More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I3020 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  100 
 
 
293 aa  608  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  66.78 
 
 
294 aa  409  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  65.98 
 
 
288 aa  397  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  63.92 
 
 
291 aa  392  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  63.92 
 
 
291 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.51 
 
 
291 aa  378  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.3 
 
 
291 aa  366  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.3 
 
 
291 aa  365  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.42 
 
 
294 aa  359  3e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.33 
 
 
290 aa  321  7e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.74 
 
 
285 aa  282  6.000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.17 
 
 
281 aa  280  2e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.34 
 
 
287 aa  264  2e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.22 
 
 
291 aa  263  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.37 
 
 
293 aa  263  4e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.76 
 
 
310 aa  255  7e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.36 
 
 
294 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.83 
 
 
294 aa  251  1e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.7 
 
 
294 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.25 
 
 
297 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.7 
 
 
294 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.83 
 
 
298 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.41 
 
 
294 aa  249  5e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.36 
 
 
294 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.03 
 
 
306 aa  246  3e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  42.61 
 
 
294 aa  244  9e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.75 
 
 
296 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  42.27 
 
 
294 aa  243  3e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.51 
 
 
286 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.67 
 
 
292 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.4 
 
 
296 aa  241  1e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.56 
 
 
298 aa  239  5e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.44 
 
 
294 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.44 
 
 
299 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.44 
 
 
299 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  44.56 
 
 
296 aa  238  8e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.31 
 
 
301 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.52 
 
 
287 aa  237  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.96 
 
 
301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.31 
 
 
288 aa  231  1e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.06 
 
 
295 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
284 aa  230  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.78 
 
 
300 aa  231  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
304 aa  229  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
305 aa  229  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
299 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.44 
 
 
298 aa  226  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.27 
 
 
286 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.02 
 
 
297 aa  227  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  41.96 
 
 
305 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.77 
 
 
300 aa  223  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.32 
 
 
294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.4 
 
 
301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.56 
 
 
287 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.78 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
307 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
288 aa  221  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.83 
 
 
288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.01 
 
 
291 aa  219  3e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.16 
 
 
297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.01 
 
 
296 aa  219  6e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.68 
 
 
299 aa  218  6e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
286 aa  218  8.999999999999998e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.44 
 
 
295 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.16 
 
 
301 aa  218  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
461 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.51 
 
 
306 aa  217  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.33 
 
 
320 aa  216  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0754  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.91 
 
 
298 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  43.06 
 
 
300 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  40.75 
 
 
299 aa  216  4e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
306 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.41 
 
 
299 aa  216  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  40.75 
 
 
299 aa  216  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.34 
 
 
296 aa  216  5e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.77 
 
 
297 aa  214  9.999999999999999e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.45 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.7 
 
 
291 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.87 
 
 
295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.41 
 
 
283 aa  213  3.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.35 
 
 
292 aa  211  1e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
297 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.41 
 
 
301 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.72 
 
 
284 aa  209  3e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
312 aa  210  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.72 
 
 
284 aa  209  3e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.69 
 
 
306 aa  209  4e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.18 
 
 
292 aa  209  5e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.7 
 
 
296 aa  209  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.37 
 
 
284 aa  208  8e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.48 
 
 
297 aa  208  9e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.31 
 
 
302 aa  208  9e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.72 
 
 
284 aa  207  1e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.02 
 
 
303 aa  207  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2322  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.97 
 
 
299 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0148362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.87 
 
 
298 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.37 
 
 
284 aa  207  1e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.97 
 
 
299 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
295 aa  207  2e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>