More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1891 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
286 aa  598  1e-170  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  66.9 
 
 
292 aa  396  1e-109  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  66.08 
 
 
296 aa  394  1e-108  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.7 
 
 
291 aa  377  1e-103  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.41 
 
 
297 aa  364  1e-100  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.57 
 
 
290 aa  353  2e-96  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  56.74 
 
 
288 aa  319  3.9999999999999996e-86  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.04 
 
 
285 aa  283  2.0000000000000002e-75  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.24 
 
 
287 aa  281  6.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.47 
 
 
280 aa  270  2e-71  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.77 
 
 
284 aa  262  4e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.08 
 
 
293 aa  261  6.999999999999999e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
288 aa  253  2.0000000000000002e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.07 
 
 
288 aa  248  5e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.4 
 
 
298 aa  245  6.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.41 
 
 
296 aa  244  9e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.9 
 
 
294 aa  241  9e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.67 
 
 
296 aa  239  5e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.39 
 
 
285 aa  239  5e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.67 
 
 
296 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
281 aa  236  3e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.4 
 
 
286 aa  236  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.94 
 
 
294 aa  236  3e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.33 
 
 
303 aa  235  6e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.25 
 
 
291 aa  235  8e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.21 
 
 
291 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.75 
 
 
286 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.48 
 
 
285 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.51 
 
 
291 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.9 
 
 
310 aa  230  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.36 
 
 
295 aa  229  6e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.01 
 
 
291 aa  229  6e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.14 
 
 
284 aa  228  7e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.79 
 
 
284 aa  228  1e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.66 
 
 
298 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.43 
 
 
284 aa  226  3e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.43 
 
 
284 aa  226  3e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.43 
 
 
284 aa  226  4e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.21 
 
 
291 aa  226  4e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.13 
 
 
285 aa  226  4e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.71 
 
 
281 aa  226  4e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.79 
 
 
284 aa  225  8e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.13 
 
 
283 aa  224  2e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.43 
 
 
284 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.43 
 
 
284 aa  223  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.72 
 
 
287 aa  221  7e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.92 
 
 
294 aa  219  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.16 
 
 
307 aa  218  7.999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  40.62 
 
 
293 aa  218  8.999999999999998e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.87 
 
 
294 aa  216  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.51 
 
 
287 aa  217  2e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.42 
 
 
296 aa  217  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.58 
 
 
280 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.6 
 
 
297 aa  216  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.48 
 
 
283 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.64 
 
 
289 aa  215  7e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.64 
 
 
289 aa  215  7e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
461 aa  215  7e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.47 
 
 
288 aa  214  9e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.97 
 
 
280 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.25 
 
 
287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.91 
 
 
320 aa  212  5.999999999999999e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.2 
 
 
277 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.18 
 
 
299 aa  211  7.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
306 aa  211  7.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.01 
 
 
294 aa  211  9e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.87 
 
 
288 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  38.21 
 
 
290 aa  210  2e-53  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  39.86 
 
 
294 aa  210  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.46 
 
 
278 aa  210  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.67 
 
 
302 aa  211  2e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.06 
 
 
285 aa  211  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.13 
 
 
283 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.69 
 
 
301 aa  209  4e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.44 
 
 
290 aa  209  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.79 
 
 
283 aa  209  4e-53  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.65 
 
 
281 aa  209  5e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.69 
 
 
297 aa  207  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.06 
 
 
314 aa  206  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  40.4 
 
 
305 aa  206  4e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.71 
 
 
294 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
312 aa  206  5e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  39.66 
 
 
294 aa  205  6e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.03 
 
 
292 aa  205  7e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
294 aa  204  9e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
294 aa  204  9e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.94 
 
 
285 aa  204  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1133  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.76 
 
 
328 aa  204  1e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.853451 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.38 
 
 
300 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.16 
 
 
297 aa  204  1e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.68 
 
 
301 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
291 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.59 
 
 
306 aa  203  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.57 
 
 
283 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.28 
 
 
281 aa  203  3e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.45 
 
 
306 aa  203  3e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
308 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.27 
 
 
294 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>