More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_0136 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_0136  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 
452 aa  943    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000582235  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  61.42 
 
 
467 aa  588  1e-167  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  61.42 
 
 
467 aa  588  1e-167  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  61.85 
 
 
467 aa  588  1e-167  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  61.42 
 
 
467 aa  588  1e-167  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  61.42 
 
 
467 aa  589  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  61.42 
 
 
467 aa  588  1e-167  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  61.42 
 
 
467 aa  588  1e-167  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  61.42 
 
 
467 aa  588  1e-167  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  61.77 
 
 
466 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  61.21 
 
 
467 aa  585  1e-166  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  61.56 
 
 
466 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  61.97 
 
 
483 aa  587  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000328329  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  61.56 
 
 
466 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  61.56 
 
 
466 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  61.56 
 
 
466 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  60.61 
 
 
465 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  60.52 
 
 
464 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  61.42 
 
 
463 aa  582  1.0000000000000001e-165  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  61.66 
 
 
462 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  61.22 
 
 
462 aa  579  1e-164  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  61.22 
 
 
462 aa  579  1e-164  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  60.39 
 
 
465 aa  579  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  60.18 
 
 
460 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  59.91 
 
 
462 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  59.91 
 
 
462 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  59.83 
 
 
461 aa  578  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  59.91 
 
 
462 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  60.39 
 
 
460 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  60.39 
 
 
460 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  60.39 
 
 
460 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  59.91 
 
 
462 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  59.26 
 
 
459 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  60.13 
 
 
457 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000224276  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  59.04 
 
 
462 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  60.04 
 
 
461 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  59.39 
 
 
461 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  59.48 
 
 
462 aa  571  1e-161  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  59.13 
 
 
462 aa  568  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  unclonable  0.0000000118337 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  59.78 
 
 
472 aa  568  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  61.33 
 
 
450 aa  566  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  59.11 
 
 
452 aa  559  1e-158  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  59.11 
 
 
452 aa  559  1e-158  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  59.62 
 
 
468 aa  555  1e-157  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  59.87 
 
 
461 aa  556  1e-157  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  59.83 
 
 
468 aa  556  1e-157  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000552796  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  59.01 
 
 
468 aa  554  1e-156  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.87 
 
 
474 aa  551  1e-156  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  57.05 
 
 
455 aa  537  1e-151  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  54.43 
 
 
478 aa  521  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  52.85 
 
 
495 aa  520  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  55.33 
 
 
451 aa  521  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000764641  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  55.43 
 
 
451 aa  514  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123931  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  55.43 
 
 
451 aa  514  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00002  Chromosomal replication initiator protein dnaA  70.23 
 
 
533 aa  514  1e-144  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000917685  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.48 
 
 
455 aa  512  1e-144  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.738178 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  55.38 
 
 
449 aa  511  1e-144  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3714  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.83 
 
 
458 aa  502  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0883513  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  52 
 
 
442 aa  495  1e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0001  chromosomal replication initiation protein  62.8 
 
 
512 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  64.85 
 
 
494 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.06 
 
 
469 aa  493  9.999999999999999e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0001  chromosomal replication initiation protein  52.06 
 
 
487 aa  491  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000189853  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00010  chromosomal replication initiation protein  67.94 
 
 
514 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.373198  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0010  chromosomal replication initiation protein  67.06 
 
 
506 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645293  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  63.11 
 
 
511 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0001  chromosomal replication initiation protein  63.11 
 
 
511 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0001  chromosomal replication initiation protein  67.06 
 
 
507 aa  487  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00366311  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0003  chromosomal replication initiation protein  67.06 
 
 
510 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0001  chromosomal replication initiation protein  64.33 
 
 
511 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.424003  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0001  chromosomal replication initiation protein  67.06 
 
 
505 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390724  normal  0.0464489 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0001  chromosomal replication initiator protein, DnaA  51.87 
 
 
449 aa  478  1e-134  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  50.97 
 
 
467 aa  474  1e-132  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000009849  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  65.79 
 
 
516 aa  472  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000003522  unclonable  0.00000000000722922 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  64.71 
 
 
524 aa  468  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.79 
 
 
452 aa  457  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000132407  decreased coverage  0.000453889 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3309  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.79 
 
 
452 aa  457  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03483  chromosomal replication initiation protein  49.21 
 
 
442 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  47.42 
 
 
470 aa  451  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000133107  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0001  chromosomal replication initiation protein  46.6 
 
 
476 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00109258  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0001  chromosomal replication initiation protein  51.69 
 
 
443 aa  444  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  46.98 
 
 
457 aa  427  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0001  chromosomal replication initiation protein  51.22 
 
 
443 aa  425  1e-118  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0269853  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0001  chromosomal replication initiation protein  50.78 
 
 
443 aa  421  1e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0296464  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  45.85 
 
 
475 aa  414  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0001  chromosomal replication initiation protein  45.81 
 
 
465 aa  410  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000010295  decreased coverage  0.002869 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0001  chromosomal replication initiation protein  58.28 
 
 
529 aa  408  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0001  chromosomal replication initiation protein  45.05 
 
 
468 aa  407  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0688864  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3442  chromosomal replication initiation protein  57.99 
 
 
522 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.807856  normal  0.719643 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0001  chromosomal replication initiation protein  58.28 
 
 
529 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0001  chromosomal replication initiation protein  54.92 
 
 
579 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  45.83 
 
 
474 aa  401  9.999999999999999e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0537995  normal  0.168321 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0001  chromosomal replication initiation protein  55.71 
 
 
518 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0001  chromosomal replication initiation protein  57.99 
 
 
584 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293288  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0001  chromosomal replication initiation protein  44.05 
 
 
464 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.789649 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4117  chromosomal replication initiation protein  46.24 
 
 
465 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931933  normal  0.0270955 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3239  chromosomal replication initiation protein  55.43 
 
 
536 aa  396  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.457996  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2848  chromosomal replication initiation protein  55.71 
 
 
533 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2237  chromosomal replication initiation protein  55.71 
 
 
533 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0001  chromosomal replication initiation protein  44.01 
 
 
473 aa  395  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>