More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1374 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
372 aa  770    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506617 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1981  WbjC  67.21 
 
 
373 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.08 
 
 
383 aa  513  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3802  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.4 
 
 
375 aa  506  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.7 
 
 
367 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143013  normal  0.194371 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1693  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.23 
 
 
396 aa  365  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1622  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.35 
 
 
374 aa  360  2e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5443  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.8 
 
 
369 aa  355  7.999999999999999e-97  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3032  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.12 
 
 
369 aa  354  2e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.6 
 
 
369 aa  349  5e-95  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0559  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.55 
 
 
372 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0160035  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.05 
 
 
369 aa  305  7e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0140  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.05 
 
 
369 aa  305  7e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 
372 aa  215  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0951736  normal  0.0534111 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
372 aa  211  2e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18630  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.92 
 
 
381 aa  209  6e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.51 
 
 
364 aa  189  7e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
318 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  29.6 
 
 
324 aa  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.13 
 
 
321 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.13 
 
 
321 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.13 
 
 
321 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  27.13 
 
 
321 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.13 
 
 
321 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.13 
 
 
321 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.13 
 
 
321 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.83 
 
 
315 aa  63.5  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.29 
 
 
281 aa  63.2  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0225  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.68 
 
 
330 aa  63.2  0.000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  27.52 
 
 
332 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.32 
 
 
313 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101003  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 
310 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
331 aa  60.1  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
327 aa  60.1  0.00000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 
310 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.73 
 
 
335 aa  58.9  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.27 
 
 
303 aa  59.3  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1672  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.51 
 
 
346 aa  58.9  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 
310 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  25.47 
 
 
306 aa  58.9  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.11 
 
 
317 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.88 
 
 
349 aa  57.8  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
318 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2948  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
318 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.564869 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0764  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
332 aa  57.8  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.9 
 
 
310 aa  57.4  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 
298 aa  57  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
318 aa  57  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.91 
 
 
320 aa  57  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.38 
 
 
309 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.46 
 
 
348 aa  56.2  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0212169 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.14 
 
 
320 aa  56.2  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2403  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5 epimerase  28.57 
 
 
158 aa  55.5  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.930193  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.1 
 
 
313 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.376158  normal  0.0242286 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
329 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0634  dTDP-glucose 4,6-dehydratase related protein  26.69 
 
 
305 aa  55.5  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
321 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.76 
 
 
308 aa  55.8  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 
320 aa  55.1  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.73 
 
 
336 aa  55.5  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
328 aa  55.1  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  27.51 
 
 
323 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
327 aa  55.1  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  26.77 
 
 
323 aa  54.3  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  26.77 
 
 
323 aa  54.3  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  26.77 
 
 
323 aa  54.3  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.77 
 
 
323 aa  54.3  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4509  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
325 aa  53.9  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.75 
 
 
308 aa  53.1  0.000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1566  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
319 aa  53.1  0.000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13324  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.49 
 
 
319 aa  53.1  0.000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  decreased coverage  0.00880027  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.82 
 
 
307 aa  52.8  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
313 aa  52.4  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.77 
 
 
334 aa  52.4  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0892  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.97 
 
 
324 aa  51.6  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.46 
 
 
316 aa  52  0.00002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
316 aa  51.6  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00302715  hitchhiker  0.000000109049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
320 aa  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.39 
 
 
323 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.79 
 
 
318 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.34 
 
 
326 aa  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  26.26 
 
 
328 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2449  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  26.38 
 
 
336 aa  51.2  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0862725  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 
312 aa  51.2  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0261  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.41 
 
 
311 aa  51.2  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.370218  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1611  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.41 
 
 
313 aa  50.8  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.709629  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0055  dTDP-4-dehydrorhamnose 35-epimerase related  29.6 
 
 
153 aa  50.8  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.97 
 
 
315 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
320 aa  50.8  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.85 
 
 
310 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.82 
 
 
325 aa  50.8  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152397 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.85 
 
 
331 aa  51.2  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2215  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  26.12 
 
 
181 aa  50.8  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.85 
 
 
333 aa  51.2  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.33 
 
 
320 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  26.25 
 
 
330 aa  50.4  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 
328 aa  50.8  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14581  hypothetical protein  22.18 
 
 
278 aa  50.4  0.00004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.78 
 
 
308 aa  50.8  0.00004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 
321 aa  50.4  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>