomal replication initiator DnaA  50.23 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.344877  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1963  hypothetical protein  45.74 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.60365  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2026  chromosomal replication initiator DnaA  50.69 
 
 		 252 aa  185  4e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.613921 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2340  chromosomal replication initiator DnaA  50.23 
 
 		 252 aa  182  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2066  chromosomal replication initiator DnaA  50.23 
 
 		 252 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.214725  normal  0.109962 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0399  chromosomal replication initiator, DnaA  49.31 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0780  hypothetical protein  49.31 
 
 		 226 aa  175  6e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2436  chromosomal replication initiator, DnaA  49.31 
 
 		 226 aa  174  8e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.192857  normal  0.0248561 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1578  hypothetical protein  42.99 
 
 		 240 aa  168  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1097  hypothetical protein  43.52 
 
 		 237 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682331  hitchhiker  0.0058137 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1243  hypothetical protein  43.98 
 
 		 237 aa  166  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519731 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0794  hypothetical protein  43.98 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.482692  normal  0.823382 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2574  hypothetical protein  41.48 
 
 		 232 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.237947  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1298  chromosomal replication initiator DnaA  43.32 
 
 		 232 aa  166  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.656707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1856  chromosomal replication initiator, DnaA  42.73 
 
 		 225 aa  164  9e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0714  hypothetical protein  40 
 
 		 231 aa  162  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0704  hypothetical protein  40 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0960  chromosomal replication initiator DnaA  46.98 
 
 		 240 aa  152  5e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545818 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2163  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  42.27 
 
 		 228 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0767  hypothetical protein  35.32 
 
 		 229 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.290925  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1301  hypothetical protein  43.38 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0741  chromosomal replication initiator  44.84 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  41.63 
 
 		 230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000767913 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1057  chromosomal replication initiator, DnaA  37.2 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.876262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0234  Chromosomal replication initiator DnaA  38.46 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.328528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2552  DnaA-related protein  39.91 
 
 		 233 aa  115  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.142763  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1146  chromosomal DNA replication initiator-related protein  29.36 
 
 		 211 aa  109  4.0000000000000004e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.000163537  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2535  DNA replication initiation ATPase-like protein  38.64 
 
 		 247 aa  98.2  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0913  hypothetical protein  25.68 
 
 		 218 aa  96.7  2e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0193  chromosomal DNA replication initiator-related protein  25.45 
 
 		 218 aa  96.7  3e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0036  DNA replication initiation ATPase  32.24 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1755  DNA replication initiation ATPase  31.39 
 
 		 220 aa  93.2  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0594787  normal  0.254174 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0901  ATPase  29.86 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0190  hypothetical protein  29.27 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2313  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  28.57 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593318 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2717  hypothetical protein  27.95 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3317  Chromosomal replication initiator DnaA  27.71 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.159079  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2848  hypothetical protein  27.51 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0707  chromosomal replication initiator, DnaA  28.63 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0929  Chromosomal replication initiator DnaA  28.21 
 
 		 234 aa  61.6  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6289100000000002e-24 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2993  DNA replication initiation factor  29.36 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.553291  hitchhiker  0.00574523 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3686  DNA replication initiation factor  31.67 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.504254  decreased coverage  0.00028544 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0673  DnaA regulatory inactivator Hda  32.8 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02244  hypothetical protein  32.46 
 
 		 233 aa  60.1  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.523249  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2174  Chromosomal replication initiator DnaA  27.71 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2320  chromosomal replication initiator, DnaA  31.11 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.107711  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  29.91 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0556  DnaA regulatory inactivator Hda  31.65 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.842862  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1668  DNA replication initiation factor  30.48 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1703  DnaA family protein  30.25 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822266  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4050  DNA replication initiation factor  30.48 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1266  DNA replication initiation factor  30.48 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1226  DNA replication initiation factor  29.86 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.996427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3022  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  30 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.929627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  28.44 
 
 		 233 aa  55.8  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.778074  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1636  DNA replication initiation factor  28.51 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.118213  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36850  DNA replication initiation factor  31.06 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1854  putative DnaA family protein  28.72 
 
 		 270 aa  53.9  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00022151  normal  0.136094 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1717  hypothetical protein  31.41 
 
 		 233 aa  53.1  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.308602  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0747  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  26.97 
 
 		 243 aa  52.8  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0524633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1647  hypothetical protein  31.35 
 
 		 233 aa  52.8  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.227108  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1622  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  27.05 
 
 		 270 aa  52.8  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000450483  normal  0.228379 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52010  DNA replication initiation factor  26.81 
 
 		 234 aa  52  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183499 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2993  chromosomal replication initiator, DnaA  26.89 
 
 		 235 aa  52  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  0.45952 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4562  DNA replication initiation factor  26.81 
 
 		 234 aa  52  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3194  hypothetical protein  25.55 
 
 		 235 aa  52  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.158271  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1763  chromosomal replication initiator, DnaA  25.81 
 
 		 251 aa  51.6  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1078  chromosomal replication initiator protein DnaA, truncation  26.89 
 
 		 258 aa  50.1  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.648855  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0518  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  27.27 
 
 		 245 aa  50.8  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.670919 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2760  DnaA regulatory inactivator Hda  26.55 
 
 		 230 aa  50.1  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.264354  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1971  chromosomal replication initiator, DnaA  25.61 
 
 		 236 aa  49.7  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0204012 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1412  chromosomal replication initiator, DnaA  25.83 
 
 		 241 aa  48.5  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000188558  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0222  hypothetical protein  26.97 
 
 		 217 aa  47.8  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0660424 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0972  hypothetical protein  32.82 
 
 		 235 aa  48.1  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0672625 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1187  chromosomal replication initiator protein DnaA  24.67 
 
 		 232 aa  47.4  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  26.67 
 
 		 453 aa  47.4  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  26.67 
 
 		 453 aa  47.4  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  26.67 
 
 		 451 aa  46.6  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0267  DnaA-related protein  25.33 
 
 		 260 aa  46.2  0.0004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1926  DnaA-homolog protein Hda  25.33 
 
 		 237 aa  46.2  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3564  chromosomal replication initiator, DnaA  28.32 
 
 		 228 aa  45.8  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1478  Chromosomal replication initiator DnaA  26.51 
 
 		 251 aa  46.2  0.0005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2110  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  30.17 
 
 		 232 aa  45.4  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.519557  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2775  DnaA regulatory inactivator Hda  23.4 
 
 		 235 aa  45.4  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00936325  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3008  chromosomal replication initiation protein  22.22 
 
 		 471 aa  45.1  0.0008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0896  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  23.18 
 
 		 239 aa  45.1  0.0009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000881745 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3180  DnaA regulatory inactivator Hda  30 
 
 		 230 aa  45.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0654  DnaA regulatory inactivator Hda  25.54 
 
 		 318 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0679  DnaA regulatory inactivator Hda  25.54 
 
 		 318 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.525991  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>