More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3656 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  95.38 
 
 
325 aa  635    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
325 aa  658    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.13 
 
 
332 aa  405  1.0000000000000001e-112  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.299125 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.48 
 
 
332 aa  350  1e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.05 
 
 
354 aa  330  2e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.873323  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.05 
 
 
326 aa  328  1.0000000000000001e-88  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0169  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  50.32 
 
 
319 aa  323  2e-87  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.77 
 
 
334 aa  320  3e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.78 
 
 
327 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.99 
 
 
321 aa  269  4e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000491095  unclonable  4.61706e-23 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2064  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  44.31 
 
 
327 aa  260  3e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.34 
 
 
321 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
321 aa  251  1e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1622  UDP-glucose 4-epimerase  43.59 
 
 
333 aa  248  1e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222296  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0422  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  42.59 
 
 
321 aa  246  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
321 aa  246  4e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
321 aa  246  4e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0488  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
321 aa  246  4e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0418  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  42.59 
 
 
321 aa  245  6e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4813  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  41.67 
 
 
321 aa  245  6e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0563  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.28 
 
 
321 aa  245  6e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0561  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.28 
 
 
321 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0424  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.9 
 
 
321 aa  241  2e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2806  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.42 
 
 
317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2173  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.72 
 
 
332 aa  211  2e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0967474  normal  0.0101731 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.37 
 
 
321 aa  206  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33309  predicted protein  40.51 
 
 
340 aa  202  7e-51  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29801  predicted protein  40.51 
 
 
340 aa  202  7e-51  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3791  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.74 
 
 
313 aa  202  8e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.68 
 
 
333 aa  202  9e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal  0.378634 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1566  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.8 
 
 
319 aa  202  9e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13324  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.39 
 
 
329 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.463092  decreased coverage  0.00350753 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.87 
 
 
318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.42 
 
 
316 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301245  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.8 
 
 
318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954538 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.56 
 
 
313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.376158  normal  0.0242286 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0296  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.73 
 
 
321 aa  195  1e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4588  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.13 
 
 
311 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.38 
 
 
318 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.56 
 
 
330 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.46913  normal  0.0352982 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  39.12 
 
 
348 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0857049  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2263  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  39.12 
 
 
348 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171141  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3029  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  39.12 
 
 
348 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.965327  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1378  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  39.12 
 
 
348 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280113  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3158  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  39.12 
 
 
348 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0477125  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  39.12 
 
 
348 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.47827  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1288  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  39.12 
 
 
348 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.96 
 
 
313 aa  193  4e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0782  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.19 
 
 
316 aa  192  6e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182086  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.77 
 
 
333 aa  192  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.134293 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.56 
 
 
311 aa  192  1e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.747671  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.77 
 
 
333 aa  191  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 
330 aa  190  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000230956 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1611  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.22 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.709629  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.91 
 
 
343 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0230856  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5517  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.29 
 
 
315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.82 
 
 
309 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0162  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.68 
 
 
313 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.99 
 
 
314 aa  187  3e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.167111  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 
313 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1165  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.85 
 
 
320 aa  186  4e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0499982  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3252  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.14 
 
 
314 aa  186  4e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0363049  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0893  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.66 
 
 
308 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.91 
 
 
340 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0814825 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.19 
 
 
313 aa  186  5e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000855956  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.91 
 
 
340 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.56 
 
 
329 aa  186  5e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0919  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.66 
 
 
308 aa  185  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0917118  normal 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43376  predicted protein  38.31 
 
 
326 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.412352  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
341 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.8 
 
 
346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.218972  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2118  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.73 
 
 
336 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.292316  normal  0.0790503 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.784993 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11280  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36.48 
 
 
329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883785  normal  0.146231 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
313 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.186347 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0504  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.29 
 
 
356 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1937  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.87 
 
 
311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1815  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.26 
 
 
311 aa  182  6e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.437537  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.14 
 
 
318 aa  182  6e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3893  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.94 
 
 
346 aa  182  6e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258351  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.96 
 
 
335 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.984482  normal  0.365956 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0261  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.49 
 
 
311 aa  182  9.000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.370218  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 
311 aa  181  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.366265  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.77 
 
 
333 aa  181  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
318 aa  181  1e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2802  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.11 
 
 
317 aa  181  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0129  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 
322 aa  181  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 
311 aa  181  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0132998  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 
335 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0266554 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.04 
 
 
312 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0684106  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.34 
 
 
317 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.08 
 
 
319 aa  181  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.7 
 
 
346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.544479  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.68 
 
 
324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1149  dTDP-glucose 46-dehydratase  38.1 
 
 
325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.985297 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.93 
 
 
330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
365 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.561113  normal  0.0105388 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02955  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.51 
 
 
339 aa  179  4e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6047  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
348 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.438767  normal  0.0540302 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
348 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>