More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0001 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
467 aa  740    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  77 
 
 
467 aa  740    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  77.64 
 
 
465 aa  734    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  76.51 
 
 
450 aa  713    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  75.53 
 
 
459 aa  726    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
467 aa  740    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  75.9 
 
 
468 aa  722    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  71.7 
 
 
461 aa  693    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
460 aa  729    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
467 aa  741    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  76.47 
 
 
466 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  77.22 
 
 
467 aa  742    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  76.47 
 
 
466 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  76.47 
 
 
466 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
462 aa  733    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  76.84 
 
 
468 aa  716    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000552796  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  76.42 
 
 
468 aa  717    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  76.47 
 
 
466 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  77 
 
 
467 aa  740    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00002  Chromosomal replication initiator protein dnaA  79.76 
 
 
533 aa  655    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000917685  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
467 aa  741    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
462 aa  733    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  76.42 
 
 
461 aa  732    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  77.38 
 
 
472 aa  737    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  77.47 
 
 
465 aa  736    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  76.58 
 
 
462 aa  730    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  76.16 
 
 
457 aa  719    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000224276  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  76.47 
 
 
466 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
462 aa  733    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  76.42 
 
 
483 aa  732    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000328329  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
467 aa  740    Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  100 
 
 
474 aa  981    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
462 aa  737    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  unclonable  0.0000000118337 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  76.84 
 
 
461 aa  730    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  76.58 
 
 
460 aa  731    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
460 aa  734    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
461 aa  730    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
467 aa  740    Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
462 aa  733    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  76.58 
 
 
464 aa  727    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  77 
 
 
462 aa  728    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
462 aa  738    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  77 
 
 
460 aa  734    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  76.37 
 
 
462 aa  729    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  76.58 
 
 
463 aa  730    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  76.37 
 
 
462 aa  729    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  65.12 
 
 
451 aa  627  1e-179  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000764641  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  63.84 
 
 
478 aa  625  1e-178  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  64.83 
 
 
455 aa  625  1e-178  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  62.35 
 
 
495 aa  623  1e-177  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  61.9 
 
 
494 aa  618  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  64.54 
 
 
452 aa  616  1e-175  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  64.54 
 
 
452 aa  616  1e-175  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  63.08 
 
 
451 aa  613  9.999999999999999e-175  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123931  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0001  chromosomal replication initiation protein  60.47 
 
 
507 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00366311  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  63.08 
 
 
451 aa  613  9.999999999999999e-175  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0001  chromosomal replication initiation protein  60.31 
 
 
511 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.424003  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0001  chromosomal replication initiation protein  60.5 
 
 
512 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0003  chromosomal replication initiation protein  59.8 
 
 
510 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  63 
 
 
449 aa  607  9.999999999999999e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0010  chromosomal replication initiation protein  60.12 
 
 
506 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645293  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  59.8 
 
 
511 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0001  chromosomal replication initiation protein  60.24 
 
 
505 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390724  normal  0.0464489 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  62.53 
 
 
455 aa  599  1e-170  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.738178 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  59.11 
 
 
516 aa  596  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000003522  unclonable  0.00000000000722922 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  59 
 
 
524 aa  591  1e-167  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  60.04 
 
 
442 aa  578  1e-164  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0001  chromosomal replication initiation protein  60.62 
 
 
487 aa  577  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000189853  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  58.65 
 
 
467 aa  562  1.0000000000000001e-159  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000009849  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00010  chromosomal replication initiation protein  74.44 
 
 
514 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.373198  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0001  chromosomal replication initiation protein  72.65 
 
 
511 aa  557  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  59.28 
 
 
469 aa  557  1e-157  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0001  chromosomal replication initiator protein, DnaA  59.83 
 
 
449 aa  553  1e-156  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0136  chromosomal replication initiation protein  56.87 
 
 
452 aa  551  1e-156  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000582235  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3714  chromosomal replication initiator protein DnaA  54.72 
 
 
458 aa  526  1e-148  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0883513  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.17 
 
 
470 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000133107  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.49 
 
 
452 aa  504  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000132407  decreased coverage  0.000453889 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3309  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.49 
 
 
452 aa  504  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0001  chromosomal replication initiation protein  52.21 
 
 
476 aa  501  1e-140  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00109258  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03483  chromosomal replication initiation protein  50.84 
 
 
442 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.37 
 
 
457 aa  482  1e-135  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0001  chromosomal replication initiation protein  48.18 
 
 
500 aa  480  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0001  chromosomal replication initiation protein  49.9 
 
 
465 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000010295  decreased coverage  0.002869 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0001  chromosomal replication initiation protein  51.48 
 
 
443 aa  465  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0001  chromosomal replication initiation protein  48.84 
 
 
475 aa  464  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.738182  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0001  chromosomal replication initiation protein  48.63 
 
 
473 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0001  chromosomal replication initiation protein  45.63 
 
 
529 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0001  chromosomal replication initiation protein  48.94 
 
 
464 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.789649 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0001  chromosomal replication initiation protein  47.9 
 
 
468 aa  461  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0688864  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0001  chromosomal replication initiation protein  45.42 
 
 
529 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4144  chromosomal replication initiation protein  48.63 
 
 
473 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.274258 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3442  chromosomal replication initiation protein  45.37 
 
 
522 aa  456  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.807856  normal  0.719643 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0089  chromosomal replication initiation protein  45.83 
 
 
533 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0301  chromosomal replication initiation protein  45.83 
 
 
533 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  49.03 
 
 
475 aa  457  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0103  chromosomal replication initiation protein  45.83 
 
 
533 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2848  chromosomal replication initiation protein  45.83 
 
 
533 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2237  chromosomal replication initiation protein  45.83 
 
 
533 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0001  chromosomal replication initiation protein  46.73 
 
 
525 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0001  chromosomal replication initiation protein  46.73 
 
 
525 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.54964 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>