189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0559 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0559  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 372 aa  767    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0160035  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3032  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.19 
 
 		 369 aa  390  1e-107  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1622  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.73 
 
 		 374 aa  385  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1693  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.23 
 
 		 396 aa  380  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5443  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.47 
 
 		 369 aa  374  1e-102  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0140  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.4 
 
 		 369 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.4 
 
 		 369 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.58 
 
 		 369 aa  370  1e-101  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.55 
 
 		 372 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506617 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3802  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.26 
 
 		 375 aa  328  6e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.94 
 
 		 367 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143013  normal  0.194371 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.55 
 
 		 383 aa  324  2e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1981  WbjC  42.93 
 
 		 373 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.07 
 
 		 372 aa  215  9e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.05 
 
 		 372 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0951736  normal  0.0534111 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.47 
 
 		 364 aa  203  4e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18630  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.63 
 
 		 381 aa  194  2e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 		 325 aa  63.2  0.000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 		 316 aa  62.8  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1471  nucleotide sugar epimerase  26.27 
 
 		 323 aa  62.4  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.88 
 
 		 323 aa  61.2  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.94 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2403  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5 epimerase  29.46 
 
 		 158 aa  60.5  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.930193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.31 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000491095  unclonable  4.61706e-23 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.94 
 
 		 310 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.94 
 
 		 310 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.89 
 
 		 310 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.19 
 
 		 322 aa  55.8  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.76 
 
 		 309 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.36 
 
 		 314 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1677  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 		 315 aa  55.5  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6506  UDP-glucose 4-epimerase  27.2 
 
 		 326 aa  55.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.52 
 
 		 317 aa  54.3  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 		 314 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2863  hypothetical protein  32.17 
 
 		 134 aa  54.3  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.949512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  25.23 
 
 		 307 aa  53.9  0.000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.08 
 
 		 285 aa  53.9  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.73 
 
 		 335 aa  53.9  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.293333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.94 
 
 		 304 aa  53.5  0.000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.46 
 
 		 318 aa  53.9  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.32 
 
 		 318 aa  53.5  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0185  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  29.81 
 
 		 158 aa  53.1  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 		 329 aa  53.1  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.71 
 
 		 312 aa  53.1  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.64 
 
 		 321 aa  53.1  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0225  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  23.86 
 
 		 330 aa  52.8  0.000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.31 
 
 		 315 aa  52.4  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 		 335 aa  52.8  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4525  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 		 338 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 		 320 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 		 327 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  27.85 
 
 		 332 aa  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0259  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  28.57 
 
 		 153 aa  51.6  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 		 373 aa  50.8  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.411668  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1887  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  29.69 
 
 		 181 aa  50.8  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.394283  normal  0.415914 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.47 
 
 		 367 aa  50.8  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3246  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.58 
 
 		 338 aa  50.8  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  18.57 
 
 		 313 aa  50.4  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101003  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1178  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 		 317 aa  50.8  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0253268  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.1 
 
 		 337 aa  50.8  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0892  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.43 
 
 		 324 aa  50.4  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.11 
 
 		 318 aa  50.4  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.02 
 
 		 303 aa  50.1  0.00006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23780  UDP-glucose 4-epimerase  26.09 
 
 		 308 aa  49.7  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00097023  normal  0.178512 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.18 
 
 		 309 aa  49.7  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.33 
 
 		 336 aa  49.7  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 		 327 aa  49.7  0.00009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.11 
 
 		 321 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.88 
 
 		 309 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  25.11 
 
 		 321 aa  48.9  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.55 
 
 		 309 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  24.62 
 
 		 646 aa  48.9  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02926  nucleotide sugar epimerase  22.31 
 
 		 321 aa  49.3  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.86 
 
 		 313 aa  49.3  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.1 
 
 		 333 aa  48.9  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.96 
 
 		 304 aa  49.3  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.365657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.11 
 
 		 321 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.11 
 
 		 321 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.57 
 
 		 321 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.57 
 
 		 321 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.11 
 
 		 321 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 		 388 aa  49.3  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.76 
 
 		 308 aa  49.3  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.35 
 
 		 309 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.61 
 
 		 305 aa  48.5  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.01 
 
 		 302 aa  48.5  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107355  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 		 316 aa  48.5  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.53 
 
 		 328 aa  48.1  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.96 
 
 		 339 aa  48.1  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 		 350 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.32246 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0304  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 		 317 aa  48.5  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.94 
 
 		 321 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.56 
 
 		 323 aa  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0431145  normal  0.15102 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.07 
 
 		 342 aa  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 		 320 aa  47.8  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.91 
 
 		 312 aa  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.66 
 
 		 322 aa  47.8  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 		 328 aa  47.8  0.0004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.68 
 
 		 318 aa  47.4  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>