More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3531 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
306 aa  628  1e-179  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  95.1 
 
 
306 aa  597  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  91.5 
 
 
309 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  87.25 
 
 
306 aa  520  1e-147  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  71.38 
 
 
304 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3878  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  71.05 
 
 
304 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  70.07 
 
 
304 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  70.72 
 
 
304 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  63.4 
 
 
327 aa  401  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.36 
 
 
307 aa  367  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.92 
 
 
307 aa  359  3e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  64.31 
 
 
301 aa  354  8.999999999999999e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1385  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.64 
 
 
306 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00125626 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3163  NAD dependent epimerase/dehydratase  45.64 
 
 
306 aa  237  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1969  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.2 
 
 
306 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5752  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.87 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6116  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.87 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.35 
 
 
314 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.88 
 
 
333 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.351702 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6087  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.02 
 
 
317 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.25518  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.19 
 
 
314 aa  206  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6598  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.92 
 
 
321 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456488 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08032  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G02240)  36.21 
 
 
314 aa  182  6e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.019625  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB02230  conserved hypothetical protein  37.81 
 
 
303 aa  172  5e-42  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0219255  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.19 
 
 
308 aa  140  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.74 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4815  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.42 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681272  normal  0.324066 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3414  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.62 
 
 
303 aa  126  5e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.11 
 
 
285 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2324  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.36 
 
 
297 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.92 
 
 
290 aa  120  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0094  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.44 
 
 
294 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.06 
 
 
298 aa  117  3e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.29 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.58 
 
 
461 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.69 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.21 
 
 
292 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.33 
 
 
294 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0091  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.24 
 
 
294 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.42855 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.69 
 
 
281 aa  112  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.95 
 
 
294 aa  112  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.91 
 
 
296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.47 
 
 
293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.89 
 
 
296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.11 
 
 
305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1563  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.99 
 
 
295 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.25531 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.29 
 
 
295 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.19 
 
 
278 aa  108  8.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.04 
 
 
281 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.91 
 
 
291 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.85 
 
 
288 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0477  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.04 
 
 
279 aa  108  2e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.0000000000065602  decreased coverage  0.00000000361225 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.18 
 
 
293 aa  107  2e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.12 
 
 
285 aa  107  3e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.81 
 
 
287 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.03 
 
 
306 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.84 
 
 
287 aa  105  9e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.53 
 
 
283 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1313  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.81 
 
 
276 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.31 
 
 
272 aa  103  3e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.16 
 
 
285 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.57 
 
 
307 aa  102  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.33 
 
 
286 aa  102  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353591  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0589  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.55 
 
 
285 aa  102  9e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0766528  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.64 
 
 
307 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
285 aa  101  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.88 
 
 
296 aa  100  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.5 
 
 
283 aa  100  2e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.81 
 
 
294 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.515711 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.69 
 
 
278 aa  100  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.8 
 
 
288 aa  100  3e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.84 
 
 
288 aa  100  3e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1133  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.33 
 
 
328 aa  100  3e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.853451 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.84 
 
 
283 aa  100  4e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3653  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.41 
 
 
294 aa  100  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.62 
 
 
294 aa  99.4  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.28 
 
 
284 aa  99  8e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.158917  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.67 
 
 
284 aa  99  8e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000208207  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.22 
 
 
284 aa  99  8e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1216  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.82 
 
 
296 aa  99.4  8e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.896826 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35 
 
 
306 aa  99  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.46 
 
 
295 aa  99  9e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  27.96 
 
 
283 aa  99  9e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.22 
 
 
284 aa  98.6  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.67 
 
 
284 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  28.8 
 
 
294 aa  99  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.22 
 
 
284 aa  98.6  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.22 
 
 
284 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.64 
 
 
299 aa  97.8  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.22 
 
 
284 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.27 
 
 
285 aa  98.2  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.87 
 
 
284 aa  97.4  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.9 
 
 
278 aa  98.2  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  31.56 
 
 
300 aa  97.8  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.8 
 
 
294 aa  97.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.52 
 
 
297 aa  97.4  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.1 
 
 
293 aa  97.4  3e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.65 
 
 
291 aa  97.4  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.62 
 
 
298 aa  96.7  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.84 
 
 
277 aa  96.7  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>