More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1779 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
297 aa  617  1e-176  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  66.78 
 
 
290 aa  400  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  65.03 
 
 
292 aa  372  1e-102  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.14 
 
 
291 aa  369  1e-101  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.41 
 
 
286 aa  364  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.23 
 
 
296 aa  352  2.9999999999999997e-96  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.45 
 
 
288 aa  344  1e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.59 
 
 
287 aa  296  3e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.63 
 
 
285 aa  284  2.0000000000000002e-75  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.49 
 
 
288 aa  259  3e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
280 aa  259  5.0000000000000005e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.22 
 
 
286 aa  258  9e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.81 
 
 
284 aa  257  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.75 
 
 
293 aa  257  2e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.56 
 
 
288 aa  246  3e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.49 
 
 
294 aa  246  4e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  44.25 
 
 
296 aa  245  6.999999999999999e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.3 
 
 
286 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.67 
 
 
298 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.3 
 
 
285 aa  239  5e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.67 
 
 
297 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.67 
 
 
301 aa  235  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.18 
 
 
307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.33 
 
 
303 aa  232  5e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.84 
 
 
296 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.64 
 
 
296 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.24 
 
 
298 aa  230  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.77 
 
 
291 aa  230  3e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.41 
 
 
294 aa  229  3e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.41 
 
 
294 aa  229  3e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.61 
 
 
301 aa  229  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.18 
 
 
297 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.02 
 
 
290 aa  229  6e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.72 
 
 
291 aa  228  7e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.14 
 
 
281 aa  228  9e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.71 
 
 
284 aa  227  1e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.07 
 
 
284 aa  228  1e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.71 
 
 
284 aa  227  2e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.71 
 
 
284 aa  227  2e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.21 
 
 
281 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.71 
 
 
284 aa  227  2e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
284 aa  226  4e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.71 
 
 
284 aa  225  6e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.23 
 
 
280 aa  225  7e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.71 
 
 
284 aa  224  1e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.77 
 
 
280 aa  224  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.06 
 
 
295 aa  224  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.77 
 
 
280 aa  224  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
306 aa  224  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
294 aa  224  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
288 aa  223  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.21 
 
 
281 aa  221  8e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.31 
 
 
287 aa  221  8e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
291 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
291 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  41.05 
 
 
290 aa  220  1.9999999999999999e-56  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.88 
 
 
298 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.48 
 
 
314 aa  218  8.999999999999998e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
291 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  43.6 
 
 
305 aa  218  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.18 
 
 
300 aa  217  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.44 
 
 
305 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.97 
 
 
285 aa  217  2e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
296 aa  216  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.4 
 
 
294 aa  216  5e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.84 
 
 
283 aa  216  5e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.1 
 
 
287 aa  215  5.9999999999999996e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.96 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.94 
 
 
289 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  40.77 
 
 
293 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.94 
 
 
289 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
292 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.11 
 
 
292 aa  213  2.9999999999999995e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0697  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.98 
 
 
299 aa  213  4.9999999999999996e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.1 
 
 
270 aa  210  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.26 
 
 
308 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.87 
 
 
302 aa  210  2e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.3 
 
 
296 aa  210  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.36 
 
 
281 aa  209  3e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.69 
 
 
296 aa  209  3e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.45 
 
 
298 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
294 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
299 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
299 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.09 
 
 
312 aa  208  7e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
299 aa  208  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.97 
 
 
294 aa  208  8e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
291 aa  208  8e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.01 
 
 
292 aa  208  8e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.05 
 
 
304 aa  208  9e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.22 
 
 
297 aa  207  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.9 
 
 
276 aa  208  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.52 
 
 
283 aa  207  1e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
277 aa  207  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.96 
 
 
295 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
294 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.75 
 
 
294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.54 
 
 
306 aa  205  6e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.08 
 
 
246 aa  205  6e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.36 
 
 
301 aa  205  7e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>