More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3463 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
294 aa  607  1e-173  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  66.78 
 
 
293 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.54 
 
 
288 aa  384  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.54 
 
 
291 aa  387  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.38 
 
 
291 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.2 
 
 
291 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.67 
 
 
291 aa  377  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.14 
 
 
291 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.42 
 
 
294 aa  363  1e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.26 
 
 
290 aa  305  8.000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.35 
 
 
285 aa  279  5e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.65 
 
 
281 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.39 
 
 
294 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.39 
 
 
294 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.08 
 
 
292 aa  259  4e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.67 
 
 
294 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.88 
 
 
291 aa  255  7e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.36 
 
 
294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.62 
 
 
287 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
298 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.96 
 
 
293 aa  246  4e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.08 
 
 
306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.76 
 
 
301 aa  242  5e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
305 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.41 
 
 
301 aa  240  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.49 
 
 
310 aa  239  5e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.98 
 
 
298 aa  236  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.17 
 
 
287 aa  236  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  41.38 
 
 
294 aa  235  8e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.21 
 
 
294 aa  234  9e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.16 
 
 
320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  41.03 
 
 
294 aa  233  3e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.44 
 
 
295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.33 
 
 
297 aa  231  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.32 
 
 
294 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.82 
 
 
297 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.1 
 
 
286 aa  231  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
297 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.76 
 
 
283 aa  230  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
304 aa  229  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.32 
 
 
299 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.32 
 
 
299 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.36 
 
 
298 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.8 
 
 
291 aa  228  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.75 
 
 
294 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.36 
 
 
284 aa  227  2e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
294 aa  226  2e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
294 aa  226  2e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.71 
 
 
296 aa  226  4e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.26 
 
 
299 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.07 
 
 
290 aa  224  1e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.16 
 
 
461 aa  224  2e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
297 aa  224  2e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.36 
 
 
296 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.4 
 
 
286 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.01 
 
 
296 aa  223  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.53 
 
 
302 aa  221  9e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.18 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.76 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.59 
 
 
297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.32 
 
 
307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  40.56 
 
 
305 aa  219  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.92 
 
 
286 aa  219  3e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
288 aa  218  7e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.73 
 
 
300 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.78 
 
 
288 aa  218  1e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.42 
 
 
283 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.31 
 
 
295 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.36 
 
 
297 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.83 
 
 
295 aa  216  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.26 
 
 
292 aa  217  2e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.45 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.36 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.45 
 
 
281 aa  215  7e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  43.71 
 
 
300 aa  215  8e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.7 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.81 
 
 
287 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.7 
 
 
299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4811  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.84 
 
 
306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.25 
 
 
298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.45 
 
 
292 aa  213  2.9999999999999995e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.41 
 
 
285 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.01 
 
 
299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.02 
 
 
306 aa  211  9e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.4 
 
 
283 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.81 
 
 
288 aa  210  2e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.93 
 
 
299 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.76 
 
 
298 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.28 
 
 
301 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.67 
 
 
299 aa  209  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.44 
 
 
281 aa  208  8e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  37.67 
 
 
299 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  37.67 
 
 
299 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.59 
 
 
299 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.59 
 
 
299 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.13 
 
 
306 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0754  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.18 
 
 
298 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.38 
 
 
295 aa  206  3e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>