More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3344 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
307 aa  634    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3878  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.89 
 
 
304 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.89 
 
 
304 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.24 
 
 
304 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.24 
 
 
304 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.1 
 
 
327 aa  362  4e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.92 
 
 
306 aa  361  1e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.48 
 
 
309 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.92 
 
 
306 aa  347  2e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  54.64 
 
 
306 aa  339  4e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.78 
 
 
307 aa  329  4e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  54.96 
 
 
301 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1385  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.08 
 
 
306 aa  236  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00125626 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3163  NAD dependent epimerase/dehydratase  40.4 
 
 
306 aa  228  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1969  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.04 
 
 
306 aa  212  7e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5752  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.71 
 
 
321 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6116  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.71 
 
 
321 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6598  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.06 
 
 
321 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456488 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.75 
 
 
333 aa  206  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.351702 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.61 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6087  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.61 
 
 
317 aa  199  7e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.25518  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.72 
 
 
314 aa  195  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08032  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G02240)  36.7 
 
 
314 aa  186  4e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.019625  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB02230  conserved hypothetical protein  38.52 
 
 
303 aa  177  2e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0219255  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.04 
 
 
293 aa  139  7e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1313  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.91 
 
 
276 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.54 
 
 
300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0589  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.55 
 
 
285 aa  132  7.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0766528  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4815  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.53 
 
 
299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681272  normal  0.324066 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.56 
 
 
298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2324  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.94 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.62 
 
 
308 aa  130  3e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.1 
 
 
290 aa  129  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.88 
 
 
281 aa  126  5e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.49 
 
 
285 aa  125  7e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.34 
 
 
305 aa  125  1e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0091  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.85 
 
 
294 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.42855 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.51 
 
 
288 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.77 
 
 
287 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1563  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.37 
 
 
295 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.25531 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0094  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.14 
 
 
294 aa  119  9e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.07 
 
 
298 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.09 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.98 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3414  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.43 
 
 
303 aa  117  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.66 
 
 
461 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.76 
 
 
281 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.67 
 
 
278 aa  116  5e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.37 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.33 
 
 
278 aa  113  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32 
 
 
287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.85 
 
 
291 aa  112  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.59 
 
 
285 aa  112  9e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.24 
 
 
283 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.79 
 
 
296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.08 
 
 
291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.25 
 
 
291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3653  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.01 
 
 
294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.36 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.56 
 
 
293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
288 aa  111  2.0000000000000002e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.66 
 
 
284 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.66 
 
 
284 aa  110  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.88 
 
 
284 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.66 
 
 
284 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  28.52 
 
 
293 aa  110  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.5 
 
 
283 aa  110  4.0000000000000004e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.56 
 
 
283 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.96 
 
 
296 aa  109  5e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.66 
 
 
284 aa  109  5e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30 
 
 
300 aa  109  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.78 
 
 
291 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.39 
 
 
284 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.38 
 
 
285 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.45 
 
 
294 aa  108  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.39 
 
 
284 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.32 
 
 
301 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.82 
 
 
292 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.46 
 
 
291 aa  106  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1084  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.78 
 
 
283 aa  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0125965  normal  0.0422522 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.03 
 
 
272 aa  104  2e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.08 
 
 
283 aa  104  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.56 
 
 
261 aa  104  2e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.18 
 
 
281 aa  104  2e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.5 
 
 
284 aa  103  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.25 
 
 
287 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.94 
 
 
294 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.94 
 
 
294 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.36 
 
 
286 aa  103  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.47 
 
 
297 aa  103  5e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.97 
 
 
292 aa  103  5e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.34 
 
 
294 aa  103  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.515711 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  28.03 
 
 
294 aa  102  6e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1133  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.17 
 
 
328 aa  102  6e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.853451 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0205  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.39 
 
 
313 aa  102  7e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.21 
 
 
299 aa  102  8e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4291  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.64 
 
 
298 aa  102  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.32 
 
 
283 aa  102  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.54 
 
 
270 aa  101  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.14 
 
 
297 aa  101  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>