81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3788 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1641  transcription factor jumonji  82.04 
 
 		 373 aa  636    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3788  transcription factor jumonji domain-containing protein  100 
 
 		 373 aa  768    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3547  transcription factor jumonji domain-containing protein  75.8 
 
 		 376 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.717668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1843  transcription factor jumonji, jmjC  75.6 
 
 		 376 aa  580  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.413035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25410  JmjC-domain protein  66.4 
 
 		 375 aa  515  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1301  Transcription factor jumonji  30.47 
 
 		 402 aa  149  8e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.140521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5761  transcription factor jumonji jmjC domain protein  27.24 
 
 		 267 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1814  hypothetical protein  32.34 
 
 		 353 aa  94.4  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13914  predicted protein  28.34 
 
 		 508 aa  79.3  0.0000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0453978  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39523  predicted protein  28.89 
 
 		 235 aa  75.9  0.000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0537777  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_37877  predicted protein  30.86 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.11402  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4326  hypothetical protein  25.5 
 
 		 338 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0394  transcription factor jumonji jmjC domain protein  26.69 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0113  transcription factor jumonji domain-containing protein  35.09 
 
 		 332 aa  72  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02201  pass1 domain protein  39.34 
 
 		 348 aa  64.3  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3029  transcription factor jumonji domain-containing protein  35.16 
 
 		 279 aa  63.9  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0802  transcription factor jumonji domain-containing protein  22.22 
 
 		 288 aa  62.4  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0457  transcription factor jumonji domain-containing protein  34.13 
 
 		 281 aa  62.4  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.822496 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2829  Pass1-related protein  23.36 
 
 		 356 aa  61.6  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.960611  hitchhiker  0.00121107 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0224  JmjC domain-containing protein  26.07 
 
 		 353 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000739958  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2148  JmjC domain-containing protein  26.07 
 
 		 353 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000110668  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1563  JmjC domain-containing protein  26.07 
 
 		 353 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100796  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1992  JmjC domain-containing protein  26.5 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.926976  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3735  PASS1 domain-containing protein  24.71 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1121  JmjC domain-containing protein  26.07 
 
 		 353 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000573239  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2012  JmjC domain-containing protein  26.5 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_18023  predicted protein  34.48 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.150148 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1617  JmjC domain-containing protein  24.08 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148097  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0664  JmjC domain-containing protein  24.08 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.544453  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0552  JmjC domain-containing protein  24.08 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27446  predicted protein  34.48 
 
 		 175 aa  57.4  0.0000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0257366 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0793  JmjC domain-containing protein  24.08 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.972855  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35781  predicted protein  25.9 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0936  JmjC domain-containing protein  26.07 
 
 		 294 aa  57  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0374685  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2065  JmjC domain-containing protein  24.08 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0481  JmjC domain-containing protein  24.08 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0632946  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2409  hypothetical protein  26.38 
 
 		 344 aa  56.6  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00000000110953  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1970  JmjC domain-containing protein  24.08 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02803  pass1 domain protein  28.86 
 
 		 337 aa  55.5  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2065  PASs1-related protein  23.58 
 
 		 338 aa  55.8  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.018525  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03820  jmjC domain protein  23.38 
 
 		 292 aa  55.1  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4653  transcription factor jumonji jmjC domain protein  24.89 
 
 		 284 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.538116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1852  transcription factor jumonji domain-containing protein  24.22 
 
 		 343 aa  54.7  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.829318 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0373  hypothetical protein  23.98 
 
 		 293 aa  53.9  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.816568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1400  Pass1-related protein  26.14 
 
 		 317 aa  53.1  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0012865 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10542  JmjC domain protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06210)  30.47 
 
 		 320 aa  52.8  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43557  predicted protein  26.45 
 
 		 418 aa  52  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12370  predicted protein  23.75 
 
 		 308 aa  52  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.466679 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1122  transcription factor jumonji domain-containing protein  27.8 
 
 		 339 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1845  transcription factor jumonji domain-containing protein  24 
 
 		 334 aa  50.4  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0719587  normal  0.0313082 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1103  Pass1-related protein  34.75 
 
 		 335 aa  50.4  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0733  Sterol-binding domain protein  34.09 
 
 		 116 aa  50.1  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1939  sterol-binding  31.31 
 
 		 105 aa  49.7  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.530915  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1621  Sterol-binding domain protein  35.71 
 
 		 110 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0522723  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1606  hypothetical protein  26.03 
 
 		 338 aa  48.9  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3180  transcription factor jumonji jmjC domain protein  27.35 
 
 		 339 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0362336 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1526  Sterol-binding domain protein  35.71 
 
 		 110 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1210  transcription factor jumonji domain-containing protein  27.8 
 
 		 339 aa  48.9  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.364653  normal  0.625502 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2742  transcription factor jumonji domain-containing protein  25.58 
 
 		 345 aa  48.5  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.86444  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00888  JmjC domain protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G15510)  24.56 
 
 		 568 aa  48.5  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02690  hypothetical protein  22.78 
 
 		 294 aa  48.1  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.171579  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4288  transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase  24.66 
 
 		 343 aa  48.1  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_42117  predicted protein  25.38 
 
 		 446 aa  47.8  0.0003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0484588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2343  putative sterol carrier protein  35.37 
 
 		 110 aa  47.4  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.606511  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0372  hypothetical protein  31.58 
 
 		 293 aa  47  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1177  transcription factor jumonji domain-containing protein  34.95 
 
 		 339 aa  46.6  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3091  hypothetical protein  22.37 
 
 		 291 aa  45.4  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.855499  normal  0.0356785 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_93062  predicted protein  28 
 
 		 252 aa  45.8  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.511248  normal  0.323851 
 
 
-
 
NC_006694  CNI01560  sterol-binding protein  31.17 
 
 		 138 aa  45.4  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2875  cupin 4 family protein  29.76 
 
 		 384 aa  45.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.996313  normal  0.0729467 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_24412  predicted protein  28.21 
 
 		 563 aa  45.1  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00369608  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_86569  predicted protein  24.82 
 
 		 364 aa  45.4  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1310  transcription factor jumonji domain-containing protein  35.58 
 
 		 339 aa  45.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2881  amidohydrolase  24.12 
 
 		 819 aa  44.3  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.103192 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05484  lipid transfer protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G13280)  28.57 
 
 		 129 aa  44.7  0.003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1737  hypothetical protein  26.37 
 
 		 316 aa  43.9  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1531  sterol-binding domain-containing protein  27.45 
 
 		 104 aa  43.5  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00600993  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1737  hypothetical protein  26.37 
 
 		 316 aa  43.5  0.006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1141  transcription factor jumonji domain-containing protein  24.55 
 
 		 338 aa  43.1  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1531  sterol-binding domain-containing protein  34.15 
 
 		 111 aa  42.7  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.642179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0960  transcription factor jumonji jmjC domain protein  25.93 
 
 		 392 aa  42.7  0.009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>