More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5849 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
314 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6087  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  97.77 
 
 
317 aa  579  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.25518  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  87.46 
 
 
314 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5752  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  85.02 
 
 
321 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6116  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  85.02 
 
 
321 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6598  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  83.71 
 
 
321 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456488 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  82.03 
 
 
333 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.351702 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1385  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.3 
 
 
306 aa  317  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00125626 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1969  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.88 
 
 
306 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3163  NAD dependent epimerase/dehydratase  55.96 
 
 
306 aa  295  7e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.3 
 
 
306 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.54 
 
 
307 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.35 
 
 
306 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  41.22 
 
 
301 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.67 
 
 
309 aa  212  7e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38 
 
 
327 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.35 
 
 
306 aa  209  6e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.61 
 
 
307 aa  206  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
304 aa  205  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3878  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
304 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.28 
 
 
304 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.87 
 
 
304 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08032  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G02240)  37.99 
 
 
314 aa  182  7e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.019625  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB02230  conserved hypothetical protein  38 
 
 
303 aa  166  5e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0219255  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.4 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.43 
 
 
300 aa  121  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.28 
 
 
298 aa  113  5e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3653  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.47 
 
 
294 aa  112  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1563  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.25531 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4815  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.83 
 
 
299 aa  106  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681272  normal  0.324066 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.66 
 
 
272 aa  105  1e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.31 
 
 
281 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3414  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.2 
 
 
303 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.42 
 
 
292 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.14 
 
 
293 aa  101  1e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.66 
 
 
307 aa  101  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.17 
 
 
284 aa  100  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.1 
 
 
285 aa  98.6  1e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.68 
 
 
294 aa  99  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.23 
 
 
288 aa  97.8  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0094  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.03 
 
 
294 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.69 
 
 
294 aa  97.1  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.515711 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.97 
 
 
285 aa  96.3  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.06 
 
 
286 aa  96.3  6e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0091  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.94 
 
 
294 aa  96.3  7e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.42855 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1216  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.42 
 
 
296 aa  95.9  8e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.896826 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4291  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.83 
 
 
298 aa  95.9  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.78 
 
 
294 aa  95.9  9e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.48 
 
 
288 aa  95.5  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.08 
 
 
281 aa  95.1  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2324  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.01 
 
 
297 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.59 
 
 
297 aa  94  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.07 
 
 
278 aa  93.6  4e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.77 
 
 
296 aa  92.8  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2145  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.52 
 
 
297 aa  92  1e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.292783  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.12 
 
 
293 aa  90.9  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32 
 
 
284 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.35 
 
 
296 aa  90.5  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0747  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30 
 
 
290 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.69 
 
 
283 aa  89.4  6e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.62 
 
 
285 aa  89.4  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.81 
 
 
291 aa  89  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
295 aa  87.8  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.54 
 
 
277 aa  87  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4446  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.53 
 
 
298 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0735  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.62 
 
 
286 aa  87  4e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.850791  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.3 
 
 
284 aa  87  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1537  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.91 
 
 
275 aa  86.7  5e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00194378  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.09 
 
 
287 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
286 aa  86.3  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353591  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.01 
 
 
280 aa  86.3  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.68 
 
 
291 aa  85.9  8e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.37 
 
 
286 aa  85.9  8e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  26.46 
 
 
290 aa  85.1  0.000000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.26 
 
 
288 aa  85.5  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.31 
 
 
296 aa  85.1  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.26 
 
 
287 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.29 
 
 
291 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.23 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1084  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.73 
 
 
283 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0125965  normal  0.0422522 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1355  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.79 
 
 
287 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00158528  normal  0.708717 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.24 
 
 
290 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.09 
 
 
291 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1336  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.79 
 
 
287 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.978104 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1319  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.79 
 
 
287 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.82 
 
 
281 aa  84.3  0.000000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.08 
 
 
288 aa  84  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1263  NAD-dependent epimerase/dehydratase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.9 
 
 
284 aa  84.3  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.818753  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2019  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.44 
 
 
738 aa  84  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.240233  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.74 
 
 
298 aa  84  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.03 
 
 
302 aa  84  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4736  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.2 
 
 
274 aa  84  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.377015  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.34 
 
 
298 aa  83.6  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.89 
 
 
291 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.64 
 
 
297 aa  83.2  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.86 
 
 
285 aa  83.2  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30 
 
 
305 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.92 
 
 
296 aa  82.8  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  26.6 
 
 
293 aa  83.2  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.78 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>