235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1622 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1622  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
374 aa  776    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1693  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.43 
 
 
396 aa  584  1e-166  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3032  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.3 
 
 
369 aa  510  1e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.73 
 
 
369 aa  466  9.999999999999999e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5443  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.52 
 
 
369 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.97 
 
 
369 aa  445  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0140  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.97 
 
 
369 aa  445  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0559  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.73 
 
 
372 aa  385  1e-106  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0160035  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.66 
 
 
383 aa  363  2e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1981  WbjC  49.45 
 
 
373 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.35 
 
 
372 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506617 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3802  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
375 aa  355  1e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.78 
 
 
367 aa  339  4e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143013  normal  0.194371 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.22 
 
 
372 aa  229  7e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.58 
 
 
372 aa  220  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0951736  normal  0.0534111 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18630  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.75 
 
 
381 aa  214  2.9999999999999995e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.89 
 
 
364 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.27 
 
 
281 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
285 aa  67  0.0000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.97 
 
 
303 aa  63.9  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
304 aa  60.8  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1677  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
315 aa  60.8  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 
330 aa  58.2  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.46913  normal  0.0352982 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0892  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.26 
 
 
324 aa  57.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5517  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.52 
 
 
315 aa  57.4  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0764  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.09 
 
 
332 aa  57  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1178  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.39 
 
 
317 aa  56.2  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0253268  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.19 
 
 
325 aa  55.8  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152397 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.81 
 
 
327 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.37 
 
 
329 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.82 
 
 
332 aa  55.1  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  24.5 
 
 
318 aa  55.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0707  nucleotide sugar epimerase  25.65 
 
 
323 aa  55.1  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.15214  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.38 
 
 
308 aa  54.7  0.000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 
315 aa  55.1  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.31 
 
 
313 aa  54.3  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101003  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5621  nucleotide sugar epimerase  27.35 
 
 
338 aa  53.9  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.259916  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4509  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.65 
 
 
325 aa  53.5  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.45 
 
 
330 aa  53.1  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000230956 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 
367 aa  53.1  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4095  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.07 
 
 
334 aa  53.1  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.59701  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.45 
 
 
328 aa  53.1  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.321568  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.45 
 
 
318 aa  53.1  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.98 
 
 
324 aa  53.1  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.07 
 
 
334 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  25.66 
 
 
324 aa  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
331 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.01 
 
 
335 aa  51.6  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.47 
 
 
325 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
318 aa  51.6  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
315 aa  51.6  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.81 
 
 
325 aa  51.2  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14581  hypothetical protein  26.56 
 
 
278 aa  51.2  0.00003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26 
 
 
321 aa  51.2  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4099  hypothetical protein  26.07 
 
 
334 aa  51.2  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.104495 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.73 
 
 
321 aa  50.8  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000491095  unclonable  4.61706e-23 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.06 
 
 
349 aa  50.8  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.14 
 
 
323 aa  50.8  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0431145  normal  0.15102 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.38 
 
 
320 aa  50.4  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_14357  predicted protein  25.74 
 
 
359 aa  50.4  0.00005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 
336 aa  50.1  0.00006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.76 
 
 
327 aa  50.4  0.00006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.76 
 
 
343 aa  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0230856  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5586  capsular polysaccharide biosynthesis protein  25.9 
 
 
332 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.851116  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2863  hypothetical protein  29.73 
 
 
134 aa  49.7  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.949512  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0577  hypothetical protein  30.48 
 
 
125 aa  49.7  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116523  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 
308 aa  49.7  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.44 
 
 
316 aa  48.9  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0935797  normal  0.317979 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.11 
 
 
322 aa  48.9  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
327 aa  48.9  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1848  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.49 
 
 
305 aa  49.3  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 
331 aa  49.3  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.45 
 
 
334 aa  49.3  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.387989  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
327 aa  49.3  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.506298  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
310 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.43 
 
 
328 aa  48.1  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.38 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0857049  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1378  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.38 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280113  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0609  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.18 
 
 
337 aa  48.1  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
304 aa  48.1  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0624037  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
313 aa  48.9  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
320 aa  48.5  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.18 
 
 
321 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2220  Male sterility-like protein  28.72 
 
 
306 aa  48.1  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589015  normal  0.345847 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.27 
 
 
316 aa  48.5  0.0002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0304  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.23 
 
 
317 aa  48.5  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.38 
 
 
328 aa  48.5  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 
337 aa  48.1  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.38 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.47827  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1288  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.38 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3158  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.38 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0477125  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3029  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.38 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.965327  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2263  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.38 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171141  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.89 
 
 
322 aa  48.1  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3869  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.45 
 
 
335 aa  48.5  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.629775  normal  0.828763 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0903  polysaccharide biosynthesis protein  26.4 
 
 
615 aa  47.8  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.999651  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.6 
 
 
337 aa  47.8  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0894672 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  25.71 
 
 
635 aa  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0634  dTDP-glucose 4,6-dehydratase related protein  22.67 
 
 
305 aa  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
306 aa  48.1  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>