More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4100 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  95.38 
 
 
325 aa  635    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
325 aa  661    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.26 
 
 
332 aa  404  1.0000000000000001e-112  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.299125 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.02 
 
 
332 aa  348  9e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
326 aa  331  9e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.07 
 
 
354 aa  331  1e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.873323  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0169  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  51.58 
 
 
319 aa  330  2e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.78 
 
 
334 aa  320  1.9999999999999998e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.78 
 
 
327 aa  316  4e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.31 
 
 
321 aa  271  8.000000000000001e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000491095  unclonable  4.61706e-23 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2064  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  45.45 
 
 
327 aa  267  1e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.34 
 
 
321 aa  261  1e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
321 aa  251  1e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0418  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  42.59 
 
 
321 aa  247  2e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0422  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  42.59 
 
 
321 aa  246  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1622  UDP-glucose 4-epimerase  43.41 
 
 
333 aa  246  3e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222296  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0563  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
321 aa  246  3e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
321 aa  246  4e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0488  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
321 aa  246  4e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
321 aa  246  4e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4813  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  41.96 
 
 
321 aa  246  4e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0561  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
321 aa  245  9e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0424  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.19 
 
 
321 aa  241  1e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2806  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.36 
 
 
317 aa  236  3e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2173  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.12 
 
 
332 aa  212  5.999999999999999e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0967474  normal  0.0101731 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.25 
 
 
321 aa  210  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.3 
 
 
329 aa  207  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.463092  decreased coverage  0.00350753 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29801  predicted protein  40.19 
 
 
340 aa  206  4e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3791  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.58 
 
 
313 aa  206  4e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33309  predicted protein  40.19 
 
 
340 aa  206  4e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.82 
 
 
318 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1566  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.24 
 
 
319 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13324  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.74 
 
 
316 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301245  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4588  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.89 
 
 
311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.31 
 
 
318 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.19 
 
 
330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.46913  normal  0.0352982 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.99 
 
 
330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000230956 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.27 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.28 
 
 
333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal  0.378634 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1611  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.84 
 
 
313 aa  196  5.000000000000001e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.709629  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.95 
 
 
311 aa  196  5.000000000000001e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.747671  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.19 
 
 
343 aa  196  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0230856  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0782  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
316 aa  196  6e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182086  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
318 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954538 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.66 
 
 
309 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0296  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.65 
 
 
321 aa  194  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5517  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
315 aa  192  6e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.24 
 
 
313 aa  192  9e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.376158  normal  0.0242286 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1815  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.54 
 
 
311 aa  190  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.437537  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43376  predicted protein  38.02 
 
 
326 aa  190  2e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.412352  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0893  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.78 
 
 
308 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2118  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.53 
 
 
336 aa  191  2e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.292316  normal  0.0790503 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3158  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.23 
 
 
348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0477125  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.23 
 
 
348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0857049  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1378  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.23 
 
 
348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280113  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0162  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.99 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3029  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.23 
 
 
348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.965327  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2263  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.23 
 
 
348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171141  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0919  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.78 
 
 
308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0917118  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.23 
 
 
348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.47827  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1288  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.23 
 
 
348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.68 
 
 
313 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1165  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.28 
 
 
320 aa  188  9e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0499982  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3252  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.25 
 
 
314 aa  188  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0363049  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.88 
 
 
340 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.61 
 
 
312 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0684106  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.88 
 
 
340 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0814825 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.84 
 
 
333 aa  187  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.134293 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.84 
 
 
333 aa  186  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.19 
 
 
313 aa  186  4e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000855956  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.83 
 
 
335 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.984482  normal  0.365956 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.15 
 
 
341 aa  185  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0261  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.81 
 
 
311 aa  185  8e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.370218  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
314 aa  185  9e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.167111  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.24 
 
 
329 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3893  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.8 
 
 
346 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258351  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.38 
 
 
319 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.186347 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.38 
 
 
318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.25 
 
 
311 aa  184  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0132998  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0129  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.05 
 
 
322 aa  183  3e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.28 
 
 
322 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.88 
 
 
317 aa  182  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1149  dTDP-glucose 46-dehydratase  37.69 
 
 
325 aa  182  6e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.985297 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2802  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.22 
 
 
317 aa  182  6e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.62 
 
 
330 aa  182  6e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02955  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.51 
 
 
339 aa  182  7e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37 
 
 
312 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0395145  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2009  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37 
 
 
312 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.62 
 
 
308 aa  181  1e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.27 
 
 
318 aa  181  1e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000151711  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1140  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 
312 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.193248  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.71 
 
 
315 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.05 
 
 
335 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0266554 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2307  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.9 
 
 
311 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00124145  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3556  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 
321 aa  181  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1937  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.99 
 
 
311 aa  181  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11280  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.22 
 
 
329 aa  181  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883785  normal  0.146231 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.8 
 
 
343 aa  181  2e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.471078  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>