More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_0436 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_0436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
304 aa  624  1e-178  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  96.05 
 
 
304 aa  597  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  96.05 
 
 
304 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3878  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  96.38 
 
 
304 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  70.72 
 
 
306 aa  441  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  70.39 
 
 
309 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  72.7 
 
 
306 aa  431  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  71.38 
 
 
306 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  63.28 
 
 
327 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  65.6 
 
 
301 aa  365  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.24 
 
 
307 aa  365  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.36 
 
 
307 aa  365  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1385  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.61 
 
 
306 aa  246  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00125626 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3163  NAD dependent epimerase/dehydratase  45.27 
 
 
306 aa  237  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1969  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5752  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.22 
 
 
321 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6116  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.22 
 
 
321 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6087  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.54 
 
 
317 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.25518  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6598  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.58 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456488 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.96 
 
 
333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.351702 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.87 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.06 
 
 
314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08032  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G02240)  36.9 
 
 
314 aa  185  8e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.019625  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB02230  conserved hypothetical protein  38.79 
 
 
303 aa  176  4e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0219255  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.32 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.01 
 
 
300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2324  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.14 
 
 
297 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.22 
 
 
285 aa  123  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4815  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.73 
 
 
299 aa  123  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681272  normal  0.324066 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.39 
 
 
291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.57 
 
 
296 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33 
 
 
296 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.82 
 
 
281 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.68 
 
 
298 aa  119  9e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.49 
 
 
278 aa  118  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3414  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.94 
 
 
303 aa  116  5e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1563  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.56 
 
 
295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.25531 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.42 
 
 
285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.03 
 
 
293 aa  114  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.75 
 
 
290 aa  112  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0091  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.3 
 
 
294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.42855 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.9 
 
 
461 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.51 
 
 
294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0094  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.3 
 
 
294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.11 
 
 
292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.21 
 
 
281 aa  110  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.59 
 
 
283 aa  109  6e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.68 
 
 
296 aa  109  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.71 
 
 
293 aa  108  9.000000000000001e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.07 
 
 
285 aa  108  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.33 
 
 
298 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3653  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.72 
 
 
294 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.37 
 
 
294 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.515711 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.13 
 
 
305 aa  105  1e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.74 
 
 
287 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.29 
 
 
272 aa  104  2e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.9 
 
 
288 aa  104  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.4 
 
 
295 aa  102  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.56 
 
 
261 aa  103  5e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.08 
 
 
287 aa  102  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.35 
 
 
281 aa  102  9e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.77 
 
 
270 aa  102  9e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.01 
 
 
294 aa  102  9e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.29 
 
 
281 aa  101  1e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.74 
 
 
300 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.34 
 
 
278 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.72 
 
 
283 aa  100  3e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1133  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.64 
 
 
328 aa  100  4e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.853451 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0589  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.05 
 
 
285 aa  99.8  5e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0766528  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.98 
 
 
284 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  29 
 
 
294 aa  99.8  5e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.98 
 
 
284 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.14 
 
 
280 aa  99.4  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.98 
 
 
284 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.17 
 
 
284 aa  99.4  7e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.17 
 
 
284 aa  99.4  7e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2405  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29 
 
 
284 aa  99  8e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.79 
 
 
288 aa  99.4  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.17 
 
 
284 aa  99  9e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.17 
 
 
284 aa  98.2  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1216  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.64 
 
 
296 aa  98.6  1e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.896826 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1313  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.44 
 
 
276 aa  99  1e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.88 
 
 
280 aa  99  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.94 
 
 
306 aa  98.2  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.86 
 
 
295 aa  99  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
280 aa  98.2  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.6 
 
 
284 aa  97.8  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.76 
 
 
298 aa  97.8  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.94 
 
 
285 aa  97.4  3e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.43 
 
 
285 aa  96.7  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0620  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.84 
 
 
296 aa  96.7  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.29 
 
 
287 aa  96.7  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  29.08 
 
 
283 aa  96.3  5e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.77 
 
 
279 aa  96.3  6e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.47 
 
 
301 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.72 
 
 
284 aa  95.9  7e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000208207  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  28.52 
 
 
294 aa  95.9  7e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.43 
 
 
277 aa  95.5  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.35 
 
 
287 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0714  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.4 
 
 
300 aa  94.4  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>