More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2324 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2324  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
297 aa  617  1e-176  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4815  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.39 
 
 
299 aa  352  5.9999999999999994e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681272  normal  0.324066 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.41 
 
 
300 aa  347  2e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.17 
 
 
298 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3414  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.1 
 
 
303 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.78 
 
 
308 aa  262  6e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32 
 
 
293 aa  170  3e-41  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33 
 
 
292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0589  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.39 
 
 
285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0766528  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1426  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.07 
 
 
288 aa  146  5e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.41063  hitchhiker  0.00349813 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1313  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.94 
 
 
276 aa  145  6e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.86 
 
 
305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.21 
 
 
327 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.85 
 
 
281 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4291  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.63 
 
 
298 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.95 
 
 
278 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.36 
 
 
307 aa  132  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.5 
 
 
304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1563  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.16 
 
 
295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.25531 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3878  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.5 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.94 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.5 
 
 
304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3653  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.31 
 
 
294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.33 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.14 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.82 
 
 
306 aa  125  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.08 
 
 
277 aa  125  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0091  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.61 
 
 
294 aa  125  7e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.42855 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0094  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.41 
 
 
294 aa  125  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.14 
 
 
296 aa  124  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.74 
 
 
293 aa  124  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.95 
 
 
283 aa  123  3e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.24 
 
 
272 aa  123  4e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1216  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.74 
 
 
296 aa  122  6e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.896826 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.39 
 
 
290 aa  122  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.1 
 
 
285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.8 
 
 
306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.27 
 
 
278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.15 
 
 
309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.59 
 
 
296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.76 
 
 
306 aa  120  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.43 
 
 
296 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.1 
 
 
286 aa  120  3e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.57 
 
 
312 aa  120  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2183  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.31 
 
 
294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.6 
 
 
283 aa  119  7.999999999999999e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
283 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.49 
 
 
285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.21 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.93 
 
 
283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.3 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.515711 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.16 
 
 
294 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.31 
 
 
276 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4446  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.95 
 
 
298 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.42 
 
 
279 aa  117  3e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.45 
 
 
294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.45 
 
 
294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31 
 
 
287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4428  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.48 
 
 
298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.39 
 
 
288 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1998  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.9 
 
 
302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000898814  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.41 
 
 
283 aa  115  8.999999999999998e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2145  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.96 
 
 
297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.292783  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.34 
 
 
278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.84 
 
 
291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.34 
 
 
280 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.9 
 
 
281 aa  112  6e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.34 
 
 
294 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1385  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.39 
 
 
306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00125626 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.85 
 
 
291 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.81 
 
 
284 aa  110  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.66 
 
 
278 aa  110  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.11 
 
 
301 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1537  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.62 
 
 
275 aa  109  5e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00194378  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.31 
 
 
298 aa  109  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.74 
 
 
319 aa  109  5e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.445361  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.07 
 
 
281 aa  109  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.09 
 
 
284 aa  109  6e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.158917  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2019  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.74 
 
 
738 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.240233  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.37 
 
 
284 aa  108  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17350  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.35 
 
 
287 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.57 
 
 
295 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.88 
 
 
301 aa  107  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.28 
 
 
288 aa  107  2e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
291 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.6 
 
 
285 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.31 
 
 
288 aa  107  3e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.74 
 
 
306 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.62 
 
 
286 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.93 
 
 
294 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.08 
 
 
280 aa  107  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1969  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.92 
 
 
306 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.15 
 
 
284 aa  106  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.47 
 
 
284 aa  107  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.47 
 
 
284 aa  107  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.14 
 
 
284 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.56 
 
 
291 aa  106  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.85 
 
 
283 aa  106  6e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.21 
 
 
288 aa  105  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.44 
 
 
292 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>